欢迎

欢迎参加我们一年一度在ASMS举办的用户会，今年会议将于6月3日至4日在亚特兰大举行。

Mascot Daemon是一个提高实验室效率的得力助手，这个软件是在购买Mascot Server授权时同时包含的。

本月的特色文章介绍了一种蛋白C端分离与鉴定的新方法。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

本月Mascot小贴士为大家说明Mascot Distiller的设置，对定量分析速度有怎样的重要影响。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

ASMS会议Matrix Science用户会

加入我们的早餐会，了解Mascot为数据库搜索提出的令人振奋的应用解决方案，以及如何充分发挥Mascot作用。

我们的会议是免费参加的，但是需要您提前注册。并且会议提供早餐。

6月3日，周一早7:00-8:00

Database searching in systems without a genome: lessons learned with the California sea lion
报告人：Ben Neely，NIST海洋生物科学研究小组

Metaproteomics with Mascot
报告人：Matrix Science

6月4日，周二早7:00-8:00

A day in the life of a database search engine: Mascot as robust and scalable tool for protein identification in a contract research environment
报告人：Michael Ford，MS Bioworks

Trypsin isn't the only protease: Processing and searching middle down datasets with Mascot Distiller and Mascot Server
报告人：Matrix Science

Mascot Daemon—实现自动化的关键

Mascot Daemon可以非常容易地自动化进行原始数据的处理、提交多个搜索、直接定量和执行一个组合式的工作任务。

通过将一系列follow-up任务链接在一起，Daemon将获取某一个工作任务中使用的数据，并使用不同的参数条件重新搜索它。例如，在搜索主数据库或同时搜索谱图库和蛋白质、DNA的序列数据库之前，先将数据在污染物数据库中搜库得到的鉴定、并删除这样的匹配。

Daemon不仅仅是作为自动化的谱峰提取和搜索的工具。例如，对于定量数据，Daemon可以自动计算和导出定量结果。它还可以触发一个程序，在每次搜索完成后执行任务，例如发送电子邮件或将结果导入实验室的数据库。

如果您在一个多用户或中心实验室，您可以为您的客户或合作者执行搜库，他们可以通过链接直接查看他们的结果，而不需要重新运行搜库。

点击这里阅读关于如何让Daemon为您的工作效力。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们 一个PDF或URL。

In-depth Analysis of C Terminome Based on LysC Digestion and Site-selective Dimethylation

Xiaoxian Du, Caiyun Fang, Lijun Yang, Huimin Bao, Lei Zhang, Guoquan Yan, and Haojie Lu

Anal. Chem., Published online April 26, 2019

蛋白的C末端在许多生物学功能中扮演了重要角色，例如蛋白质分选、蛋白质活性和蛋白质复合物的形成。此外，在C末端的序列标签对于蛋白的鉴定也提供了非常高的特异性。

作者开发了一种分离和鉴定蛋白质C末端的方法，该方法使用LysC进行酶解，然后进行位点选择性的去甲基化步骤：

1. 蛋白样品通过内切蛋白酶LysC酶解为多肽。
2. 所有的LysC酶解产物的α-氨基通过位点选择性去甲基化进行封闭。
3. 利用赖氨酸残基游离的ε-氨基，包含有赖氨酸残基的N末端及内源性肽通过与氨基树脂共价结合，选择性地被除去了。
4. 富集后的样品经过LC-MS/MS分析，并进行数据库搜索。

他们通过这个方法鉴定了300μg Hela细胞蛋白中的781个蛋白C末端。他们还建立了一个以肽段为核心的数据库，该数据库由理论上可鉴定的C-末端肽组成，这些肽是由人类蛋白质组通过LysC理论酶解裂产生的。

Mascot 小贴士

当我们使用 Mascot Distiller 来进行定量的时候，有一些选择会对整个数据处理时间产生很大影响。

General

• Distiller updates 免费升级，请确保你使用2.7或更新版本，这样可以对于大多数数据格式的谱峰提取速度会更快。
• Distiller使用计算机的所有核心或线程，所以安装Distiller的计算机应该有更多的高性能CPU核心。
• 如果是一个大数据集，先对一、两个原始文件的设置进行优化将会比较有效率。

Processing options

• MS2的数据是否保存为centroid类型？如果是，使用接受现有centroid的设置。重复对谱峰进行提取不太可能对蛋白质定量产生太大影响。
• 不要找那些在数据中具有非常高价态的母离子，随机提取几个一级扫描进行谱峰提取，看看多少价态范围能覆盖绝大多数的母离子。

数据库搜索

• 定义最少的可变修饰。没有点匹配的肽段不代表蛋白的丰度。
• 搜库一般在目标数据库之外还会加上contaminants或cRAP这类污染物数据库。在大多数情况，相关的 Uniprot蛋白质组的数据库是正确选择。

定量

• 如果你想测试一些设置，你可以只对一两个蛋白质进行定量以节省时间。
• 如果某一个方法把所有电荷价态全部检查一遍，就不要用这个方法了，基本不会改善什么结果。
• 在准备好对完整的数据集定量之前，先关闭归一化。
• 对于包含技术重复的方案，从TIC的特征中得到洗脱时间的差异并且估计最差的情况，将洗脱时间差异的限制，设置为一个稍大的值。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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