, including all inherited members.
| appendErrors(const ms_errors &src) | ms_errors | |
| checkSeqDBInstallRequest(const std::string &dbName, const double newFastaSize) const | ms_datfile | |
| clearAllErrors() | ms_errors | |
| copyFrom(const ms_datfile *right) | ms_datfile | |
| matrix_science::ms_errors::copyFrom(const ms_errors *right) | ms_errors | |
| defaultValues() | ms_datfile | |
| editedByDatabaseManager() const | ms_datfile | |
| getClusterParams() const | ms_datfile | |
| getConnectionSettings() const | ms_datfile | |
| getCronOptions() const | ms_datfile | |
| getDatabases() const | ms_datfile | |
| getErrorHandler() const | ms_errors | |
| getFileName() const | ms_datfile | |
| getFindFileTimeout() const | ms_datfile | |
| getHeaderComments() const | ms_datfile | |
| getLastError() const | ms_errors | |
| getLastErrorString() const | ms_errors | |
| getLibraryOptions() const | ms_datfile | |
| getMascotFiles() const | ms_datfile | |
| getMascotOptions() const | ms_datfile | |
| getMaxTaxonomyRules() const | ms_datfile | |
| getParseOptions() const | ms_datfile | |
| getProcessors() const | ms_datfile | |
| getTaxonomyRules(const int idx) const | ms_datfile | |
| getUniGeneOptions() const | ms_datfile | |
| getWWWOptions() const | ms_datfile | |
| IFLG_ADDMISSINGOPTIONS enum value | ms_datfile | |
| IFLG_ADDPERCOLATOROPT enum value | ms_datfile | |
| IFLG_ADDREPORTAUTO enum value | ms_datfile | |
| IFLG_DEFAULTNEWINSTALL enum value | ms_datfile | |
| IFLG_DEFAULTUPGRADE enum value | ms_datfile | |
| IFLG_UPDATEAPACHEFORKOPT enum value | ms_datfile | |
| IFLG_UPDATECLUSTER enum value | ms_datfile | |
| IFLG_UPDATEDBMANAGERPERLPATH enum value | ms_datfile | |
| IFLG_UPDATEESTTAX enum value | ms_datfile | |
| IFLG_UPDATEEXECAFTERSEARCH enum value | ms_datfile | |
| IFLG_UPDATEMSPEPSEARCHOPTS enum value | ms_datfile | |
| IFLG_UPDATENCBIHTTPS enum value | ms_datfile | |
| IFLG_UPDATEPARSERULES enum value | ms_datfile | |
| IFLG_UPDATEPERCOLATORFEATS enum value | ms_datfile | |
| IFLG_UPDATEPRIDECONTAMINANTS enum value | ms_datfile | |
| IFLG_UPDATEPROTFAMILYSWITCH enum value | ms_datfile | |
| IFLG_UPDATESWISSPROT enum value | ms_datfile | |
| IFLG_UPDATETAXONOMY enum value | ms_datfile | |
| INST_FLAGS enum name | ms_datfile | |
| isValid() const | ms_errors | |
| ms_datfile() | ms_datfile | |
| ms_datfile(const ms_datfile &src) | ms_datfile | |
| ms_datfile(const char *filename, const int timeoutSec=0, const matrix_science::ms_connection_settings *cs=0) | ms_datfile | |
| ms_errors() | ms_errors | |
| operator=(const ms_datfile &right) | ms_datfile | |
| read_file() | ms_datfile | |
| save_file() | ms_datfile | |
| SEQDB_INSTALL enum name | ms_datfile | |
| SEQDB_INSTALL_CURRENT_RULES enum value | ms_datfile | |
| SEQDB_INSTALL_CUSTOMISED enum value | ms_datfile | |
| SEQDB_INSTALL_EXISTING_LARGER enum value | ms_datfile | |
| SEQDB_INSTALL_INACTIVE enum value | ms_datfile | |
| SEQDB_INSTALL_INVALID_CONFIG enum value | ms_datfile | |
| SEQDB_INSTALL_INVALID_DBNAME enum value | ms_datfile | |
| SEQDB_INSTALL_MISSING_CONFIG enum value | ms_datfile | |
| SEQDB_INSTALL_MUST_UPDATE_CFG enum value | ms_datfile | |
| SEQDB_INSTALL_OLD_RULES enum value | ms_datfile | |
| SEQDB_INSTALL_SHOULD_QUERY_USER enum value | ms_datfile | |
| SEQDB_INSTALL_WRONG_WILDCARD enum value | ms_datfile | |
| setClusterParams(const ms_clusterparams *params) | ms_datfile | |
| setConnectionSettings(const matrix_science::ms_connection_settings &cs) | ms_datfile | |
| setCronOptions(const ms_cronoptions *options) | ms_datfile | |
| setDatabases(const ms_databases *dbs) | ms_datfile | |
| setFileName(const char *name) | ms_datfile | |
| setFindFileTimeout(const int seconds) | ms_datfile | |
| setHeaderComments(const std::string headerComments) | ms_datfile | |
| setLibraryOptions(const ms_libraryoptions *spectralLibraryOptions) | ms_datfile | |
| setMascotFiles(const ms_mascotfiles *src) | ms_datfile | |
| setMascotOptions(const ms_mascotoptions *opt) | ms_datfile | |
| setParseOptions(const ms_parseoptions *rules) | ms_datfile | |
| setProcessors(const ms_processoroptions *info) | ms_datfile | |
| setTaxonomyRules(const int idx, const ms_taxonomyrules *rules) | ms_datfile | |
| setUniGeneOptions(const ms_unigeneoptions *uoptions) | ms_datfile | |
| setWWWOptions(const ms_wwwoptions *www) | ms_datfile | |
| updateForInstaller(ms_errs &log, const char *not_mascot_dat_path, const char *mascot_dat_path, const char *licenseFilePath, const char *pathToMascot, const char *mascotURL, const char *sequenceDatabases, const bool clusterEnable, const WST wst, const char *NTGuestName, const char *NTAdminName, const unsigned int flags) | ms_datfile | |
| WST enum name | ms_datfile | |
| WST_APACHE enum value | ms_datfile | |
| WST_IIS enum value | ms_datfile | |
| ~ms_datfile() | ms_datfile | |
| ~ms_errors() | ms_errors | |
