Matrix Science header

ms_quant_integration.hpp

00001 /*
00002 ##############################################################################
00003 # file: ms_quant_integration.hpp                                             #
00004 # 'msparser' toolkit                                                         #
00005 # Encapsulates integration-element from "quantitation.xml"-file              #
00006 ##############################################################################
00007 # COPYRIGHT NOTICE                                                           #
00008 # Copyright 1998-2006 Matrix Science Limited  All Rights Reserved.           #
00009 #                                                                            #
00010 ##############################################################################
00011  * @(#)$Source: parser/inc/ms_quant_integration.hpp $
00012  * @(#)$Revision: 1b450440f9c97e1e41d0fc6016a27d68951d4532 | MSPARSER_REL_2_8_1-0-gea32989045 $
00013  * @(#)$Date: 2018-07-30 16:23:53 +0100 $
00014 ##############################################################################
00015  */
00016 
00017 #ifndef MS_QUANT_INTEGRATION_HPP
00018 #define MS_QUANT_INTEGRATION_HPP
00019 
00020 
00021 #include <string>
00022 #include <vector>
00023 
00024 // forward declarations
00025 namespace msparser_internal {
00026     class ms_quant_xmlloader;
00027     class ms_quant_integration_impl;
00028 }
00029 
00030 
00031 namespace matrix_science {
00032 
00033     class ms_xml_schema; // forward declaration
00034 
00040 
00041 
00045     class MS_MASCOTRESFILE_API ms_quant_integration: public ms_quant_parameters
00046     {
00047         friend class msparser_internal::ms_quant_xmlloader;
00048     public:
00050         ms_quant_integration();
00051 
00053         ms_quant_integration(const ms_quant_integration& src);
00054 
00056         virtual ~ms_quant_integration();
00057 
00059         void defaultValues();
00060 
00062         void copyFrom(const ms_quant_integration* right);
00063 
00064 #ifndef SWIG
00065 
00066         ms_quant_integration& operator=(const ms_quant_integration& right);
00067 #endif
00068 
00069         virtual std::string getSchemaType() const;
00070 
00072         virtual std::string validateShallow(const ms_xml_schema *pSchemaFileObj) const;
00073 
00075         virtual std::string validateDeep(const ms_xml_schema *pSchemaFileObj) const;
00076 
00077 
00079         bool haveMethod() const;
00080 
00082         std::string getMethod() const;
00083 
00085         void setMethod(const char* value);
00086 
00088         void dropMethod();
00089 
00091         std::string getMethodSchemaType() const;
00092 
00093 
00095         bool haveSource() const;
00096 
00098         std::string getSource() const;
00099 
00101         void setSource(const char* value);
00102 
00104         void dropSource();
00105 
00107         std::string getSourceSchemaType() const;
00108 
00109 
00111         bool haveMassDelta() const;
00112 
00114         std::string getMassDelta() const;
00115 
00117         void setMassDelta(const char* value);
00118 
00120         void dropMassDelta();
00121 
00123         std::string getMassDeltaSchemaType() const;
00124 
00125 
00127         bool haveMassDeltaUnit() const;
00128 
00130         std::string getMassDeltaUnit() const;
00131 
00133         void setMassDeltaUnit(const char* value);
00134 
00136         void dropMassDeltaUnit();
00137 
00139         std::string getMassDeltaUnitSchemaType() const;
00140 
00141 
00143         bool haveElutionTimeDelta() const;
00144 
00146         std::string getElutionTimeDelta() const;
00147 
00149         void setElutionTimeDelta(const char* value);
00150 
00152         void dropElutionTimeDelta();
00153 
00155         std::string getElutionTimeDeltaSchemaType() const;
00156 
00157 
00159         bool haveElutionTimeDeltaUnit() const;
00160 
00162         std::string getElutionTimeDeltaUnit() const;
00163 
