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TMT/TMTpro标记定量有时会产生很高的互补峰，从而影响肽段鉴定。这些峰既可以在搜库之前删除，也可以用作定量。

本月的特色文章研究了在火星上种植黑麦的分子效应。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

如果你的Mascot Server突然不工作了，一个很可能的原因是硬盘满了，本月的Mascot小贴士介绍了解决方案。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

TMT/TMTpro标记定量中的互补报告离子

TMT/ TMTpro标记有时会产生报告离子之外的互补离子，甚至会取代报告离子的峰。母离子在碎裂过程中失去报告离子和CO，只留下肽段和标签试剂的平衡基团，从而形成互补离子。如果它们在数据中占比很大，那就很可能会干扰肽段的鉴定。这是因为Mascot打分会过滤掉响应高但又无法解释的MS/MS峰。一种解决方案是在搜库之前删除这些干扰峰。我们编写了一个在MGF文件中删除互补离子的脚本，以查看肽段得分是否有明显变化。在示例数据集中，大约15%的肽段匹配受到影响，在去除TMTpro的互补峰后，这些肽段的打分平均增加了3-4。

除了把互补离子去除，我们可以试着用它们来定量。在某些情况下，共流出的肽段可能会干扰标准报告离子，它们与目标肽段母离子共同碎裂，从而扰乱报告离子的识别。因此我们扩展了脚本，使其可以在定性和定量之前将互补离子的质量转换为报告离子的质量并替换原来的报告离子峰。

我们使用酵母细胞裂解液与人类细胞裂解液分别按照0:1:5:10:10:5:1:0的比例混合，然后用6通道标记的数据评估脚本。与酵母蛋白匹配的多肽的比例接近于5:1，10:1和10:5的预期比例。您可以在我们的blog中了解更多细节，文中提供了脚本的下载链接。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

A molecular study of Italian ryegrass grown on Martian regolith simulant

Roberto Berni, Céline C. Leclercq, Philippe Roux, Jean-Francois Hausman, Jenny Renaut, Gea Guerriero

Science of the Total Environment 854 (2023) 158774

为了让人类可以在月球或火星上长期生存，最重要的挑战之一是本地化生产食物，以替代高成本的地球运输。种植植物也会产生氧气和相关的化学物质。在这项研究中，作者试图通过在模拟火星土壤上种植黑麦来模拟太空农业。

在盆栽土壤和火星模拟土壤(MMS-1)上同时种植意大利黑麦(Lolium multiforum)14天，分别采集生长了7天和14天的叶片。一些植株的枝叶在第7天时被切断，以了解它们的反应，并假设黑麦被修剪以后获得用于风化层修正的有机物，在该环境中评估其生长情况。对收集的叶片和根系进行了基因表达和鸟枪法蛋蛋白质组学分析。此外，对生长14天后的根和叶进行了光学显微镜观察。

植株确实可以在MMS-1上生长，但与盆栽土壤相比，叶片从外缘到中央叶脉的组织表现出广泛的黄化。对于鸟枪法蛋白质组学，每个样品取50 mg研磨过的叶片和根组织，提取蛋白并进行酶解，然后用LC-MS/MS分析。质谱数据使用草的Pooideae亚科数据库进行检索。盆栽土壤与火星模拟土壤的根系之间倍数变化最大(FC≥30)的蛋白质参与初级代谢、翻译和细胞骨架组成。

释放磁盘空间

顾名思义，Mascot Server是一个基于服务器的应用程序。它可以安装在笔记本电脑或工作站上，并以交互式界面使用，但通常情况下，Server安装和使用并不在一个空间里。如果Mascot突然停止工作，最常见的原因之一是磁盘空间不够了。各种不明原因的报错都可以体现这一点，比如所有搜索已经完全结束 (可能显示为’Crash’)，但Mascot报告输入被截断或丢失检索参数，或登录Mascot Security时无法创建会话文件。如果没有定期通过远程桌面或SSH登录到服务器，那很容易错过早期的预警信号。我们建议设置一个自动监控系统，甚至只是一个定时任务，用于当可用磁盘空间低于10%时发送提醒。

占用磁盘空间最大的三部分是序列数据库（’sequence’文目录）、搜库结果文件（’data’目录）、报告的缓存文件（’data/cache’目录）。缓存目录包含在需要时可以重新创建的临时文件，可以通过删除data/cache来快速释放空间。一个更好的方案是使用Mascot自带的tidy_data.pl 工具，定期清理短期内不会访问的缓存文件。 在用户手册中搜索’tidy_data.pl’，第7章节中介绍了这个工具怎么使用。

至于多久对’data’目录中的搜库结果进行备份，需要与自己的Mascot用户自行商讨。如果12个月及以前的搜库结果几乎或者绝对不会再用到了，那么可以设置一个任务来归档或删除超过12个月的结果文件。如果想要保留这些文件以备后续使用，那tidy_data.pl可以将其压缩以节省空间。Mascot result report会在下一次打开的时候自动解压这些文件。最后，如果在Database Manager中设置了数据库自动更新，或者持续不断地添加新的数据库，’sequence’目录会越来越大。解决方案是deactivate或者删除那些再也用不到的比较大的数据库。检查每个数据库的’incoming’目录也很有必要，因为里面可能包含下载失败的无用的临时文件。

About Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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