欢迎

我们期待在即将到来的世界HUPO大会上能与你们见面，在那里我们将提供免费的咨询会议。

下文中，我们通过展示如何自定义一种定量半胱氨酸氧化修饰的新方法，来说明Mascot Distiller使用的灵活性。

本月的特色文章涉及到一种鉴定儿茶酚雌激素的靶蛋白方法。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

本月Mascot小贴士是关于如何修复Mascot Daemon受损的搜索结果链接。

如果您有任何意见或问题，请随时 联系我们。

世界HUPO大会免费咨询

• 有关error tolerant search或翻译后修饰的问题。
• 考虑尝试新的定量方法。
• 如何将新的数据库添加到Mascot server或者如何设置Mascot security ?
• 是否需要有关如何解读搜索结果的建议?

在佛罗里达州奥兰多举办的第17界世界HUPO大会（9月30日至10月3日）上，我们提供有关Mascot Server，Mascot Daemon和Mascot Distiller的免费咨询服务。

咨询时间每段三十分钟，最多可供两个人使用。我们没有时间来现场进行长时间的搜索或者处理大规模原始数据文件，因此一旦您预订了咨询时间段，请提前将数据发给我们。如果您希望参与咨询服务，那么请联系 support@matrixscience.com 以讨论您要发送的文件。

地点在Matrix Science的展位，编号307。预订位置，请点击 此链接。

半胱氨酸氧化的定量

今年早些时候，来自格拉斯哥大学的一个小组阐述了一种基于轻标和重标碘乙酰胺标记的新型定量方法，他们将其命名为SICyLIA。SICyLIA的核心是两个组分母离子的定量方法。然而，在其中有个问题：半胱氨酸巯基的氧化是可逆的，可以被还原并且被N-乙基马来酰亚胺（NEM）封闭。具有多个半胱氨酸的轻标和重标肽可能具有NEM封闭的半胱氨酸，甚至可能存在多肽的半胱氨酸仅被NEM封闭的情况。

在已发表的研究中，由于软件限制，往往从定量方法中省略了那些半胱氨酸被NEM标记并封闭（3-4％）的肽。但是，在Mascot Distiller中定义一种能够报告NEM封闭的定量方法却是很容易完成的。

在大多数母离子定量方法中，通常轻标组和重标组被建模为专有修饰，将其作为固定修饰。这意味着所有可能的标记位点必须产生相同的修饰。

对于SICyLIA定量方法，我们希望允许含有零个或多个NEM封闭的半胱氨酸多肽参与到定量中。按照下述方法即能够轻松完成：使用可变修饰组来定义Component组分，这允许Mascot在所有八种可能的情况下匹配肽段（未修饰的; NEM；轻标；重标；轻标+ NEM；重标+ NEM；轻标+重标；轻标+重标+ NEM）。如果它携带至少一个轻标CAM，则Distiller将肽分配给轻组分，如果它携带至少一个重标CAM，则将重新组分分配给重组分。如果肽段同时具有轻标和重标CAM，则它不适合任何组分。

这个方法为Mascot Distiller定量的灵活性提供了极好的说明。点击 这里阅读更详细的说明。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们一个PDF或URL。

In Situ Click Reaction Coupled with Quantitative Proteomics for Identifying Protein Targets of Catechol Estrogens

Huei-Chen Liang, Yi-Chen Liu, Hsin Chen, Ming-Chun Ku, Quynh-Trang Do, Chih-Yen Wang, Shun-Fen Tzeng, and Shu-Hui Chen

J. Proteome Res. Publication online: June 13, 2018

儿茶酚雌激素（CE）是雌激素的主要代谢产物，是一组重要的亲核试剂，能与内源蛋白形成稳定的共价偶联物。这些共价修饰可以诱导细胞信号传导反应并影响代谢或基因调控。在这项研究中，作者开发了一种点击反应/基于质谱的策略来鉴定CE的细胞蛋白质靶标。

用炔雌醇作为前体探针处理肝脏微粒体样品，并且通过微粒体中存在的酶在原位产生CE代谢物。24小时后。使用含有生物素叠氮接头的点击化学方法亲和纯化CE-蛋白质复合物。用胰蛋白酶消化样品，通过还原胺化反应进行稳定同位素标记，并通过LC / MS分析。

共鉴定出334种肝脏蛋白质，274种蛋白质被归类为强结合体。许多已鉴定的强结合体参与细胞氧化还原过程或解毒活动。

Mascot 小贴士

将Mascot Server迁移到新硬件并不困难，我们在这里提供分步说明的 迁移流程 。理想情况下，您还要将主机名从旧服务器转移到新服务器，以便在其他软件中保留书签和对服务器的引用。但是，这可能很复杂，在您的机构中可能不会选择这么做。

更严重的问题是，当服务器URL更改时，Mascot Daemon中搜索结果的所有链接都将破坏。如果Mascot Daemon是您的主要用户界面，这可能是一件麻烦事。而在Mascot Daemon 2.6中，则有一个简单的解决方法：

1. 在Mascot Daemon中，从“Edit”菜单中选择“Preferences”u
2. 在“ODBC连接”选项卡上，选择“ Backup”
3. 任务数据库将导出到XML文件
4. 在文本编辑器（不是文字处理器）中打开XML文件
5. 使用搜索和替换来更改旧服务器主机名的所有实例。例如，将 http://lab_server/mascot/ 更改为 http://new_server/mascot/
6. 保存更改，然后选择Restore将文件导回到Mascot Daemon

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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