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我们正在开发一种新的基于谱图中心评分的算法，用于从DIA（数据非依赖采集）谱图数据中鉴定肽段。

本月的重点文章介绍了利用Mascot Server和Distiller软件鉴定并定位磷酸化修饰，进而提出了一种新的剪接调控机制。

Windows 11和Server 2025的最新更新可能导致Mascot及IIS网络服务器出现问题。

Mascot：25 年来值得信赖的质谱蛋白质鉴定参考标准

申请试用

基于谱图中心评分的 DIA 解决方案

数据非依赖采集 (DIA) 质谱分析常常过度强调最大化蛋白质鉴定数量，而牺牲了结果的质量。为了解决这个问题，我们正在开发一种基于谱图中心的解决方案- Mascot DIA。与传统的肽段中心方法不同，其目标是在不预先假设峰强度或洗脱时间的情况下，解释 MS/MS 扫描中观测到的所有峰。

该算法的核心是抗噪评分。Mascot 将理论碎片离子（包括中性丢失）与观测谱图进行比对，并计算该匹配是随机巧合的概率。为了获得统计学显著的评分，一个匹配必须展现出充分的、非随机的序列覆盖度。

Mascot DIA 不需要沿时间轴解卷积谱图，也不需要创建伪 DDA 投影或使用来自谱图库的预测谱图。在选峰时利用了高质量精度和峰强度信息，并且重新设计了噪声模型，以更好地处理来自无关肽段的干扰峰。概率评分确保了只鉴定到碎裂足够充分的肽段，同时限制了假阳性的数量。

您可在我们的博客中找到更多详细内容和一个 SCIEX SWATH 示例。

使用Mascot 发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Mass Spectrometry and 3D Modeling Indicate the SBK2 Kinase Phosphorylates Splicing Factor SRSF7 to Regulate Cardiac Development

Mark Bouska, Eduardo Callegari, Daniela Paz and Xuejun Wang

Kinases Phosphatases 2025, 3(4), 20, doi:10.3390/kinasesphosphatases3040020

该研究首次提供了体内证据，证明 SH3 结构域结合激酶家族成员 2 (SBK2) 在左心室功能中起着至关重要的作用。作者研究了在小鼠模型中恢复 SBK2 水平的效果，并采用质谱分析和 AlphaFold 结构建模技术，以鉴定其相互作用蛋白并阐明其作用机制。研究利用定量蛋白质组学，鉴定出小鼠心室中 SBK2 过表达后表达上调和下调的蛋白质。通路分析显示，SBK2 是肌动蛋白/肌球蛋白细胞骨架组织中的一个作用因子，并定位于 PTW/PP1 磷酸酶复合物。

这促使研究者进行了磷酸化富集研究（采用双重富集方法）。利用 Mascot Server 和 Distiller 软件及内置位点分析算法，对磷酸化位点进行鉴定和定位。Mascot 鉴定出 RABX5/RABGEF1 以及富含丝氨酸和精氨酸的剪接因子 7 (SRSF7) 为最显著被磷酸化的蛋白质。RABGEF1 是一种靶向线粒体的泛素结合蛋白，已知会导致严重的线粒体功能障碍；而 SRSF7 则已知调控从幼年向成年型转录组的转变。研究者将磷酸化位点数据与计算分析和建模相结合，以确定 SBK2 与 SRSF7 之间的相互作用。这引导作者提出了一种新颖的机制：SBK2 磷酸化 SRSF7，从而调控该剪接因子以促进心肌细胞发育。

Windows 更新导致 IIS 问题

适用于 Microsoft Windows 11 和 Windows Server 2025 的最新更新 KB5070773，可能导致 IIS（Internet Information Services）网页服务器出现问题，致使无法查看 Mascot Server 及 IIS 欢迎页面。这包括使用 localhost、计算机名或 IP 地址访问该网页服务器时均可能失败。此问题可能不会立即显现，其发生与否取决于多种条件，包括已安装的其他更新、网络连接状态以及计算机是否重启过。

如果您遇到此问题，请确保已安装所有更新，然后重新启动计算机。重启应会触发一个自动的“已知问题回滚 (Known Issue Rollback - KIR)”，该操作将修复此问题。对于拥有受管理设备的组织机构（企业环境），其 IT 部门需要实施特定的组策略 (Group Policy) 来部署此回滚修复。一旦问题解决，Mascot Server 将恢复正常工作，且不会造成任何持久性损害。

About Matrix Science

Matrix Science为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助大家更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot每年被2000 多篇论文引用，软件全线支持来自Agilent, Bruker, Sciex, Shimadzu, Thermo Scientific和Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系我们或我们的营销合作伙伴，了解如何利用 Mascot 推动蛋白质组学研究的更多信息。

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