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为了减少意外造成的重大损失,您的数据备份和恢复策略是非常重要的保障措施。

本月的特色文章阐述了一种用少量细胞制备蛋白酶解样品的新方法。如果您在近期有发表文章,并且希望列举在下一期的Newsletter中,请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月Mascot小贴士讨论了您在搜库结果基础上,创建质谱谱图库时可能会遇到的一种奇怪问题。

如果您有任何意见或问题,请随时联系我们

 

2020.03

恢复意外损失的数据
特色文章
本月Mascot小贴士
 

数据意外损失,备份与恢复

有时由于一些非人为因素,比如遇到硬盘损坏,或者控制系统故障,抑或勒索软件和病毒等等,您的Mascot Server或者其他的数据系统就可能会突然崩溃。此时,安全保障措施显得非常有必要。

我们一直强烈建议您备份原始数据,因为这些数据通常都无法恢复。原始数据备份好后,结果文件就可以在需要的时候重新生成。但是,这意味搜库时投入的时间和精力都会被浪费,尤其是涉及定量的结果时,搜库的时间花费较长。所以还是建议您把结果文件也备份一下,毕竟数据存储是相对廉价的。

如果最糟糕的情况发生了,即您的Mascot Server和其他计算机系统都崩溃了,那您备份在安全位置的数据将会是希望所在。数据恢复由Mascot Server进行,并向Mascot distiller,Mascot daemon依次进行。在整个数据恢复过程中,Mascot Server相关的数据恢复将会耗费较长时间,所以最好是能用一个较好的文件拷贝程序来加快这一进度。

我们有一个完整的长文详细阐述了哪些文件需要备份以及如何恢复您的数据系统。

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使用Mascot发表的优秀文章

在这里,我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章,该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析,如果您想要您的文章也在这里重点推荐,请发给我们一个PDF或URL

 

In-Line Sample Processing System with an Immobilized Trypsin-Packed Fused-Silica Capillary Tube for the Proteomic Analysis of a Small Number of Mammalian Cell

Kosuke Hata, Yoshihiro Izumi, Takeshi Hara, Masaki Matsumoto, and Takeshi Bamba

Analytical Chemistry 92 2997-3005 (2020)

文章作者开发了一种用于用少量哺乳动物细胞制备蛋白样品的方法。该方法酶解效率高且蛋白损失少。这是一种联用nano-LC/MS/MS分析系统的,高效的在线细胞蛋白组学样品制备方法。

该装置通过显微操作器和nano注射泵连通到一个熔融石英毛细管。工作时,先抽吸裂解液,然后吸HeLa 细胞血液,最后进入毛细管。 假设HeLa细胞悬液浓度为200细胞/µl,吸取5nl即一个细胞,吸取50nL即10个细胞,以此类推。细胞数量会通过显微计数再次确认。

这些细胞接下来会被洗脱,裂解并被固定的trypsin酶酶解。多肽先被富集在nano-LC柱子的顶端,再进入LC/MS/MS分离分析系统。使用此方法,他们分别在100个细胞,10个细胞和单个细胞鉴定到了1351,351,和60个蛋白。

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Mascot 小贴士

Mascot Server可以方便地通过"爬"搜库结果建质谱谱图库。如果您尝试建库了,您就会看到有个过滤选项是日期范围。为了尽可能包括所有结果,默认日期是1970-01-01.

从2016第一次开启此功能,到现在最新开发和发布的2.7版本 Mascot Server ,这个功能一直正常运行。然而,今年初我们发现有时质谱谱图库会创建失败。

我们发现这个问题和Y2K的一个变量有关。Per函数POSIX将Unix epoch时间戳转换为日期时间类型,年份返回为大于1900年后算起的数字。比如,对于1970,这个函数会返回70.直到2019年结束,该Perl函数这个函数都正常运行。然而,我们不知道为什么这个函数对2020年返回的确值是70,和2070返回的值一样。

我们将会在下一个版本中修复这个问题。但是,如果您想通过爬取搜库结果的方式建质谱谱图库,您只要记得不要把起始日期设在50年前就行。

Mascot tip

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具,帮助他们更快速,更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

 

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