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Mascot Daemon 包含一个Top-3定量结果的汇总报告，此处以 DDA-PASEF 数据为例进行说明。

本月的重点文章提供了用于犰狳、食蚁兽和树懒分类的ZooMS肽段标记物。

从 Windows 10 迁移到 Linux 可以延长硬件的使用寿命。

Mascot：25 年来值得信赖的质谱蛋白质鉴定参考标准

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使用 DDA-PASEF 进行Top-3 定量分析

Mascot Daemon 提供了针对蛋白质水平的定量汇总报告，支持基于前体离子的方法（如 LFQ、SILAC 等）以及基于 MS/MS 的定量方法（如 iTRAQ、TMT）。此外，Daemon 3.0 还支持 Top-3（“平均”）定量方法，即对强度最高的三个肽段进行平均计算。

Top-3 定量适用于所有 DDA 仪器。为说明该方法，我们选取了来自 PRIDE 项目 PXD028735 的原始数据文件，这些数据使用 Bruker timsTOF 仪器（DDA-PASEF 模式）采集。该项目包含两个混合蛋白质组样本（A 和 B），每个样本各有三次重复，其中含有已知含量的人源、酵母和大肠杆菌蛋白。原始文件通过 Daemon 处理，采用默认的 timsTOF Mascot Distiller 处理参数，并启用了前体离子淌度过滤功能。

在肽段序列 FDR 为 1% 的条件下，共鉴定出 41,068 条肽段序列，来源于 372,444 个显著的 PSM（肽段谱图匹配），对应 8,001 个蛋白质。我们在定量汇总中定义了一个简单的样本映射方式 unique_mz，即同一肽段的不同电荷态和修饰形式的强度不进行合并求和。随后，点击一个按钮即可生成 CSV 文件，该文件可导入 Excel 或 R 中进行后续分析。

人源、酵母和大肠杆菌蛋白的预期 log₂ 比值分别为 0、1 和 -2，而 Top-3 定量结果分别为 -0.117（±0.191）、0.725（±0.238）和 -1.819（±0.362）。与使用总强度的方法相比，Top-3 方法的中位数平均偏差更低，因为该方法受异常值影响的可能性更小。

详细的处理步骤、截图和结果请参见我们的博客。

使用Mascot 发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Peptide Mass Fingerprinting of South American Xenarthrans: A New Resource for Zooarcheology and Palaeontology

南美异关节目（Xenarthra）动物的肽质量指纹图谱：为动物考古学与古生物学提供新资源

Mariya Antonosyan, Roshan Paladugu, Michael Ziegler, Gabriela Prestes Carneiro, Eliane Chim, Andre Menezes Strauss, Diego Mendes, Rafael Lemos, Jorge Domingo Carrillo-Briceño, Laura Pereira Furquim, Stefanie Schirmer, Jana Ilgner, Daniela Volke, Patrick Roberts

J. Proteome Res., November 3, 2025, doi:10.1021/acs.jproteome.5c00636

作者报告了一组独特的 I 型胶原蛋白（COL1）肽段标记物，可用于区分南美异关节目（Xenarthra）的不同物种，包括犰狳、食蚁兽和树懒——这些类群在现有参考数据库中代表性严重不足。该研究旨在通过肽质量指纹图谱技术（即质谱法动物考古学，ZooMS），实现对碎片化且形态学上难以辨识的骨样本进行分类鉴定。

研究团队汇集了来自以下机构的现生及已灭绝树懒和犰狳的参考骨样：柏林自然博物馆（莱布尼茨进化与生物多样性科学研究所）、戈亚斯联邦大学人类学博物馆、Curt Nimuendaju 考古学实验室，以及苏黎世大学动物学博物馆。同时，利用公开可获取的现生物种及一种已灭绝物种的注释基因组，通过计算机模拟酶切（in silico digestion）筛选出适用于 COL1 的候选标记肽段序列。

经胰蛋白酶消化后，样品使用 MALDI-TOF 质谱仪（Bruker AutoFlex）进行分析，获得了包含12个标准标记肽段的存在/缺失矩阵。

随后，研究者采用 LC-MS/MS（Orbitrap Exploris 480 和 Waters Synapt）对候选标记肽段进行了验证。每个分类群的代表性模式生物的蛋白序列与哺乳动物 COL1 直系同源序列合并，并再次进行胰蛋白酶消化。质谱数据通过 Mascot 的容错搜索（error tolerant search）进行检索，以允许序列变异和未预期的可变修饰存在。最终，作者成功确认了10个现生及已灭绝物种的特异性肽段标记物，结果支持当前异关节目的系统发育框架。

从Windows 10迁移到Linux

微软已于 2025 年 10 月 14 日终止了对 Windows 10 的主流支持。如果您的 PC 硬件状况良好，但不兼容 Windows 11，也无需将其丢弃。Mascot Server 兼容所有近期的 Linux 发行版。Windows 版本与 Linux 版本在功能上完全一致，但如果您计划切换平台，我们建议您具备一定的 Linux 系统管理经验。

如果您持有有效的技术支持合同，平台切换服务将免费包含在内；如有需要，请随时联系我们获取建议。

如果您目前使用的是较早版本的 Mascot Server 2.x 许可证，我们建议您升级至最新版本。版本升级包含一年的高级支持服务（Premium Support），其中涵盖免费的平台切换、指导安装及数据迁移服务。无论许可证所涵盖的 CPU 数量或授权年限如何，所有 2.x 版本均可享受五折优惠。欢迎联系我们了解详情并获取免费报价。

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Matrix Science为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助大家更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot每年被2000 多篇论文引用，软件全线支持来自Agilent, Bruker, Sciex, Shimadzu, Thermo Scientific和Waters质谱仪生成的质谱数据。

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