迎来到第104期

使用Mascot为DIA实验创建您自己的、特定样品的谱图库！

本月的特色文章揭示了沙门氏菌噬菌体的组成部分。如果您有近期发表的论文，希望我们考虑刊登在即将出版的Newsletter上，欢迎您发送PDF或URL给我们。

打算用DSSO做蛋白质交联？我们为您准备了一些相关小贴士！

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

Mascot: 深受客户信赖25年的蛋白质质谱鉴定标准参考软件

为DIA实验生成高质量谱图库

众所周知，DIA数据的肽段鉴定大多数都依赖于MS/MS谱图库。而MS/MS谱图库的创建通常是通过DDA实验完成的，要么通过机器学习模型来预测DDA谱图，要么通过DDA模式采集样本谱图并通过搜库结果来创建。

Mascot搜库结果可以用作训练机器学习模型，但您也可以直接使用 Mascot Daemon、Mascot Distiller和Mascot Server来创建特定的高质量谱图库。我们使用已发表的数据集作为示例生成了MSP格式的谱图库。其中质谱原始数据处理由Mascot Distiller完成，借助Mascot Daemon完成自动化任务提交，而谱图库的生成则由Mascot Server的相应程序完成。

该流程包括5个步骤：

1. 针对数据集确定合适的搜索参数
2. 对丰度较高的修饰和非特异性裂解产物进行标准检索
3. 为每个检索任务计算肽段FDR约为1%时的期望值界限
4. 运行建库程序创建谱图库
5. 下载MSP格式的谱图库

许多步骤使用Mascot Daemon自动完成，但也需要一些手动调节。创建高质量的谱库需要人工判断，因此不推荐完全由软件自动完成。您可以从数据库的 " current "目录中复制MSP文件，用作DIA专用软件的后续处理，如Skyline和DIA-NN。此外，Database Manager中还提供了完整的导入记录，可以查看已导入或未导入的内容。

有关如何创建自己的谱图库的详细信息，请前往相关Blog进行查看。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Mass Spectral Analyses of Salmonella Myovirus SPN3US Reveal Conserved and Divergent Themes in Proteolytic Maturation of Large Icosahedral Capsids

Aaron Scheuch, Sara A. M. Moran, Julia N. Faraone, Sophia R. Unwin, Gialinh Vu, Andrea Denisse Benítez, Nurul Humaira Mohd Redzuan, Dana Molleur, Sammy Pardo, Susan T. Weintraub and Julie A. Thomas

Viruses 2023, 15, 723

在本文中，作者对沙门氏菌肌病毒的衣壳蛋白展开研究，以确定成熟的病毒头部的蛋白组成，并阐明蛋白水解在组装过程中对其起到的修饰作用。衣壳部分由50多种不同的基因产物组成，包括许多与240 kb基因组共同组装并注射到宿主细胞中的基因。

他们在SDS-PAGE上加入高浓度的噬菌体蛋白，以提高序列覆盖率和水解位点的定位效率，脱色后，对胶条中的蛋白质进行还原和烷基化，随后使用胰蛋白酶酶解和LC-MS/MS分析。最后在野生型病毒结果中鉴定出102个噬菌体蛋白。

为了区分病毒的头部与尾部蛋白组成，对纯化后的尾部蛋白较少的病毒样品进行了与以上实验相同的3次重复分析，结果中有53个蛋白匹配到了病毒头部，30个蛋白匹配到了尾部。

然后用"semi-trypsin"的酶切方式对质谱数据再次搜库，结果在9个蛋白中鉴定出14个前头蛋白酶（gp245）的裂解位点，其中有8个位点都是头部蛋白体内实验未曾报道过的。

最后，他们通过修订ORF_0139的坐标加强了对噬菌体基因组的注释，这些坐标是GenBank序列号JN641803的116,201-117,043。

用DSSO交联蛋白质

二琥珀酰亚胺亚砜(DSSO)是一种常用的蛋白交联试剂，适用于CID碎裂和完整交联分析。DSSO的标准定义可以在Unimod，Xlink:DSSO找到， Mascot Server中也有默认配置。在Mascot中开始数据分析只需要两个步骤：添加蛋白质序列至可用的数据库列表，以及创建交联方法。其中交联方法需要定义交联剂的种类及其交联哪些蛋白。

在ASMS 2023早餐会上，Susan Weintraub教授介绍了使用Mascot逐步建立DSSO交联方法。相关幻灯片现已在我们的网站上发布，其中包含大量实用技巧，可点击链接进行查看：Connecting the Prots: Analyzing Crosslinked Data in a Core Lab Using Mascot。

我们在更新的培训课程中还进行了对验证完整交联的讨论，并且我们还提供了使用Mascot Distiller 进行完整交联谱峰的提取建议，如果您遇到任困难，请将问题发送到support@matrixscience.com ，我们很乐意为您提供帮助。

About Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

Matrix Science Ltd, 64 Baker Street, London W1U 7GB, UK
T +44 (0)20 7486 1050  F +44 (0)20 7224 1344  E info@matrixscience.com