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随着仪器精度愈来愈高, de novo sequencing 也成为一个实际可行的策略,尤其是对于那些肽段序列不在数据库中的情况。你知道Mascot Distiller Search Toolbox 包含了强大的de novo 算法么? 这一期我们将介绍这一算法是如何与数据库搜索相互补充的。

这个月列举的文章鉴定了一种巨大的病毒,该病毒在永久冻土层中冰冻了30000年后,依然具有传染性。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中,请发给我们 相关的PDF 或者URL.

本月的Mascot小技巧告诉你如何从定量实验中获取单个成分的信号强度值。

如果你有任何建议和问题,请随时 联系我们。

 

October 2015

De novo sequencing
特色文章
本月Mascot小技巧
 

利用de novo sequencing 进行深度挖掘

你是否在研究一种生物,该生物的基因组还没有被测序,或者因为未知修饰和可变剪切,蛋白图谱无法和已有数据库中的图谱进行匹配?这些问题, de novo sequencing 可以帮您解决.

现在市面上的仪器,在质量精度和信噪比上已经达到了前所未有的高水平,但是这些仍然不能保证得到确切的,首尾相连的肽段。这些肽段可能在预期之外的序列处断裂,或者碎片质量数可以得到多种匹配。常用的解决方法是利用error tolerance sequence tag 尝试将de novo sequencing 与数据库序列相匹配,关注于包含突变或者修饰的新区域.

Mascot Distiller Search Toolbox 包含了强大的de novo 算法,可以和与Mascot Server 联合使用,实现以下的策略:

  1. 标准的Mascot 数据库 搜索返回容易匹配的序列结果。
  2. Error tolerant 数据库搜索 返回其他的匹配结果,但是只适用于那些已经鉴定过的蛋白。
  3. 自动de novo 搜索 所有没有匹配的谱图。
  4. Error tolerant sequence tag search 搜索de novo 结果中确定的区域.

如需了解更多关于数据库与de novo联合使用的信息,请点击这里。 Mascot Distiller 提供 30天免费试用

Mascot Distiller De Novo

使用Mascot发表的优秀文章

这里我们列举了近期一篇很有意思的,也很重要的文章。该文章运用Mascot进行了蛋白鉴定,定量及特性分析。如果您也想让我们列举您的文章,请将文章的 PDF 或者URL 发送给我们。

 

In-depth study of Mollivirus sibericum, a new 30,000-y-old giant virus infecting Acanthamoeba

Matthieu Legendre, Audrey Lartigue, Lionel Bertaux, Sandra Jeudy, Julia Bartoli, Magali Lescot, Jean-Marie Alempic, Claire Ramus, Christophe Bruley, Karine Labadie, Lyubov Shmakova, Elizaveta Rivkina, Yohann Coute, Chantal Abergel, and Jean-Michel Claverie

PNAS (2015), vol. 112, E5327-E5335

这篇文章研究了西伯利亚永久冻土层中一种古老的病毒,这种病毒至今仍有传染性。这是一种体积巨大的球形病毒(直径为0.6µm),基因组中包含651-kb 的GC 区,编码523种蛋白。

纯化的Mollivirus 颗粒的蛋白组鉴定到了230个蛋白,通过串联质谱的方法,每个蛋白至少鉴定了2个不同的肽段。该病毒颗粒的蛋白组揭示了两大特征:缺少转录元件以及存在许多不同寻常的核糖体以及核糖体相关蛋白。

另外,针对Mollivirus 正常的复制周期,作者每隔一段时间,研究了被Mollivirus 感染的A.castellanii 的表达功能以及蛋白的变化。该实验的实验流程以及质谱数据存储在了PRIDE中,编号为 PXD002374 以及 PXD002375

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本月Mascot小技巧

不管您是使用Mascot Distiller 用于MS1 定量,还是使用Mascot Server 用于MS2定量,报告的结果都是一系列比值。如果您需要每个样品的信号强度,这些也可以通过以下方式获得。

对于Mascot Distiller, 点击下载: report template 解压至table_peptides_int.xslt的文件夹中,该文件夹位于Mascot Ditiller reports 目录中(路径可能为C:\Program Files\Matrix Science\Mascot Distiller\reports)。它会自动在Mascot Distiler 定量报告的菜单中创建新的条目。该新的报告包含每个XIC的起始保留时间,以及整合的信号强度, 报告的结果可以复制黏贴至Excel中。值得注意是,通过两组信号强度值计算得到的比值可能与报告的比值不同,除非您在定量方法中选择“simple ratio”。这是因为计算母离子比值的默认方法是XIC中每张谱图的强度进行交会图绘制后进行直线拟合。该计算方法在Distiller help 的'Quick tour SILAC Example'中有所描述。

对于Mascot Server, 信号强度值可以在可配置的CSV以及XML 输出中获得。您要确保同时勾选了Protein quantitation 以及 Peptide quantitation。对于CSV 格式,您可以在最右边的列中找到肽段的定量信息:首先是比值,然后是信号强度。蛋白定量的信息位于每个蛋白的最后一行,肽段结果的右侧。

Mascot Distiller Analysis menu

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具,帮助他们更快速,更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自AB Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

 

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