00001 /*
00002 ##############################################################################
00003 # file: ms_quant_quality.hpp                                                 #
00004 # 'msparser' toolkit                                                         #
00005 # Encapsulates quality-element from "quantitation.xml"-file                  #
00006 ##############################################################################
00007 # COPYRIGHT NOTICE                                                           #
00008 # Copyright 1998-2006 Matrix Science Limited  All Rights Reserved.           #
00009 #                                                                            #
00010 ##############################################################################
00011  * @(#)$Source: parser/inc/ms_quant_quality.hpp $
00012  * @(#)$Revision: 23deec178247eb6704b4c85e1ed5642a21d26ed1 | MSPARSER_REL_2_8_1-0-gea32989045 $
00013  * @(#)$Date: 2021-08-10 17:22:38 +0100 $
00014 ##############################################################################
00015  */
00016 
00017 #ifndef MS_QUANT_QUALITY_HPP
00018 #define MS_QUANT_QUALITY_HPP
00019 
00020 
00021 #include <string>
00022 #include <vector>
00023 
00024 // forward declarations
00025 namespace msparser_internal {
00026     class ms_quant_xmlloader;
00027 }
00028 
00029 namespace matrix_science {
00030 
00031     class ms_xml_schema; // forward declaration
00032 
00038 
00039     class MS_MASCOTRESFILE_API ms_quant_quality: public ms_quant_parameters
00040     {
00041         friend class msparser_internal::ms_quant_xmlloader;
00042     public:
00044         ms_quant_quality();
00045 
00047         ms_quant_quality(const ms_quant_quality& src);
00048 
00050         virtual ~ms_quant_quality();
00051 
00053         void defaultValues();
00054 
00056         void copyFrom(const ms_quant_quality* right);
00057 
00058 #ifndef SWIG
00059 
00060         ms_quant_quality& operator=(const ms_quant_quality& right);
00061 #endif
00062 
00063         virtual std::string getSchemaType() const;
00064 
00066         virtual std::string validateShallow(const ms_xml_schema *pSchemaFileObj) const;
00067 
00069         virtual std::string validateDeep(const ms_xml_schema *pSchemaFileObj) const;
00070 
00071 
00073         bool haveMinPrecursorCharge() const;
00074 
00076         int getMinPrecursorCharge() const;
00077 
00079         void setMinPrecursorCharge(const int value);
00080 
00082         void dropMinPrecursorCharge();
00083 
00085         std::string getMinPrecursorChargeSchemaType() const;
00086 
00087 
00089         bool haveIsolatedPrecursor() const;
00090 
00092         bool isIsolatedPrecursor() const;
00093 
00095         void setIsolatedPrecursor(const bool value);
00096 
00098         void dropIsolatedPrecursor();
00099 
00101         std::string getIsolatedPrecursorSchemaType() const;
00102 
00103 
00105         bool haveMinimumA1() const;
00106 
00108         std::string getMinimumA1() const;
00109 
00111         void setMinimumA1(const char* value);
00112 
00114         void dropMinimumA1();
00115 
00117         std::string getMinimumA1SchemaType() const;
00118 
00119 
00121         bool havePepThresholdType() const;
00122 
00124         std::string getPepThresholdType() const;
00125 
00127         void setPepThresholdType(const char* value);
00128 
00130         void dropPepThresholdType();
00131 
00133         std::string getPepThresholdTypeSchemaType() const;
00134 
00135 
00137         bool havePepThresholdValue() const;
00138 
00140         std::string getPepThresholdValue() const;
00141 
00143         void setPepThresholdValue(const char* value);
00144 
00146         void dropPepThresholdValue();
00147 
00149         std::string getPepThresholdValueSchemaType() const;
00150 
00151 
00153         bool haveUniquePepseq() const;
00154 
00156         bool isUniquePepseq() const;
00157 
00159         void setUniquePepseq(bool value);
00160 
00162         void dropUniquePepseq();
00163 
00165         std::string getUniquePepseqSchemaType() const;
00166 
00167 
00169         bool haveIsolatedPrecursorThreshold() const;
00170 
00172         std::string getIsolatedPrecursorThreshold() const;
00173 
00175         void setIsolatedPrecursorThreshold(const char * value);
00176 
00178         void dropIsolatedPrecursorThreshold();
00179 
00181         std::string getIsolatedPrecursorThresholdSchemaType() const;
00182 
00184         bool haveTotalIntensity() const;
00185 
00187         bool isTotalIntensity() const;
00188 
00190         void setTotalIntensity(bool value);
00191 
00193         void dropTotalIntensity();
00194 
00196         std::string getTotalIntensitySchemaType() const;
00197 
00199         bool haveTotalIntensityThreshold() const;
00200 
00202         std::string getTotalIntensityThreshold() const;
00203 
00205         void setTotalIntensityThreshold(std::string value);
00206 
00208         void dropTotalIntensityThreshold();
00209 
00211         std::string getTotalIntensityThresholdSchemaType() const;
00212     private:
00213 
00214         int _minPrecursorCharge;
00215         bool _minPrecursorCharge_set;
00216 
00217         bool _isolatedPrecursor;
00218         bool _isolatedPrecursor_set;
00219 
00220         std::string _minimumA1;
00221         bool _minimumA1_set;
00222 
00223         std::string _pepThresholdType;
00224         bool _pepThresholdType_set;
00225 
00226         std::string _pepThresholdValue;
00227         bool _pepThresholdValue_set;
00228 
00229         bool _uniquePepseq;
00230         bool _uniquePepseq_set;
00231 
00232         std::string _isolatedPrecursorThreshold;
00233         bool _isolatedPrecursorThreshold_set;
00234 
00235         bool _totalIntensity;
00236         bool _totalIntensity_set;
00237 
00238         std::string _totalIntensityThreshold;
00239         bool _totalIntensityThreshold_set;
00240     }; // class ms_quant_quality
00241  // end of config_group
00243 
00244 } // namespace matrix_science
00245 
00246 #endif // MS_QUANT_QUALITY_HPP
00247 
00248 /*------------------------------- End of File -------------------------------*/
00249