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让我们一起来看看一款全新的，开源的应用程序，它可以将DIA 数据去卷积，创建形同于DDA模式的谱峰列表，从而可以利用Mascot进行搜库。

这个月列举的文章讨论了MHC Class I 如何选择和呈递肽段到细胞表面的过程。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中， 请发给我们相关的PDF 或者URL。

本月Mascot小技巧描述了Mascot Server如何 Re-centroid 谱峰。

如果你有任何建议和问题，请随时与我们联系。

DIA-Umpire使DIA 数据搜库成为可能

越来越多的研究者利用DIA(data-independent acquisition)的采集模式进行靶向蛋白的定量。DIA-Umpire是一款全新开源的Java应用程序，由密西根大学开发，文章发表于 Nature Methods 12, 258-264 (2015)。该程序通过将DIA 数据去卷积化，从而创建了传统的DDA 形式的谱峰列表。该程序的出现，使DIA蛋白的鉴定和定量不再依赖于spectral libraries。该软件旨在处理任何质谱仪生成的DIA数据。

我们试着用这款程序处理和搜索了一组在AB Sciex 5600上采集的Swath 数据，分析结果看起来很不错。如果您想处理和搜索大批量的数据，可以在Mascot Daemon2.5 中，将该程序作为data import filter来使用。

想要了解更多，请 阅读最近的blog article。

使用Mascot发表的优秀文章

这里我们列举了一些最近发表的出色文章，它们使用Mascot进行蛋白鉴定，定量或者特性研究。如果您也想让我们列举您的文章， 请将的PDF 或者URL 发送给我们。

The first step of peptide selection in antigen presentation by MHC class I molecules

Malgorzata A. Garstka, Alexander Fish, Patrick H. N. Celie, Robbie P. Joosten, George M. C. Janssen, Ilana Berlin, Rieuwert Hoppes, Magda Stadnik, Lennert Janssen, Huib Ovaa, Peter A. van Veelen, Anastassis Perrakis, and Jacques Neefjes

PNAS (2015) 112: 1505-10

当免疫系统攻击病原体以及突变蛋白时，主要组织相容性复合物(MHC) class I 将多种肽段呈递给细胞毒性T细胞。但是，最终呈递的肽段数量是很有限的，这篇文章研究了小鼠MHC calss I（H-2K）肽段开启和关闭的速率，讨论了这种选择性产生的机制。

作者发现，这些MHC calss I起初结合了大量的肽段，但是随后的选择阶段，大部分结合的肽段都会被释放。通过不同温度的细胞培养，26°C vs 37°C, 作者发现H-2Kb 多肽有着很强的温度依赖性，这提示MHC class I 经历了许多轮的肽段结合和排斥，直到高亲和性的肽段被捕获。这种自发的机制使得只有最合适的肽段才会被呈递。

本月Mascot 小技巧

Mascot 会将上传的profile 数据转化成centroid的谱峰列表，从而尽可能的给出合理的分析结果。如果两个峰分离的很好，那么centoid 这一步本身就没有多大的效用。但是如果两个峰非常的靠近，同时出现在一个centroid的窗口里，它们就会被一个单独的峰所取代。 如今，越来越多的仪器能够生成高分辨率和高精确度的MS/MS数据。我们意识到这时centroid可能是一个问题，所以在Mascot 2.4中我们做了一点改变：只有当一个spectrum中有超过1000个peak时，才会进行centroid，而在一个真实的谱峰列表中，centroid 功能是关闭的。

如果您有高分辨率和高精确度的MS/MS数据，并且正在使用Mascot 2.3或更早的版本，re-centroding可能是个问题，尤其是当它造成报告离子峰（iTRAQ，TMT）的位置有小的偏移的时候。您可以在mascot.dat 的Options模块，将CentroidWidth设置为一个非常小的值，例如0.0001,从而关闭centroid功能。如果您这么做了，就要意识到，任何一个习惯上传profile 数据的人，会突然发现他们的搜索结果变得糟糕了许多！

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自AB Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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