欢迎

5月31日，我们将在St. Louis举办的ASMS 会议上开展一年一度的 Mascot 研讨会及用户会议。 请阅读下面的详情，并注册预定座位。

许多人希望用虚拟机来提高效率。这里我们就针对Mascot 配置虚拟机提供一些建议。

这个月列举的文章描绘了一种测量复杂蛋白样品中磷酸化位点的方法。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

本月Mascot小技巧关注如何将Mascot sever迁移到新的硬件。

如果你有任何建议和问题，请随时 联系我们。

2015 Mascot 研讨会及用户会议

我们一年一度的Mascot 研讨会及用户会议将在5月31日St. Louis举办的 ASMS 会议上开展，欢迎参加。我们将介绍数据库搜索，肽段、蛋白鉴定及定量的最新方法和应用。

会议将在St. Louis 市中心的Crowne Plaza举办，从 8:30am 至12:30pm。研讨会是免费的，但是需要提前注册。座位有限，请尽快注册。

注册详情请点击这里。

在虚拟机上运行Mascot

虚拟化是一种有效的途径，降低IT费用的同时又能够提升效率和灵活性。它有多种优点，例如集中性好，部署灵活，容易恢复，多用户隔离，支持多种操作系统等。

以上这些优点可以在7天24小时连续运行Mascot 搜索任务的成品服务器上体现，但是在虚拟机上安装Mascot Server 还需要仔细考虑资源分配的问题。 考虑因素包括：

• Mascot license是根据搜索时可用的核心处理器的数目决定的，所以选择快速的硬件很重要。
• 你必须保证虚拟处理器正确配置。
• 搜索速度很大程度上取决于搜索时保存在内存中的序列数据库文件的大小，所以确保虚拟机能够获取足够多的物理RAM 非常重要。
• 存储管理也会影响Mascot的性能，所以你必须小心，以避免产生瓶颈。

如何优化您的虚拟机设置，详情请参考这里。

使用Mascot发表的优秀文章

这里我们列举了近期一篇很有意思的，也很重要的文章。该文章运用Mascot进行了蛋白鉴定，定量及特征分析。如果您也想让我们列举您的文章，请将文章的 PDF 或者URL 发送给我们。

Phospho-iTRAQ: Assessing Isobaric Labels for the Large-Scale Study Of Phosphopeptide Stoichiometry

Pieter Glibert, Paulien Meert, Katleen Van Steendam, Filip Van Nieuwerburgh, Dieter De Coninck, Lennart Martens, Maarten Dhaenens, and Dieter Deforce

J. Proteome Res. (2015) 14: 839–849

生物体中大约30%的蛋白是磷酸化的，因而深入细致地研究这一广泛的蛋白修饰行为对阐明多种多样的细胞学过程非常重要。然而许多实验流程都仅仅关注磷酸化肽段的富集以及后续运用非标定量或者标记定量的方法对磷酸化肽段的定量, 磷酸化的化学计量以及占据位点并没有考虑。

为了运用Phospho-iTRAQ方法测定磷酸化位点，肽段样品被分为两部分，其中一部分运用磷酸酶将磷酸位点去除。通过聚焦磷酸化肽段中没有修饰的组分，该方法避免了大部分磷酸化蛋白组学方法中，低离子化，肽段碎裂，富集效率对化学计量定量造成的不利影响。运用EGF刺激的Hela细胞裂解复合物，该技术在多种仪器平台上进行了验证。

本月Mascot 小技巧

每年计算机硬件的性能都会变得比之前更强大，所以每隔几年将您的Mascot Server 以及Mascot Distiller安装包移动会是个不错的主意。在此之前，您需要邮件联系 support@matrixscience.com ，取得新的产品key。对于Mascot Server，您可能想要保存搜索历史，您可以从search log中加载重要的结果报告。这做起来很容易，详细的移动步骤可以查询 这里。

如果可以，新的服务器使用与旧服务器同样的主机名。这意味着链接到之前Mascot Daemon上的搜索结果不会受到影响。如果这不可行，您想修复这些链接，您可以使用SQL 命令来更新Daemon任务数据库中的信息。对于默认的VistaDB引擎，在Daemon应用目录中有一个表格编辑器工具，步骤在Daemon online help (Getting Started > Database Engines > VistaDB)有详细描述。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自AB Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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