欢迎

我们即将参展在德国波茨坦4月2日-5日举办的 2017年蛋白质组学论坛，如果您恰好参会，欢迎前来我们的展台。

我们的一些建议，可以在你向蛋白组学数据库（例如PRIDE）提交搜库结果时提供有用的帮助。

本月的特色文章展示了一种检测血浆源性免疫球蛋白中残留蛋白的新方法。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

本月的Mascot小贴士是关于Mascot Distiller中的processing option文件。

如果您有任何意见或问题，请随时 联系我们。

向蛋白质组学数据库递交搜库结果

有越来越多的研究者将他们的原始数据及搜库结果上传到蛋白质组学数据库。许多杂志现在也以该要求作为发表论文的条件之一。

向 PRIDE 蛋白组学数据库提交的完整流程包括：原始数据，谱峰列表和mzIdentML格式的搜库结果。这里有几个小贴士可以帮助你成功上传。

MIAPE（Minimum Information about a Proteomics Experiment）法则（详见 MIAPE-MSI)

» 搜索结果中包含蛋白质描述和长度，以便在mzIdentML文件可以导出蛋白质序列覆盖率。

» 使用target或者decoy的模式来进行搜库，以便导出结果中包含错误发现率（FDR）

谱峰列表

» 将谱峰列表原始文件在同一路径下以mzIdentML文件格式另存一个副本，以确保谱图与肽段匹配的准确性。

修饰

» 如果不是在公共Unimod数据库中的修饰可能会被PRIDE拒绝。尝试不加修饰重新搜库或者添加 Unimod中的修饰类型。

如果您想进一步了解，请点击这里 阅读相关文章。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐,请发给我们 一个PDF或URL。

An application of mass spectrometry for quality control of biologicals: Highly sensitive profiling of plasma residuals in human plasma-derived immunoglobulin

Franck Limonier, Katleen Van Steendam, Genevieve Waeterloos, Koen Brusselmans, Myriam Sneyers, Dieter Deforce

Journal of Proteomics 152 (2017) 312-320

作者开发了基于质谱来对人血浆来源的免疫球蛋白中残留蛋白的定性、定量方法。免疫球蛋白Ig是被用于免疫缺陷相关疾病以及自身免疫疾病的治疗，而这些残留蛋白会引发一系列不良影响，这也是激起作者做这方面研究的动力。

这篇文章从相当宽的样品分级、采集策略、重复以及样品的范围中，确定最佳的方案。他们的结论是，使用结合了组合肽段配体库（CPLL）的beads来富集低丰度蛋白，是检测这些残留蛋白的首选方法。实验采用的是标准的bottom-up LC/MS/MS和数据库检索流程用于定性，采用label-free的方法进行定量。

作者检测了5种不同的Ig产物，并且发现了70种不同的血浆残留蛋白。他们强化实验的结果是：在Ig中1ng/mg的检出水平（远远低于在体内模型中3ng/mg的血栓形成量）具有作为QC的潜力。

本月Mascot使用小贴士

所有2.6 版的 Mascot Distiller 的processing option文件经过修订已经公布。我们还更改了这些文件的位置以及文件与特定原始文件格式关联的方式。这里有一个问题：原先的设置文件的路径是粘滞位的，这样老版本的Distiller更新后，第一次你尝试打开一个option文件，它仍会从旧的路径开始。可能有些人从来没有意识到新文件夹是可用的。请确保在新的默认位置打开并保存option文件（\ProgramData\Matrix Science\Mascot Distiller\processing options）

Option文件的命名参考这种形式： qtrap_reporter.SciexAnalyst.opt. 从右边开始，扩展名必须是opt，下一步确定原始数据文件格式的关联，在这个例子中，我们写的是Sciex Analyst。其余的名字可以自定义，但是如果名称写作了default那么就会直接调用默认的关联格式，如：default.WatersMS2E.opt。

这个机制代替了旧版本中的文件关联对话框。如果Distiller已经从2.5或更早期版本升级，你仍然会在下拉列表里看到老的processing option文件。我们不想在更新后自动删除旧文件，以免它们仍在使用。如果这些老的关联文件容易使列表混淆，你可以按下述方法轻松移除：

• 退出Distiller
• 以文本格式打开你的Distiller设置文件，路径在 C:\Users\%USERNAME%\AppData\Roaming\Matrix Science\Mascot Distiller\Distiller.rst
• 删除 <Associations> 和 </Associations> 之间所有的内容，但是注意这两行不要删除。
• 保存

当你下次运行Distiller时，下拉列表就会仅包含新的option文件，如右图所示。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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