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ms_quant_precursor.hpp

00001 /*
00002 ##############################################################################
00003 # file: ms_quant_precursor.hpp                                               #
00004 # 'msparser' toolkit                                                         #
00005 # Encapsulates precursor-element from "quantitation.xml"-file                #
00006 ##############################################################################
00007 # COPYRIGHT NOTICE                                                           #
00008 # Copyright 1998-2006 Matrix Science Limited  All Rights Reserved.           #
00009 #                                                                            #
00010 ##############################################################################
00011  * @(#)$Source: parser/inc/ms_quant_precursor.hpp $
00012  * @(#)$Revision: 1b450440f9c97e1e41d0fc6016a27d68951d4532 | MSPARSER_REL_2_8_1-0-gea32989045 $
00013  * @(#)$Date: 2018-07-30 16:23:53 +0100 $
00014 ##############################################################################
00015  */
00016 
00017 #ifndef MS_QUANT_PRECURSOR_HPP
00018 #define MS_QUANT_PRECURSOR_HPP
00019 
00020 
00021 // forward declarations
00022 namespace msparser_internal {
00023     class ms_quant_xmlloader;
00024     class ms_quant_precursor_impl;
00025     class ms_quant_configfile_impl;
00026     class ms_quant_protocol_impl;
00027 }
00028 
00029 namespace matrix_science {
00030 
00031     class ms_xml_schema; // forward declaration
00032 
00038 
00039 
00042     class MS_MASCOTRESFILE_API ms_quant_precursor: public ms_quant_parameters
00043     {
00044         friend class msparser_internal::ms_quant_xmlloader;
00045         friend class msparser_internal::ms_quant_configfile_impl;
00046         friend class msparser_internal::ms_quant_protocol_impl;
00047     public:
00049         ms_quant_precursor();
00050 
00052         ms_quant_precursor(const ms_quant_precursor& src);
00053 
00055         virtual ~ms_quant_precursor();
00056 
00058         void defaultValues();
00059 
00061         void copyFrom(const ms_quant_precursor* right);
00062 
00063 #ifndef SWIG
00064 
00065         ms_quant_precursor& operator=(const ms_quant_precursor& right);
00066 #endif
00067 
00068         virtual std::string getSchemaType() const;
00069 
00071         virtual std::string validateShallow(const ms_xml_schema *pSchemaFileObj) const;
00072 
00074         virtual std::string validateDeep(const ms_xml_schema *pSchemaFileObj) const;
00075 
00076 
00078         bool haveAllowMassTimeMatch() const;
00079 
00081         bool isAllowMassTimeMatch() const;
00082 
00084         void setAllowMassTimeMatch(const bool value);
00085 
00087         void dropAllowMassTimeMatch();
00088 
00090         std::string getAllowMassTimeMatchSchemaType() const;
00091 
00092 
00094         bool haveAllowElutionShift() const;
00095 
00097         bool isAllowElutionShift() const;
00098 
00100 
00105         //void setAllowElutionShift(const bool value);
00106 
00108         void dropAllowElutionShift();
00109 
00111         std::string getAllowElutionShiftSchemaType() const;
00112 
00113 
00115         bool haveAllChargeStates() const;
00116 
00118         bool isAllChargeStates() const;
00119 
00121 
00126         //void setAllChargeStates(const bool value);
00127 
00129         void dropAllChargeStates();
00130 
00132         std::string getAllChargeStatesSchemaType() const;
00133 
00134     private:
00135 
00136         msparser_internal::ms_quant_precursor_impl * m_pImpl;
00137     }; // class ms_quant_precursor
00138  // end of config_group
00140 
00141 } // namespace matrix_science
00142 
00143 #endif // MS_QUANT_PRECURSOR_HPP
00144 
00145 /*------------------------------- End of File -------------------------------*/

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