欢迎来到第102期

期待在即将到来的德克萨斯州休斯顿的ASMS与您相遇，届时我们将举办年度用户会，也欢迎您到726展位参观交流。

如果您在ASMS上展示的海报或演讲有使用到Mascot，请将标题或海报/演讲编号发送给我们，我们将发布在时事通讯和社交媒体上。

Mascot Server兼容云计算，本期我们给出了一些启用建议。

本月的特色文章介绍了一种快速鉴定蛇毒的自动化工作流程。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

Mascot： 深受客户信赖25年的蛋白质质谱鉴定标准参考软件

Matrix Science在ASMS

我们很高兴邀请您参加6月5日星期一上午7:00 - 8:00在德克萨斯州休斯顿举行的ASMS年度用户会议，会议将包括以下报告：

• Connecting the Prots: Analyzing crosslinked data in a core lab using Mascot – Professor Susan Weintraub, University of Texas Health Science Center at San Antonio
• Single cell proteomics with Mascot – Patrick Emery, Matrix Science
• 25 years of Matrix Science – Ville Koskinen, Matrix Science

用户会议是免费的，但是需要提前注册，我们将提供早餐。请点击链接进行注册。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

High-Throughput Venomics

Julien Slagboom, Rico J. E. Derks, Raya Sadighi, Govert W. Somsen, Chris Ulens, Nicholas R. Casewell, and Jeroen Kool

J. Proteome Res. 2023, published online: April 3, 2023

虽然蛇咬伤对我们许多人来说是非常罕见的事件，但由于缺乏低价且有效的抗蛇毒血清，每年仍然有13.8万人死于蛇毒。为了协助下一代抗蛇毒血清的开发，作者优化并验证了一种用于鉴定医学相关蛇毒毒素组成的自动分析程序。

首先，通过UV在液相分离时对毒液进行半定量。然后，从intact MS分析中初步确定毒素分类。LC流动相分离洗脱毒液蛋白，然后干燥、用胰蛋白酶进行自动化蛋白酶切。LC-MS/MS快速液相梯度每天可完成100个酶解样本的采集分析，可以在不到两天的时间内对单个蛇毒样本进行完整的蛋白质组学分析。

Mascot Daemon协助完成自动化质谱数据搜库和蛋白定性。配合一系列内部创建的R脚本，完成数据的编译和排序。该脚本创建了一种蛋白质评分色谱图(PSCs)，该图由蛋白质打分与保留时间绘制，其中蛋白质打分位于Y轴上。整合PSCs中的峰以得到毒素的半定量信息，并与intact MS数据相关联。

作者完成了11种蛇毒的测试和鉴定，并得出结论，其新的工作流程比迄今为止文献中描述的任何其他毒液蛋白质组的鉴定方法都要快几个数量级。

云端Mascot

Mascot Server是一个服务器型的应用程序，易于在云环境中安装。那你否需要在云中运行Mascot？答案是……视情况而定。首先，我们可以将云服务分为两大类：Software as a service (SaaS) 和Infrastructure as a service (IaaS)。

对于很多基于web的商业化服务，SaaS是很好的选择，这些服务对每个用户的资源要求相对较低，很少需要用户的个性化定制，在规模经济中很有利，并且拥有大量潜在用户。但是，我们不提供SaaS模式下的Mascot，因为它不适合典型的蛋白质组学分析需求。原始文件和MGF文件的大小可以很小，也可以是几GB。单个实验可以有一个或几十个MS/MS数据文件。数据库可以很小，也可以很大。从搜库参数中很难预测搜索持续时间。以上这些因素使得资源的使用和配置都是不可预测，并不便于扩展。

另一方面，IaaS则非常适合Mascot Server。如果不想购买和维护本地的物理硬件，选择IaaS，只需轻轻点击一下就可以在云中获得32 个vCPU的虚拟机。虚拟CPU、RAM和磁盘需求与常规硬件虚拟化基本相同，性能和安全性通常也非常出色。

如果您的Mascot Server 许可证在维保期内，我们可以免费为您提供1-CPU，30天许可证用于云计算测试。您可以在Blog中阅读更多关于Mascot云计算的信息。

About Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

Matrix Science Ltd, 64 Baker Street, London W1U 7GB, UK
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