欢迎

深入了解Mascot打分统计并尝试优化搜库参数。

本月的特色文章阐述了一种新的方法，在鉴定抗原决定簇的质谱实验中采用直接进样的方法。如果您在近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月Mascot小贴士讨论了如何为您的Mascot Server选择操作系统，Windows亦或Linux。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

揭秘Mascot打分统计系统

Mascot采用的是基于概率的打分机制，用来判断匹配结果是否有显著性。也就是说，该打分系统评估了匹配结果为随机事件的概率。当我们报出打分值时，使用的是此概率的负对数值。这样一来，当某种匹配为随机事件的概率越小，那它的得分就越高。

问题的关键在如何界定一个匹配的打分否有显著性或为随机事件。这需要基于一系列的假设模型。其中关键的假设模型是，母离子容差范围内得到的所有肽段序列匹配都是随机事件，即所谓的零假设为真。显然，这在实际搜索中并不完全正确。在搜库时，数据库的选择目标是在母离子容差范围内,大多数谱图至少能匹配一个“正确”序列。只要零假设为真的占比高，这套假设模型就能有效发挥作用。

另一个假设是，序列的统计是独立进行的。这个假设并不总是成立。实际情况下，数据库可能含有大量的同源蛋白，并且一些多肽仅仅是由少量的氨基酸突变造成的差异进而能够聚类到一起。那么对于这些肽段的PSM打分会被校正，通过单个query的P值来返回其分布的不对称度。

点击这里阅读更多关于多重肽段匹配机制和使用目标库/反库搜索进行统计验证的重要性。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们 一个PDF或URL。

Intact Transition Epitope Mapping - Targeted High-Energy Rupture of Extracted Epitopes (ITEM-THREE)

Bright D. Danquah, Claudia Rower, Kwabena F. M. Opuni, Reham El-Kased, David Frommholz, Harald Illges, Cornelia Koy and Michael O. Glocker

Molecular & Cellular Proteomics, 18 1543-1555 (2019)

文章开发了一种直接使用nano ESI离子源进行抗体或抗原表位决定簇鉴定的方法。这个过程大致为：胰蛋白酶酶解抗原，之后多肽产物与抗体孵育1小时，最后样品直接通过电喷雾进入质谱仪器。

此技术的关键难点在于：在第一个四极杆通过5000 m/z卡值的设置，将没有结合抗体的肽段过滤掉；通过碰撞能量将抗原肽和抗体解离；这些抗原肽通过离子淌度进行分离，随后进行碎裂，最后使用TOF分析采集质谱图。

他们把含有抗原簇的合成多肽与antiTRIM21和antiRA33混合孵育来验证此方法。之后，他们又从酶解后的人重组TNF和antiTNFα抗体中鉴定到两个之前未报道过的抗原表位肽段。

Mascot 小贴士

我们经常被问到选择Windows版还是Linux版的Mascot Server更好的问题。我们的标准回答是，您应该根据系统管理员偏好选择。即使只是为了确保系统不会因为磁盘已满而中止，也应该有专人负责服务器的维运。虽然大多数Mascot的日常管理工作都是通过web界面完成的，但是有些任务需要了解操作系统，比如应用软件补丁。如果团队中没有人具有使用Linux命令行的经验，那么选择Linux就没有任何好处。

有时操作系统成本是考虑的因素之一。如果不需要技术支持的话，许多Linux发行版都是免费的。Windows版本不是免费的，但是Mascot Server不需要Windows Server，并且在Windows 10 Professional这样的环境下运行得非常好。但是对于一个有很多用户的繁忙服务器来说，存在一定的限制。例如，最近的PC版Windows有20个并发TCP/IP连接的限制。如果多个用户同时向服务器打开多个浏览器窗口，再加上几个文件共享连接，那么很快就会达到这个限制。系统对硬件也有限制，但这些限制非常宽松。例如，Windows 10 Professional支持2个CPU插槽，256个逻辑核心和512 GB内存。

就Mascot Server的性能和功能而言，操作系统几乎没有什么选择空间。Mascot Daemon和Mascot Distiller只支持Windows操作系统，但是并不要求 Mascot Server一定要和这两个软件在同一台机器上运行。另一方面，如果您经常从Mascot Daemon提交非常大的搜索任务，在安装了Mascot Server的桌面上运行Daemon可以让它绕过Microsoft 网页服务器的4 GB上传限制，这可能也是您选择Windows安装Mascot Server的一个重要因素。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

Matrix Science Ltd, 64 Baker Street, London W1U 7GB, UK
T +44 (0)20 7486 1050  F +44 (0)20 7224 1344  E info@matrixscience.com