00165         void setElutionTimeDeltaUnit(const char* value);
00166 
00168         void dropElutionTimeDeltaUnit();
00169 
00171         std::string getElutionTimeDeltaUnitSchemaType() const;
00172 
00173 
00175         bool haveElutionProfileCorrelationThreshold() const;
00176 
00178         std::string getElutionProfileCorrelationThreshold() const;
00179 
00181         void setElutionProfileCorrelationThreshold(const char* value);
00182 
00184         void dropElutionProfileCorrelationThreshold();
00185 
00187         std::string getElutionProfileCorrelationThresholdSchemaType() const;
00188 
00189 
00191         bool haveProcessingOptions() const;
00192 
00194         std::string getProcessingOptions() const;
00195 
00197         void setProcessingOptions(const std::string value);
00198 
00200         void dropProcessingOptions();
00201 
00203         std::string getProcessingOptionsSchemaType() const;
00204 
00205 
00207         bool havePrecursorRange() const;
00208 
00210         std::string getPrecursorRange() const;
00211 
00213         void setPrecursorRange(const char* value);
00214 
00216         void dropPrecursorRange();
00217 
00219         std::string getPrecursorRangeSchemaType() const;
00220 
00221 
00223         bool haveMatchedRho() const;
00224 
00226         std::string getMatchedRho() const;
00227 
00229         void setMatchedRho(const char * value);
00230 
00232         void dropMatchedRho();
00233 
00235         std::string getMatchedRhoSchemaType() const;
00236 
00237 
00239         bool haveXicThreshold() const;
00240 
00242         std::string getXicThreshold() const;
00243 
00245         void setXicThreshold(const char * value);
00246 
00248         void dropXicThreshold();
00249 
00251         std::string getXicThresholdSchemaType() const;
00252 
00253 
00255         bool haveXicMaxWidth() const;
00256 
00258         int getXicMaxWidth() const;
00259 
00261         void setXicMaxWidth(int value);
00262 
00264         void dropXicMaxWidth();
00265 
00267         std::string getXicMaxWidthSchemaType() const;
00268 
00269 
00271         bool haveXicSmoothing() const;
00272 
00274         int getXicSmoothing() const;
00275 
00277         void setXicSmoothing(int value);
00278 
00280         void dropXicSmoothing();
00281 
00283         std::string getXicSmoothingSchemaType() const;
00284 
00285 
00287         bool haveAllChargeStates() const;
00288 
00290         bool isAllChargeStates() const;
00291 
00293         void setAllChargeStates(const bool value);
00294 
00296         void dropAllChargeStates();
00297 
00299         std::string getAllChargeStatesSchemaType() const;
00300 
00301 
00303         bool haveSimpleRatio() const;
00304 
00306         bool isSimpleRatio() const;
00307 
00309         void setSimpleRatio(const bool value);
00310 
00312         void dropSimpleRatio();
00313 
00315         std::string getSimpleRatioSchemaType() const;
00316 
00317 
00319         bool haveAllChargeStatesThreshold() const;
00320 
00322         std::string getAllChargeStatesThreshold() const;
00323 
00325         void setAllChargeStatesThreshold(const char * value);
00326 
00328         void dropAllChargeStatesThreshold();
00329 
00331         std::string getAllChargeStatesThresholdSchemaType() const;
00332 
00333 
00335         bool haveAllowElutionShift() const;
00336 
00338         bool isAllowElutionShift() const;
00339 
00341         void setAllowElutionShift(const bool value);
00342 
00344         void dropAllowElutionShift();
00345 
00347         std::string getAllowElutionShiftSchemaType() const;
00348 
00349     private:
00350         msparser_internal::ms_quant_integration_impl *m_pImpl;
00351     }; // class ms_quant_integration
00352  // end of config_group
00354 
00355 } // namespace matrix_science
00356 
00357 #endif // MS_QUANT_INTEGRATION_HPP
00358 
00359 /*------------------------------- End of File -------------------------------*/
00360 

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