欢迎

在本期内容中，我们将讨论如何使谱图库搜索的方法在你现有的分析工作流程中扮演重要角色。

本月的特色文章介绍了一种在细胞器中定位蛋白质的新方法。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

本月Mascot小贴士关于如何在Mascot Server中新建和修改酶解方法的定义。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

使用谱图数据库

最近一份关于在蛋白质组学中使用谱图库的报告指出了可能阻碍该方法被广泛应用所面对的挑战。我们的建议是，这些所谓的障碍在使用Mascot Server时候根本不是问题。

• 将谱图数据库的搜索方法整合到现有的工作流中并不困难。使用Mascot Server进行谱图库搜索可以完成从搜索表单直到结果报告和数据导出流程进行无缝衔接。如果您需要编写自己的代码来读取Mascot结果文件，Mascot Parser可以与fasta数据库搜索结果完全相同的方式处理谱图库搜索结果。
• 文件格式也在发展中。Mascot Server集成了NIST完善的MSPepSearch搜索引擎，支持msp文件格式。每一张谱图都是一个独立的条目，至少包含一个谱峰列表和一些描述母离子质量和肽段序列的关键值字段。MSP格式非常灵活，也非常适合当前的需求。
• 没有综合的谱图库。该报告提出了一个包含“一切”的综合谱图库的愿景。结果的输入和管理是完全自动化的，每个谱图的谱系可以精确地追踪，每个谱图表示了如何将肽段碎裂进行最终合成的。这与存储库有更多的共同之处，而不是日常搜索的库。有许多谱图库以供下载。如果这些没有匹配到你的实验数据——也许你正在研究一个非常见生物或者使用定量标签-Mascot Server使得从您能够相对容易地从自己的搜索结果中创建一个谱图库。

想要了解你如今怎样使用Mascot Server来执行谱图库搜索，请点击这里。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们一个PDF或URL。.

Combining LOPIT with differential ultracentrifugation for high-resolution spatial proteomics

Aikaterini Geladaki, Nina Kocevar Britovsek, Lisa M. Breckels, Tom S. Smith, Owen L. Vennard, Claire M. Mulvey, Oliver M. Crook, Laurent Gatto & Kathryn S. Lilley

Nature Communications, volume 10, Article number: 331 (2019)

这篇文章介绍了一种在亚细胞器结构、蛋白复合体以及在信号通路中对蛋白进行定位的可靠方法。通过超速差速离心后同位素标记(LOPIT-DC)的方法对细胞器蛋白质的定位是一种基于差速离心的空间蛋白质组学研究途径，与基于密度梯度的 hyperLOPIT方法不同。

该工作流程需要进行细胞分馏，通过差速离心、酶解产生肽段和TMT标记等方法将细胞器分离成10个组分，然后再用LC-MS/MS和MS3进行定量。LOPIT-DC使用TMT多重标记的策略，在单个MS run中可以同时分析所有亚细胞组分。

作者用人骨肉瘤U-2 OS细胞系比较了LOPIT-DC和HyperLOPIT各自产生的蛋白质亚细胞定位图。LOPIT-DC实现了较高的亚细胞分辨率，并且与hyperLOPIT相比使用更少的样品，更短的时间，占用更少的资源。在资源不受限制的情况下，HyperLOPIT提供了最大化的整体亚细胞分辨率，但是在起始材料、时间或资金限制的情况下，更简单和更快的LOPIT-DC方案是一个很好的选择。

Mascot 小贴士

在Mascot Server的configuration editor中，你可以非常容易地修改现有酶解方法的定义或者新建一个。在你本地的Mascot Server主页开始，点击 Configuration Editor 进入后再点击Enzymes。

一般情况，你不太会需要添加一种全新的蛋白酶，但如果你使用多种酶联合酶解，你可能需要创造一种用户自定义的混合酶。例如，假设您使用的是CNBr(从甲硫氨酸的C端切)，然后是Asp-N(从天冬氨酸的N端切)。

选择Add new enzyme 并且为新的混合酶输入一个合适的标题，例如 CNBr+Asp-N。在Components中，添加第二行，并且输入两个特异性位点。对于Asp-N，你可以选择仅仅在D上进行酶切，但是相对来说更安全的是输入BD，因为B模糊指代了D或者N。

表单顶部有两个重要的勾选框。如果没有选中 Independent，蛋白质就像在多个酶被添加到一个样本中一样的方式被酶解。这意味着肽的一端可以对应于一个酶切位点，另一端可以对应另一个不同的酶解产生的位点。如果选中了Independent，这模拟了用两种酶单独在样品中进行酶解，产物进行混合，因此单个肽段对应的只是来自一个酶的酶切位点。你可以通过使用Test Enzyme的按钮来看看有什么不同。

如果Semispecific被选中，允许肽段在一端发生非特异性酶切。这会产生更大的search space，建议只有在有必要的情况才使用。在这个例子中，如果Independent 没有被选中，而Semispecific被选中的情况，预期来自默认测试蛋白的肽段数从9增加到391。除非你预计到有一个非常高水平的非特异性酶切，最好先使用一个error tolerant search，然后在二轮搜库时，再放宽酶切特异性。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

Matrix Science Ltd, 64 Baker Street, London W1U 7GB, UK
T +44 (0)20 7486 1050  F +44 (0)20 7224 1344  E info@matrixscience.com