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如果您是使用碘乙酰胺或者碘乙酸来进行蛋白的烷基化反应，那么在这里有一些令人无法抗拒的理由使您需要重新考虑自己的烷基化策略。

本月的特色文章中介绍了去垢剂的选择对于膜蛋白复合体表征的重要性。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

本月的Mascot小贴士提醒大家如何通过使用Database Status页面来改变搜库运行的优先顺序，或者停止搜库的方法。

如果您有任何意见或问题，请随时 联系我们 。

谨慎选择烷基化试剂

含碘试剂可能会导致非常广泛的过烷基化效应，特别是在胶内酶解样品中常存在着化学计量没有很好控制的问题。 遗憾的是，根据文献，碘乙酰胺无疑是最广泛使用的烷基化试剂。

如果在搜库中仅选择了carbamidomethyl (C) ，大量的PSM可能被丢失。如果尝试通过引入额外的修饰来纠正这一点，则会增加search space，这样灵敏度就会下降，搜库时间变长，并且由于任一特定肽段的信号分散在多个母离子上，所以信噪比也会受到干扰。当涉及到定量分析时，后一种影响是误差的主要来源。

没有必要容忍这些问题的存在，简单地换一种不包含碘的烷基化试剂就可以解决。点击 这里阅读详情。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们 一个PDF或URL。

Impact of Detergents on Membrane Protein Complex Isolation

Yu-Chen Lee, Jenny Arnling Baath, Ryan M. Bastle, Sonali Bhattacharjee, Mary Jo Cantoria, Mark Dornan, Enrique Gamero-Estevez, Lenzie Ford, Lenka Halova, Jennifer Kernan, Charlotte Kurten, Siran Li, Jerahme Martinez, Nalani Sachan, Medoune Sarr, Xiwei Shan, Nandhitha Subramanian, Keith Rivera, Darryl Pappin, and Sue-Hwa Lin

Journal of Proteome Research, published online November 7, 2017

去垢剂在膜蛋白复合体的分离中起到了重要作用，影响蛋白的天然折叠，它们与抗体的结合，以及它们与伴侣蛋白的相互作用。在这篇文章中，作者研究了一些常见的去垢剂对于Cad11蛋白复合体溶解度和免疫共沉淀的影响。

抗体对复合体的pull-down产物，结合iTRAQ定量实验，用于鉴定结合蛋白。作者检测了七种去垢剂，并发现与Cad11结合的蛋白质发生变化的原因是取决于使用了哪种去垢剂。

他们发现，DDM和Triton X-100对于Cad11的促溶作用和免疫沉淀作用更有效，并且给出了40个新的与Cad11蛋白相互作用的蛋白候选。作者认为使用一组去垢剂，可能会对蛋白复合体组成给出一个更为全面的认识。

本月Mascot使用小贴士

Database Status页面中，你可以看到数据库和运行搜索的状态信息。在该页面最上面相当显眼的地方，有搜库日志（search log）、错误日志（error log）、和监控日志（monitor log）的链接。你可能还不太清楚，你是可以控制搜索的运行的。

假设你已经开始运行一个像NCBIprot这样大型数据库的漫长搜索任务，而你现在想要递交一个现在急需出结果的小型搜库任务。在Database Status页面，点击NCBIprot数据库的名称，可以看到一个正在运行的搜库任务列表。如果这个数据库自Mascot monitor启动后已经升级，那么这里会有两个链接入口，一个是老的文件，一个是新的文件，所以要确定你选择的那个标注了 “In use”。

通过从递交时间或者像搜库标题这一些元数据，来定位冗长的搜库，点击这个任务的编号可以得到详细的信息。你能看到降低其优先权的链接，这样可以占用更少的CPU时间。优先权是通过负数单位来衡量的，-20是最低的优先顺序，而+20则是最高优先权。

这里也有个链接用于暂停搜库，但是不要忘了后面回来重新开始任务。如果你觉得你确定不想继续运行这个搜库任务，同样有个链接可以用于停止。关于这个话题更多的内容可以参考我们 网络培训课程的L部分。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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