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我们正在开发一种用于分析DIA数据，以谱图为中心的通用型解决方案Mascot DIA。

本月的重点文章介绍将宏蛋白质组学工作流程应用于温带海洋生态系统。

我们很高兴宣布Mascot Server的版本更新价格下调。

Mascot：25 年来值得信赖的质谱蛋白质鉴定参考标准

申请试用

以谱图为中心的DIA分析的前景

我们正在开发一种通用的、以谱图为中心的DIA数据分析解决方案，称为Mascot DIA。该解决方案通过即将发布的Mascot Distiller 3.0中全新的前体离子检测技术，以及即将发布的Mascot Server 3.2中新型的抗噪声概率性评分技术来实现。这两款产品目前均处于Beta测试阶段。那么，什么是“以谱图为中心”的搜索？它旨在解决什么问题呢？

“以谱图为中心”（Spectrum-centric）和“以肽段为中心”（Peptide-centric）是分析自下而上（bottom-up）LC-MS/MS数据的两种互补方法。

• 以谱图为中心分析的目标是尽可能多地解释MS/MS谱图中的峰。如果在统计上有显著数量的理论碎片离子峰与观测到的峰相匹配，则该前体离子即被认为是已被鉴定的。
• 相比之下，以肽段为中心分析的目标是在整个LC-MS/MS运行中找到理论前体离子存在的证据。大多数以肽段为中心的工具从理论可检测的前体离子库开始，然后在连续的MS/MS扫描中追踪碎片离子的洗脱情况。如果找到了足够数量且高度相关的碎片离子轨迹，则该前体离子即被认为是已被鉴定的。

两者的区别可能很微妙，但以谱图为中心的搜索具有多项优势：

• 更低的假阳性匹配风险。一次可靠的肽段鉴定要求在同一张谱图中存在连续匹配的b/y离子序列，而不仅仅是少数几个低强度碎片离子的匹配。
• 充分利用MS/MS谱图中的所有信息，包括中性丢失峰 - 这对于翻译后修饰（PTM）的位点定位至关重要。
• 通过概率性评分，无需创建样本特异性的谱图库或色谱图库。
• 正因为无需构建库，所以在可变修饰或酶解方式的选择上不受限制。

如需了解更详细的比较分析，敬请访问我们的博客。

使用Mascot 发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Metaproteomic Dataset on Semi-Diurnal Variability of the Bacterioplankton Communities During a Spring Phytoplankton Bloom in the North Sea

Vaikhari Kale, Jürgen Bartel, Daniel Bartosik, Philip Berhard Lude, Chandni Sidhu, Hanno Teeling, Rudolf Amann, Thomas Schweder, Dörte Becher, Anke Trautwein-Schult

Proteomics, 0:e70001, 23 June 2025, doi:10.1002/pmic.70001

作者采用宏蛋白质组学工作流程，研究了北海浮游植物藻华 (phytoplankton blooms) 中自由生活细菌群落的分类学和蛋白质组学变化。这些藻华可引发浮游细菌水华)，后者在海洋碳循环 中扮演着重要角色。作为研究昼夜循环价值的一个例证（与每日仅采样一次相比），作者报告称，基于早期和晚期样本间蛋白质组累积丰度的比较，在65个相关细菌属中观察到了显著变化。

他们在三天内每12小时一次的采集一次样本。海水样本经过过滤，提取其中的细菌群落，然后进行裂解并使用SDS-PAGE进行分离。胶内酶切后，样本使用LC-MS/MS在DDA模式下进行分析。使用Mascot Server 软件采用了两轮搜索策略。第一轮搜索针对宏基因组衍生数据库的结果在Scaffold 软件中进行了合并与过滤，然后从八个时间点匹配到的蛋白质中创建了一个非冗余子集数据库。第二轮搜索针对该合并子集数据库的结果，在Scaffold中使用严格的质量标准进行了过滤。在总计2050万张 MS/MS 质谱图中，590万张得到了可靠鉴定，样本平均鉴定率为28%。

Mascot Server 新的定价模式

我们很高兴地宣布，Mascot Server推出三种新的定价模式：

• 小型：支持最多 8 个核心
• 中型：支持最多 16 个核心
• 大型：支持最多 128 个核心

相较于旧的基于 CPU 的授权许可，这种新的定价模式结合当今的多核处理器提供了更高的性价比。

同时，我们也降低了从旧版本升级的费用。如果您持有 Mascot Server 2.x 的许可，无论版本多旧，都可以将其折抵，获得 50% 的折扣。此外，当您从 5 CPU 或更大规模的旧许可证切换到大型许可时，升级费用将显著降低，同时核心数上限 将大幅提升。

如果您持有有效的支持合约，您可以选择维持当前基于 CPU 的许可证，或切换到新的定价模式，选择对您更划算的方案即可。我们将在您下一次支持续订日期之前联系所有处于支持期内的客户。

如需了解更多详情或获取正式报价单，请随时与我们联系。

About Matrix Science

Matrix Science为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助大家更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot每年被2000 多篇论文引用，软件全线支持来自Agilent, Bruker, Sciex, Shimadzu, Thermo Scientific和Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系我们或我们的营销合作伙伴，了解如何利用 Mascot 推动蛋白质组学研究的更多信息。

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