欢迎

欢迎参加即将于2025年6月2日在马里兰州巴尔的摩市美国质谱学会年会（ASMS 2025）期间举办的Matrix Science用户交流会。

若您将在ASMS会议上展示使用Mascot的海报或报告，请将海报/报告编号、主讲人姓名及摘要发送至newsletter@matrixscience.com，您的成果将有机会刊登在后续的newsletter中。

本月重点推荐的研究成果揭示了opal终止密码子可加速马的氧代谢机制。

Mascot Server能够轻松搜索数千万条蛋白质序列数据，并处理大规模的质谱峰列表文件。

Mascot：25 年来值得信赖的质谱蛋白质鉴定参考标准

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Matrix Science ASMS用户会议邀请

会议信息

• 时间：2025年6月2日（星期一）上午7:00-8:00

• 地点：美国马里兰州巴尔的摩会议中心338室

• 费用：免费参会，但需提前注册（名额有限，建议尽早报名）

• 福利：会议期间提供早餐。

• Using MS²Rescore to boost identification rates in complex samples,
  Tim Van Den Bossche, Computational Omics and Systems Biology Group (CompOmics), Ghent University/VIB-UGent Center for Medical Biotechnology

• Mascot DIA: Universal spectrum-centric approach,
  Ville Koskinen, Matrix Science

• Mascot DIA: Thermo LFQ example,
  Patrick Emery, Matrix Science

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使用Mascot 发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Running a genetic stop sign accelerates oxygen metabolism and energy production in horses

Gianni M. Castiglione, Xin Chen, Zhenhua Xu, Nadir H. Dbouk, Anamika A. Bose, David Carmona-Berrio, Emiliana E. Chi, Lingli Zhou, Tatiana N. Boronina, Robert N. Cole, Shirley Wu, Abby D. Liu, Thalia D. Liu, Haining Lu, Ted Kalbfleisch, David Rinker, Antonis Rokas, Kyla Ortved, Elia J. Duh

Science 387, 1375 (2025)

表现出异常高的质量调整后摄氧量，以及支持高能量生成的其他代谢适应机制。本研究聚焦NRF2/KEAP1信号通路揭示其分子机制：NRF2调控运动过程中的细胞与组织氧化还原稳态，而KEAP1是其核心负调控因子。研究团队发现马及其他奇蹄目动物KEAP1基因存在提前终止密码子(R15X)，其UGA终止密码子被重新编码为半胱氨酸(C15)。该R15C突变通过增强NRF2活性，显著加速氧代谢与ATP生成。

为验证这一发现，研究者首先采用液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)分析马组织及细胞样本。通过亲和富集KEAP1蛋白后，分别采用DDA与靶向检测策略进行分析。MS/MS谱图通过Mascot Server检索本研究构建的马(Equus caballus)蛋白质序列数据库，包含特定设计的马KEAP1结构。鉴于UGA终止密码子在人类和小鼠中可能被重编码为硒代半胱氨酸或半胱氨酸，检索参数特别设置了硒代半胱氨酸修饰及脲甲基化半胱氨酸可变修饰。质谱数据证实马KEAP1第15位点主要呈现半胱氨酸修饰。后续通过结构生物学、细胞功能实验及比较代谢组学系统阐明了该突变的生物学效应链。

大型数据库与大规模峰列表的并行处理能力

在蛋白质组学数据库检索中，到底多大算大到无法处理？这一问题实则包含两个维度：其一是数据库包含数百万蛋白质序列导致的规模膨胀；其二是质谱峰列表数量激增引发的数据扩容。

Mascot Server凭借独特架构突破常规限制。

超大型序列数据库处理
采用线性流式读取机制，Mascot无需将整个数据库载入内存即可逐条处理序列条目，唯一的限制仅取决于磁盘存储容量。以NCBI非冗余（nr）数据库为例，其包含约7.07亿条序列，Mascot仍可轻松完成检索。

大型谱峰列表文件应对策略
通过分块处理技术将输入文件拆解为独立运算单元，支持无限扩展处理规模。需注意的是：

• Web服务器端限制（如Microsoft IIS/Apache httpd）主要体现为文件上传大小限制（通常为2GB或4GB）。
• 典型容量参考：一个2GB的MGF文件可容纳约100万张MS/MS谱图。
• 极端情况考量：超长梯度洗脱或高速质谱仪生成的特大文件需特殊处理。

我们的博客对以上内容进行了更详细的讨论。

About Matrix Science

Matrix Science为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助大家更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot每年被2000 多篇论文引用，软件全线支持来自Agilent, Bruker, Sciex, Shimadzu, Thermo Scientific和Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系我们或我们的营销合作伙伴，了解如何利用 Mascot 推动蛋白质组学研究的更多信息。

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