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我们想邀请您观看来自Matrix Science Reboot虚拟早餐会议的演讲，介绍最新添加的功能和对复杂实验的支持。

本月Mascot小贴士解释了如何计算定量结果的p值。

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Matrix Science ASMS Reboot 报告

Mascot Server 2.7的新功能

Mascot现在完全支持匹配具有完整交联的多肽，并且优化了蛋白质的FDR计算方式、碎片离子带电荷状态、可变修饰和合并搜索结果等功能。

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使用Mascot Server鉴定完整的交联

交联方法定义了使用哪种叫链接，可以连接哪些位点，交联的方向性，以及预期的交联产物。提供了标准Unimod交联剂定义以及用于自定义的编辑器。该工作流程以拟南芥的复合物为例进行了演示，该复合物与双琥珀酰亚胺辛二酸酯（DSS）交联。

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改进了可变修饰处理方式

通过调整三个用户可定义的参数，您可以对轻度修饰的样品选择降低搜索深度和加快搜索速度，或者对重要的位点定位或者高度修饰的样品增加搜索深度。以组蛋白H4为例，使用Mascot 2.6时产生了81个蛋白变体，而在2.7中改进的功能产生了109个蛋白变体。

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Quantitation Summary：导出复杂实验的蛋白质表达数据

Mascot Daemon 2.7提供了一种方便的方法，可以从单个的Mascot Server或Mascot Distiller结果文件中创建一个定量摘要，适合提交给统计软件包来提取有意义的信息。该方法以Label-free、8标iTRAQ和10标TMT实验的数据为例进行了说明。

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Mascot小贴士

当Mascot Distiller报告蛋白质的定量结果时，它给出了一组肽段比值的几何标准差，如果蛋白质比值与1有显著差异，则用粗体高亮显示，如果你想得到比值为1的p值，可以在Excel中计算，不会有太大困难。

在Distiller中，选择为定量结果创建一个table_proteins报告。该表在子窗口中显示。将整个报告复制并粘贴到Excel中（CTRL+A、CTRL+C、CTRL+V）。对于每种蛋白质，提供了计算t统计量（t）所需的值：测量的蛋白质比值（m），几何标准偏差（s）和样本量（n）。

Mascot Server的一个帮助页面显示了计算平均或中位数蛋白比值的t统计量的表达式。例如，如果平均比值m=0.896，s=1.15，n=25，那么t=-3.93。p-value值由Excel函数T.DIST.2T(ABS(t)，n-1)给出。对于这些值，它的置信度为0.00063。另一方面，如果样本量只有5个，p-value值将是更可疑的0.15。

Distiller报告的样本量是不同肽的数量，所以如果你有不同电荷状态的同一肽的数值，这只能算作一个肽段比值。在大多数情况下，你可以通过使用table_peptides导出，并对肽段比值的数量进行统计进而得到稍微好一点的p值，而不是简单地对不同的肽进行统计。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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