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今天我们聊聊mzTab,它是搜索结果的一种轻量级数据交换格式,由蛋白质组学标准计划-蛋白质组信息学工作组(Protoemics Stardand Initiative Proteomics Informatics Working Group,PSI-PI)开发。

本月发布的特色文章展示了一种从少量细胞中研究免疫肽组(immunopeptidome)的新方法。 如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中,请发给我们 相关的PDF 或者URL

本月Mascot小技巧提醒您,您可以像搜索阳离子数据一样便捷的搜索阴离子数据。

如果你有任何建议和问题,请随时 联系我们

 

2016.08

HUPO 2016
mzTab 输出
特色文章
本月Mascot小技巧
 

2016 台湾HUPO

2016年第15届国际人类蛋白组组织世界大会 (Human Proteome Organization World Congress HUPO 2016) 即将在台湾台北举办,会议时间从9月18日至9月22日.

在此会议上,Matrix Science 搭建了自己的展台。我们诚挚邀请您来23号展台,向我们咨询任何关于Mascot Server 以及Mascot Distiller的问题,或者只过来打个招呼也行。

Taipei

导出mzTab格式

Mascot Server 可以将搜索结果以多种数据格式导出,最近新增添的一种数据格式是mzTab。它是一种由蛋白组标准计划(Proteomics Standards Initiative)开发的新型轻量级数据格式。

mzTab和 mzIdentML, 享有共同的受控词汇,但是mzTab以表格为基础(table-based),而不是XML,并且mzTab可以同时包含鉴定和定量数据。与mzIdentML不同的是,mzTab表格可以完美的黏贴至电子表格中(spreadsheet)。

mzTab 文件以元数据开始(metadata section),后面紧跟其他4个可选表格:蛋白,肽段-图谱,肽段以及小分子。另外,mzTab 有两种主要的文件格式,Identification和Quantification,以及两种模式,Summary 和Complete。mzTab 同样支持多种搜索引擎结果的整合。

Mascot Server 2.5 是目前第一个提供本地导出mzTab格式的搜索引擎,并且同时支持Identification 和Quantification 两种mzTab文件。 点击这里 获得更过关于mzTab 导出的信息。

mzTab

使用Mascot发表的优秀文章

这里我们列举了近期一篇很有意思的,也很重要的文章。该文章运用Mascot进行了蛋白鉴定,定量及特性分析。如果您也想让我们列举您的文章,请将文章的 PDF 或者URL 发送给我们

 

Approach for identifying HLA-DR bound peptides from scarce clinical samples

Tina Heyder, Maxie Kohler, Nataliya K. Tarasova, Sabrina Haag, Dorothea Rutishauser, Natalia V Rivera, Charlotta Sandin, Sohel Mia, Vivianne Malmstrom, Asa M. Wheelock, Jan Wahlstrom, Rikard Holmdahl, Anders Eklund, Roman A. Zubarev, Johan Grunewald and Anders Jimmy Ytterberg

Molecular & Cellular Proteomics (2016) published online July 24, 2016

在免疫肽组(immunopeptidomics)研究领域,由于样本的复杂性以及方法的限制,往往需要大量的细胞。这篇文章的作者,优化了实验方法,从而可以利用少量的细胞鉴定HLA-DR绑定的肽段。

作者采用的细胞包含Epstein-Barr-永生型B细胞以及来自肉状瘤患者支气管肺泡灌洗液中的细胞。优化的步骤包括细胞裂解,HLA-DR免疫沉淀,HLA-DR绑定肽段的洗脱,除盐,肽段浓缩,以及质谱鉴定和肽段过滤。

作者最终在EBV-B细胞中鉴定了507个肽段(来自75个蛋白),在BAL 样品中鉴定了1434个肽段(来自215个蛋白),平均每100万个细胞可以鉴定10.1个肽段。相比前人的研究结果,该实验的鉴定结果提高了1-2个数量级。

Thumbnail from featured publication

本月Mascot小技巧

早在2005年的2.1版本中,Mascot Server就支持负离子数据的搜索。在那时,我们觉得这一功能可能很少被用到。但是有迹象表明,可能越来越多的人会对负离子模式感兴趣,尤其和光解作用联系在一起的时候。

只要你的仪器数据系统,或者谱峰选取软件能够创建阴离子的谱峰列表,搜索阴离子数据和搜索阳离子数据就别无他样。也就是说,MGF 谱峰列表中的电荷那一行,需要读成CHARGE=2-,而不是CHARGE=2+,等等。如果有问题,你可以使用 Mascot Distiller.

对于某些数据类型,你可能需要创建新的仪器类型。在negtive ETD中,主要的离子类型是a-type,对于该类型的离子,电荷是通过获得一个电子,而不是失去一个质子获得,以及x-type,这是标准的Mascot x 离子。a-type 可以通过以下方式模拟: 在仪器中添加Mascot a 离子,N-端固定修饰,例如C H(6) N(-7) O(5),以及一个中性丢失H(-1)。

NETD

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具,帮助他们更快速,更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

 

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