Matrix Science header

ms_quant_quality.hpp

00001 /*
00002 ##############################################################################
00003 # file: ms_quant_quality.hpp                                                 #
00004 # 'msparser' toolkit                                                         #
00005 # Encapsulates quality-element from "quantitation.xml"-file                  #
00006 ##############################################################################
00007 # COPYRIGHT NOTICE                                                           #
00008 # Copyright 1998-2006 Matrix Science Limited  All Rights Reserved.           #
00009 #                                                                            #
00010 ##############################################################################
00011  * @(#)$Source: /vol/cvsroot/parser/inc/ms_quant_quality.hpp,v $
00012  * @(#)$Revision: 1.10 $
00013  * @(#)$Date: 2010/09/06 16:18:57 $
00014 ##############################################################################
00015  */
00016 
00017 #ifndef MS_QUANT_QUALITY_HPP
00018 #define MS_QUANT_QUALITY_HPP
00019 
00020 #ifdef _WIN32
00021 #pragma warning(disable:4251)   // Don't want all classes to be exported
00022 #pragma warning(disable:4786)   // Debug symbols too long
00023 #   ifndef _MATRIX_USE_STATIC_LIB
00024 #       ifdef MS_MASCOTRESFILE_EXPORTS
00025 #           define MS_MASCOTRESFILE_API __declspec(dllexport)
00026 #       else
00027 #           define MS_MASCOTRESFILE_API __declspec(dllimport)
00028 #       endif
00029 #   else
00030 #       define MS_MASCOTRESFILE_API
00031 #   endif
00032 #else
00033 #   define MS_MASCOTRESFILE_API
00034 #endif
00035 
00036 #include <string>
00037 #include <vector>
00038 
00039 // forward declarations
00040 namespace msparser_internal {
00041     class ms_quant_xmlloader;
00042 }
00043 
00044 namespace matrix_science {
00045 
00046     class ms_xml_schema; // forward declaration
00047 
00053 
00054     class MS_MASCOTRESFILE_API ms_quant_quality: public ms_quant_parameters
00055     {
00056         friend class msparser_internal::ms_quant_xmlloader;
00057     public:
00059         ms_quant_quality();
00060 
00062         ms_quant_quality(const ms_quant_quality& src);
00063 
00065         virtual ~ms_quant_quality();
00066 
00068         void defaultValues();
00069 
00071         void copyFrom(const ms_quant_quality* right);
00072 
00073 #ifndef SWIG
00074 
00075         ms_quant_quality& operator=(const ms_quant_quality& right);
00076 #endif
00077 
00078         virtual std::string getSchemaType() const;
00079 
00081         virtual std::string validateShallow(const ms_xml_schema *pSchemaFileObj) const;
00082 
00084         virtual std::string validateDeep(const ms_xml_schema *pSchemaFileObj) const;
00085 
00086 
00088         bool haveMinPrecursorCharge() const;
00089 
00091         int getMinPrecursorCharge() const;
00092 
00094         void setMinPrecursorCharge(const int value);
00095 
00097         void dropMinPrecursorCharge();
00098 
00100         std::string getMinPrecursorChargeSchemaType() const;
00101 
00102 
00104         bool haveIsolatedPrecursor() const;
00105 
00107         bool isIsolatedPrecursor() const;
00108 
00110         void setIsolatedPrecursor(const bool value);
00111 
00113         void dropIsolatedPrecursor();
00114 
00116         std::string getIsolatedPrecursorSchemaType() const;
00117 
00118 
00120         bool haveMinimumA1() const;
00121 
00123         std::string getMinimumA1() const;
00124 
00126         void setMinimumA1(const char* value);
00127 
00129         void dropMinimumA1();
00130 
00132         std::string getMinimumA1SchemaType() const;
00133 
00134 
00136         bool havePepThresholdType() const;
00137 
00139         std::string getPepThresholdType() const;
00140 
00142         void setPepThresholdType(const char* value);
00143 
00145         void dropPepThresholdType();
00146 
00148         std::string getPepThresholdTypeSchemaType() const;
00149 
00150 
00152         bool havePepThresholdValue() const;
00153 
00155         std::string getPepThresholdValue() const;
00156 
00158         void setPepThresholdValue(const char* value);
00159 
00161         void dropPepThresholdValue();
00162 
00164         std::string getPepThresholdValueSchemaType() const;
00165 
00166 
00168         bool haveUniquePepseq() const;
00169 
00171         bool isUniquePepseq() const;
00172 
00174         void setUniquePepseq(bool value);
00175 
00177         void dropUniquePepseq();
00178 
00180         std::string getUniquePepseqSchemaType() const;
00181 
00182 
00184         bool haveIsolatedPrecursorThreshold() const;
00185 
00187         std::string getIsolatedPrecursorThreshold() const;
00188 
00190         void setIsolatedPrecursorThreshold(const char * value);
00191 
00193         void dropIsolatedPrecursorThreshold();
00194 
00196         std::string getIsolatedPrecursorThresholdSchemaType() const;
00197 
00198 
00199     private:
00200 
00201         int _minPrecursorCharge;
00202         bool _minPrecursorCharge_set;
00203 
00204         bool _isolatedPrecursor;
00205         bool _isolatedPrecursor_set;
00206 
00207         std::string _minimumA1;
00208         bool _minimumA1_set;
00209 
00210         std::string _pepThresholdType;
00211         bool _pepThresholdType_set;
00212 
00213         std::string _pepThresholdValue;
00214         bool _pepThresholdValue_set;
00215 
00216         bool _uniquePepseq;
00217         bool _uniquePepseq_set;
00218 
00219         std::string _isolatedPrecursorThreshold;
00220         bool _isolatedPrecursorThreshold_set;
00221     }; // class ms_quant_quality
00222  // end of config_group
00224 
00225 } // namespace matrix_science
00226 
00227 #endif // MS_QUANT_QUALITY_HPP
00228 
00229 /*------------------------------- End of File -------------------------------*/
00230 
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