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我们本期的主要文章阐述了如何使用Mascot security来管理一个共享的Mascot Server的访问，允许某一个用户组能够运行比其他用户更大或更复杂的搜索。

在上一期我们提到的暗物质挑战赛中，有五个修饰已经被阐述清楚了，还有15个仍然是未解之谜。 点击这里 提交你的评定意见。

本月的特色文章中讲了一种新的软件工具，用于解读蛋白质N端，以及对乙酰化水平定量。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

本月的Mascot小贴士关注了极端比例的定量问题。

如果您有任何意见或问题，请随时 联系我们 。

Mascot的安全性控制

如果一个组织机构中有多个研究团队都在使用Mascot，通常有效和更划算的方式是共享一个大的Mascot服务器而不是分别用多个小服务器。起初，可能有些人不愿意共享一个服务器，因为可能考虑到一些研究的保密问题，或者出于担心其他人会占用机器时间，进而延迟或者变慢自己的搜库。Mascot Security提供了上述问题的解决方案。

关于隐私问题，Mascot security提供了一个机制，来限制访问结果报告、数据库、甚至包括用户自定义的修饰。对于Mascot security如何配置，确保隐私，在 这篇文章中有具体的举例说明。

关于优先权的问题，你可以对每一个使用Mascot的小组设置他们的最大权限，以确保某些小组的搜索可以获得更多的处理器时间份额。用户可以减低他们非紧急工作的优先权，但是不能增加优先权超过这个处理器份额的最大值。

新手往往倾向于递交对大数据库进行搜索的任务，而且有很多可变修饰，也不做物种筛选，使得好像搜库任务没完没了。你可以通过限制非常大的数据库（如nr库）的可用性来解决这一问题，限制小组执行“no enzyme”搜索，并限制可以选择的可变修饰的数目。

点击这里，阅读如何对权限设置的详细信息。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们 一个PDF或URL。

EnCOUNTer: a parsing tool to uncover the mature N-terminus of organelle-targeted proteins in complex samples

Willy Vincent Bienvenut, Jean-Pierre Scarpelli, Johan Dumestier, Thierry Meinnel and Carmela Giglione

BMC Bioinformatics, 2017, 18:182

作者开发了一种新的工具，叫做EnCOUNTer（Extration and Calculation Of Unbiased N-Termini）来确定蛋白N端的位点，以及从成百上千的候选中N端乙酰化的量。

工作流程包括了乙酰化和酶解后的蛋白通过SCX柱进行分级，然后通过LC-MS/MS进行分析。多肽N端的乙酰化状态是使用Mascot Distiller定量方法参数来分析的，来判断是d3-Acetyl（化学引起的修饰）还是d0-Acetyl（内源性修饰）。EnCOUNTer需要Mascot Distiller导出的文件，关联Mascot搜库结果和优化的参数条件。

N端打分是基于以下6个系数：i）多肽起始位点， ii) 在该起始位点的残基， iii）N末端的修饰，iv）起始位点附近的备用起始位点， v）匹配的肽段的冗余度，vi) 定位打分。当应用于拟南芥细胞的裂解物时，EnCOUNTer能够表征超过1200个N端，其中近乎600个N-端乙酰化率被定量。

本月Mascot使用小贴士

如果你想要使用SILAC来进行定量，或者其他只包括了少量的重原子的同位素标记，要记住标记效率不可能是100%。这意味着当重标蛋白与轻标蛋白间的发生极其显著上调的调变比率是相当不准确的。

例如，假定样品A标记了，而样本B未标记，其中标记效率99%。如果对于一种多肽在A/B之间真实的比例是1000，测量得到的比例就应该是90，因为样品A有1%未被标记上。这样调变比例的误差就超过了一个数量级。

在大多数情况下，这并不要紧。但如果是这样，你可能需要将标签倒换进行技术重复，从实验中得到极端的比值，其中上调的是未标记的肽段。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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