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NCBI nr (非冗余蛋白数据库)的FASTA格式文件已停止提供，但您仍可通过本地方式构建该数据库。

本月的重点文章介绍了探讨妊娠期间的免疫调节机制研究。

在Linux上配置Mascot Server作为系统服务现在很简单，只需使用一个新的systemd单元文件。

Mascot：25 年来值得信赖的质谱蛋白质鉴定参考标准

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NCBI nr的替代方案

NCBI nr是由美国国家生物技术信息中心（NCBI）整合的非冗余蛋白质序列综合数据库。该数据库的配置文件长期作为Mascot Server的预定义配置（NCBIprot）提供。然而，FASTA格式文件已悄然停止服务，最新版本停留在2024年2月文件。

BLAST工具本身并未停用，因此仍可通过本地方式构建该数据库。您需要安装NCBI的blast+工具包和Perl环境。通过blast+的update_blastdb.pl命令可下载分块压缩的BLAST数据库（当前总量约354GB），解压后将扩展至约600GB。随后使用blastdbcmd工具可提取生成FASTA格式的nr.fasta文件，这需要额外450GB的磁盘空间。

关于数据库构建和配置的详细步骤，请参阅我们的博客文章。

我们始终建议将NCBI nr作为最后选择方案，由于其庞大的数据量（约600GB解压后），通常更适合特定研究需求。一个更优的替代方案是UniProt TrEMBL数据库。即将于2026年2月发布的UniProt版本将对TrEMBL进行重组升级：通过增加参考蛋白质组数量，大幅减少未注释或注释不充分的序列。这种重构将实现生命之树覆盖范围的全面性——这正是过去使用NCBI nr的最主要场景。

使用Mascot 发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Amniotic fluid glycoproteins as potential ligands for macrophage galactose-type C-type lectin and their possible implications for immunoregulation during pregnancy

羊水糖蛋白作为巨噬细胞半乳糖型C型凝集素受体潜在配体及其在妊娠免疫调节中的作用研究

Justyna Szczykutowicz, Mariusz Zimmer, Magdalena Orczyk-Pawiłowicz

Scientific Reports 15:32966, 2025

妊娠期间，母体与胎儿免疫系统需要在抵御病原体与避免胎儿排斥反应之间建立平衡。本研究通过分析巨噬细胞半乳糖型C型凝集素受体（MGL）与羊水糖蛋白的相互作用，揭示其可能通过调控免疫平衡防止过度炎症反应和自身免疫性疾病的机制。研究发现黏蛋白、黏蛋白样蛋白和尿调素等MGL配体，为MGL介导的妊娠期免疫稳态假说提供了实验证据。

研究方法采用MGL下拉实验：以足月羊水样本池为研究对象，对比钙离子活化MGL组与阴性对照组（GalNAc饱和MGL组）。经一维凝胶分离、常规烷基化和胰蛋白酶酶解后，使用Evosep One/Orbitrap Exploris 480系统进行LC-MS/MS分析。数据通过Mascot Distiller处理，并以人类蛋白质组数据库为检索库，将HexNAc（ST）设为可变修饰以鉴定O-连接糖链配体。生物信息学分析包括STRING蛋白互作分析、GO功能注释和Reactome通路富集分析。

在Linux系统中将Mascot Server配置为系统服务

Mascot Server运行一个名为Mascot Monitor（ms-monitor.exe）的后台服务。该服务负责管理序列数据库，且必须处于运行状态才能执行搜索任务。

在Windows系统中，Mascot Server安装程序会自动配置对应的系统服务。而在Linux系统中，我们现已通过新的systemd单元文件简化了配置流程。

请参考新帮助页面的操作指南，下载systemd单元文件并复制到指定目录。可能需要修改的唯一配置项是Mascot Server的安装路径。当单元文件生效后，即可通过标准systemctl实用工具控制该服务。

About Matrix Science

Matrix Science为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助大家更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot每年被2000 多篇论文引用，软件全线支持来自Agilent, Bruker, Sciex, Shimadzu, Thermo Scientific和Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系我们或我们的营销合作伙伴，了解如何利用 Mascot 推动蛋白质组学研究的更多信息。

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