欢迎

5月31日，在St. Louis举办的ASMS 会议上，我们将开展一年一度的 Mascot 研讨会及用户会议。 我们邀请了两位杰出的客座发言人，Susan Weintraub 和Marshall Pope。请阅读下面的详情，并注册预定座位。

现在利用数据库搜索来分析修饰位点变得越来越盛行---因为非常简单！

这个月列举的文章描绘了如何鉴定低丰度的半胱氨酸修饰。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

本月Mascot小技巧关注糖基化肽段的分析。

如果你有任何建议和问题，请随时 联系我们。

2015 Mascot 研讨会及用户会议

我们一年一度的Mascot 研讨会及用户会议将在5月31日St. Louis举办的 ASMS 会议上开展，欢迎加入我们。早餐在上午8:00开始，之后是一系列令人激动的报告和讨论，欢迎前来。

• 8:30 – 10:15 am 第一部分
   
  • 欢迎
  • 在'The Cloud'中运行Mascot Server
  • In vivo鉴定细菌的代谢, Marshall Pope, University of Iowa
  • 组蛋白修饰
     
• 10:15 – 10:45 am 休息
   
• 10:45 – 12:30 pm 第二部分
   
  • 发表蛋白组学数据：如何赢得审稿人的青睐，赚取编辑的眼球, Susan Weintraub, University of Texas Health Science Center at San Antonio
  • 利用Mascot Insight报告复杂的定量数据
  • 我该怎么做？– 专家的要诀和技巧

会议将在St. Louis Downtown 的Crowne Plaza举办，从 8:30am 至12:30pm。研讨会是免费的，但是需要提前 注册。

位点分析

你知道Mascot Server 能够报告修饰的位点么？Peptide View report（Mascot Server 2.4以及之后的版本）中报告的修饰位点，是基于匹配的修饰位点间打分高低进行的计算的。

该方法是由慕尼黑工业大学的Bernhard Kuster'小组开发的。在分析了一系列合成的磷酸化肽段后，他们指出，Mascot delta score 优于其他的方法。

任何满足以下条件的MS/MS 图谱，都可以进行修饰位点的分析：

• 打分最高的匹配，包含一个或多个可变修饰。
• 打分最高的匹配具有显著性的打分。
• 至少还有一个不同修饰位点的匹配，但这个匹配不需要显著性的打分。

如果想获得更多修饰位点分析的信息，请阅读 这里。

使用Mascot发表的优秀文章

这里我们列举了近期一篇很有意思的，也很重要的文章。该文章运用Mascot进行了蛋白鉴定，定量及特性分析。如果您也想让我们列举您的文章，请将文章的 PDF 或者URL 发送给我们。

Global Analysis of Myocardial Peptides Containing Cysteines With Irreversible Sulfinic and Sulfonic Acid Post-Translational Modifications

Jana Paulech, Kiersten A. Liddy, Kasper Engholm-Keller, Melanie Y. White and Stuart J. Cordwell

Molecular & Cellular Proteomics (2015) 14: 609-620.

半胱氨酸的氧化是一种重要的翻译后修饰，参与了氧化还原信号通路和氧化应激响应。尽管有很多种方法用于分析可逆转的半胱氨酸翻译后修饰，不可逆转的[-SO₂H, -SO₃H]修饰是最具挑战性的。不仅仅是因为半胱氨酸是蛋白中第二大丰富的氨基酸，而且在生理条件下，只有1%-2%的半胱氨酸会发生修饰，因此，有效的富集手法非常关键。

该作者利用酶切后的肽段包含Cys-SO₂H/SO₃H的特征，创建了一种全新的方法。 该方法利用SCX 的经典排斥作用，对序列进行负向选择，随后利用HILIC的亲水性作用，对序列进行正向选择。他们将大鼠的心肌组织作用于生理浓度的H₂O₂中，或者对其造成局部贫血/再灌注损伤，最后鉴定了181个Cys-SO₂H/SO₃H位点。

本月Mascot 小技巧

糖基化肽段的分析并不简单。许多糖都非常巨大，而且异质性。在CID/HCD中，糖链会随着肽段的碎裂而一同碎裂，所以肽段的序列信号很弱，而且整个糖链都丢失了，这让修饰位点的分析变得不可能。因此ETD更受青睐，因为它可以原位保留糖链的完整性。

一直到目前为止，Unimod仅包含相对较少的糖链信息，并且其中没有一个定义了中性丢失，这使得用CID/HCD的方法很难得到好的匹配。这个问题已经被提出，而现在，这个数据库几乎包含了分子量2kDa及以下，所有自然状态产生的糖链。O糖链上的S和T 被组合在一起，所以它们可以被选定为一种修饰，并且对ETD 来说，它们所有都具有定义为0的中性丢失，对CID/HCD来说，它们都具有完整个的糖链。

所以，如果您对糖基化肽段感兴趣，必须确保您的in-house Mascot Server 上更新（下载最新的 unimod.xml）了Unimod的拷贝。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自AB Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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