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您可以轻而易举地创建一个用户自定义的谱图库用来匹配污染物的谱图，而无需增加您所关注蛋白的搜索空间。

本月的特色文章中介绍了一种新的富集方法，可以使成千上万非常规位点的磷酸化肽段被鉴定。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

本月的Mascot小贴士说明了如何从error tolerant search中排除一种修饰类型，例如同位素标记。

如果您有任何意见或问题，请随时 联系我们 。

用于污染物的谱图库

一个用户自定义的谱图库可以用于鉴定来源于污染物蛋白的谱图，而无需增加我们关注蛋白的搜索空间。这特别适用于通常在赖氨酸上存在甲基化或者乙酰化修饰的测序级胰酶，产生大量的含有修饰的非特异性肽段，而这些会在经典的搜库策略中被忽视。

如果您能够下载一个包含所有常见污染物的现成谱图库，当然是比较理想的，但是由于不同的实验方案而引起的人工修饰的变化，意味着你还是需要创建一个属于你自己的谱图库。这并不困难，因为在Mascot 2.6中就包含了这一必要的工具。

点击这里有 详细步骤 来指导建立你自己的污染物谱图库。你可以在以后搜索这些额外的污染物，并且添加到现有的谱图库中。在一个搜库任务中使用这些谱图库，你只需加选一个对于你的目标蛋白合适的Fasta库就可以了。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们 一个PDF或URL。

Extensive non-canonical phosphorylation in human cells revealed using strong-anion exchange-mediated phosphoproteomics

Gemma Hardman, Simon Perkins, Zheng Ruan, Natarajan Kannan, Philip Brownridge, Dominic P Byrne, Patrick A. Eyers, Andrew R. Jones and Claire E. Eyers

bioRxiv posted 13 October 2017, 202820

蛋白的磷酸化是一种重要的PTM类型，并且已有许多行之有效的工作流程来确定，含有丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸残基的多肽上的磷酸化位点。证据表明，组氨酸的磷酸化也在人体生物学过程中扮演重要角色。作者着手开发了这些非常规的磷酸化位点的鉴定方法。

磷酸化组氨酸中的磷酸酯键，在传统的磷酸化肽段分析的酸性条件下易发生水解。为了避免这一点，他们开发了一种基于强阴离子交换色谱的富集方法，可对酸不稳定的磷酸化肽段在近中性pH 的条件下富集。

他们进一步扩展了该方法以对其他不稳定磷酸化位点和在hela细胞的裂解物中磷酸化肽的鉴定~得到300个含有磷酸化His位点的多肽和2740个含有磷酸化Arg、Lys、Asp和Glu的多肽。

本月Mascot使用小贴士

在默认条件下， error tolerant search 测试每一种在本地的Unimod文件中的修饰类型。但有的时候，许多修饰，例如同位素标记，并不可能出现在常规样品中。包括它们的理由是，如果你在一个很重要的蛋白得到很强的匹配，或者某个修饰出现了很多次，那也许有必要搞清楚到底发生了什么。找到一个有效的质量差值，只是描述是错误的。

另一方面，Unimod每年都在扩大它的数据库。如果首轮搜库鉴定到了大量的蛋白，那么二轮搜库就会耗费大量的时间。排除一类我们不期望被搜索的修饰是提高搜库速度的一种简单方法。糖基化就是一个很好的例子。它们合计有大约400种修饰，而大部分超过了500Da。

如果你运行的是Mascot 2.5和之后的版本，那么排除一类修饰是非常简单的。从你的Mascot主页，点击configuration editor的链接，进入modification的编辑界面。通过选择一种或几种修饰分类来过滤列表，然后设置列表右下角的Page Size为All。选中标题栏各个修饰标题旁边的勾选框，选择所有列出的修改，然后选择Exclude from error tolerant。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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