欢迎

我们在ASMS 2026会议上展示了三张Mascot DIA的海报。

本月精选研究介绍了一种从间充质干细胞生产细胞外囊泡的优化工艺。

欢迎在BSPR 2026和IMSC 2026会议上与我们见面。

Mascot：25 年来值得信赖的质谱蛋白质鉴定参考标准

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Mascot DIA 海报

很高兴能在今年6月于加州圣地亚哥举行的ASMS 2026上与各位交流。我们展示了三张关于Mascot DIA的海报，分别涉及其在肽段鉴定和定量策略中的不同方面。

WP 449: Mascot DIA introduces probabilistic scoring to spectrum-centric analysis of DIA data.
Mascot DIA 为 DIA 数据的谱图中心分析引入概率评分。
目前大多数数据非依赖性采集（DIA）软件包采用肽段中心型策略，依赖于预先计算好的谱图库和精确的碎片离子强度预测，这限制了仪器、蛋白质组、酶和可变修饰的选择。我们开发了一种新的概率打分模型，用于从卷积的DIA MS/MS谱图中鉴定肽段。该模型不依赖机器学习，且突破了肽段中心型方法的局限。

WP 464: Mascot DIA enables direct comparison of DDA and DIA identification and quantitation results.
Mascot DIA 可直接比较 DDA 与 DIA 的鉴定和定量结果。
我们重新分析了PRIDE项目PXD028735中在同一台仪器上以DDA和DIA模式采集的数据。Mascot无需对DIA谱图进行解卷积。DDA和DIA谱图使用相同的序列匹配和母离子定量算法，使得结果可直接比较，且两种技术可使用相同的下游处理流程。

WP 622: Overcoming Peptide-Centric DIA Limitations: Discovering Unsuspected Modifications in Narrow-Window DIA Using Mascot Error Tolerant Search.
突破以肽段为中心的 DIA 局限：利用 Mascot 容错搜索发现窄窗口 DIA 中意料之外的修饰。
Mascot DIA具备DDA的所有功能，包括Mascot容错搜索。这是一种两轮搜索：第一轮标准搜索用于鉴定蛋白质，第二轮全面搜索则遍历整个Unimod修饰列表及序列变体。我们重新分析了PRIDE项目PXD037506中以DIA模式采集的数据，发现了非特异性酶切、序列变异、糖基化和磷酸化的意外修饰证据。

使用Mascot 发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Tuning Hydrogel Mechanics and Microstructure to Maximize Extracellular Vesicle Production from Mesenchymal Stem Cells

调控水凝胶力学特性与微观结构以最大化间充质干细胞的细胞外囊泡产量

Riddhesh B. Doshi, Bethany Yee, Nicolas Warburton, Juanfang Ruan, Richard Tilley, Kuldip Sidhu, Kristopher A. Kilian

Cellular and Molecular Bioengineering, 2026, doi:10.1007/s12195-026-00917-x

由间充质干细胞（MSCs）产生的细胞外囊泡（EVs）在再生医学中具有广阔的应用前景。作者展示了一种利用水凝胶微载体优化EV生产的工艺，通过调控水凝胶的特性，可将EV产量提升至传统单层培养的18倍。研究中对水凝胶的力学性能和微观结构进行了精确调控，并采用剪切技术进行评估。所产EVs则通过流变学分析、成像技术、蛋白质组学和功能学实验进行了全面表征。

研究培养了两种MSCs，即脂肪来源干细胞（ADSCs）和诱导多能干细胞来源的MSCs（iMSCs），并将它们分别培养在组织培养塑料（TCP）和甲基丙烯酰化明胶（GelMA）水凝胶上。在蛋白质组学分析中，分离EVs后，采用液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）进行分泌组谱分析。原始数据由Mascot Distiller处理，并通过Mascot Server数据库搜索进行蛋白质鉴定。

作者在所有实验条件下共鉴定出117种共有蛋白质。其中，源自TCP培养的ADSC-EVs鉴定出18种特有蛋白，源自微载体的则有22种；而在iMSC-EVs中，上述两种培养条件下分别鉴定出26种和25种特有蛋白。生物学通路分析表明，来自GelMA微载体（MC）的EVs主要参与补体激活和胶原纤维组织形成，这些过程对于创伤愈合至关重要。

BSPR 2026 和 IMSC 2026

7月我们将前往英国剑桥参加7月13日至15日举行的BSPR 2026大会。欢迎来与我们交流Mascot的最新进展。本次会议注册将于6月22日截止，请尽早访问BSPR注册入口完成报名。

8月，我们将在法国里昂参加IMSC 2026会议。在8月22日至28日的会议期间，我们将在40号展位。加入我们，看看最新版本的Mascot的演示。

About Matrix Science

Matrix Science为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助大家更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot每年被2000 多篇论文引用，软件全线支持来自Agilent, Bruker, Sciex, Shimadzu, Thermo Scientific和Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系我们或我们的营销合作伙伴，了解如何利用 Mascot 推动蛋白质组学研究的更多信息。

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