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你正在研究的生物的基因组是否尚未测序？如果还没有，表达序列标签（ESTs）可能是搜索的最佳数据库。

这个月列举的文章描绘了一种鉴定特定内膜系统中的蛋白及其定位的方法。 如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

这个月的Mascot小技巧告诉你如果忘了Mascot Secrity密码该怎么办？

如果你有任何建议和问题，请随时 联系我们。

利用ESTs进行搜索

如果你所研究的生物，其基因组还没有被测序，那么这些蛋白的信息是不会包含在当前主流的公开数据中的，例如NCBInr或者UniRef100。尽管利用相近的物种，或许可以得到部分匹配的信息，但是在容量巨大的表达序列标签（ESTs）数据库中检验其序列覆盖度，是非常必要的。例如对于大西洋鳕鱼，NCBInr中只有1207个特异的蛋白序列， 但是在GenBank中，有257,435个ESTs。

对于GeneBank中的众多数据库，你可以利用NCBI taxonomy browser来查看对应物种有多少蛋白种数。

EST 数据库是非常冗余的，绝大部分的条目只是完成蛋白序列的一个片段。但是，如果你幸运的话，你所研究的生物有对应的UniGene index，你可以弥补上述不足，通过将冗余的EST accseeions与基因家族匹配，从而获得高质量的搜索结果。更多详细信息，请看 在线的报告 以及 文档。

获取更多关于ESTs以及下一代测序数据的相关信息，请 点击这里。

使用Mascot发表的优秀文章

这里我们列举了近期一篇很有意思的，也很重要的文章。该文章运用Mascot进行了蛋白鉴定，定量及特性分析。如果您也想让我们列举您的文章，请将文章的 PDF 或者URL 发送给我们。

Identification of Regulatory and Cargo Proteins of Endosomal and Secretory Pathways in Arabidopsis thaliana by Proteomic Dissection.

William Heard, Jan Sklenar, Daniel F. A. Tome, Silke Robatzek and Alexandra M. E. Jones

Molecular & Cellular Proteomics (2015) 14: 1796-1813.

这篇文章研究了一种破译膜系统区域化的方法，细胞通过膜的区域化将多种生物学过程相互隔离，并有效控制。植物的生长，发育以及适应生物和非生物的压力，这一切都依赖动态的内膜系统，然而，蛋白质是如何调控这些动态运输事件的，人们对此的了解依然甚少。

文章的作者利用亲和素纯化了拟南芥幼苗中荧光标记的7个亚细胞器蛋白标志物融合蛋白。一共鉴定到433个蛋白，其中只有5个蛋白在7个亚细胞器中都存在，而许多蛋白出现在相同运输途径的内膜成分中。将近一半的蛋白仅在一种亚细胞器中。

更多信息以及相关数据请前往蛋白组学数据库PRIDE (PXD001877 至PXD1885).

本月Mascot小技巧

如果你的Mascot Server上开启了Mascot Security，但是你却忘了密码，你需要请求系统管理者重新设置。其实没有必要联系Mascot Science 技术支持，密码在你本地的server上已经设置和保存了。

但是，如果你是系统管理员，你忘记了mascot管理员密码呢？幸运的是，有一种简便的方法重设密码。打开Windows server上的命令窗口，或者Linux server上的（shell prompt）。切换到Mascot bin directory,执行script enable_security.pl。你会看到一条管理者账号的密码已经重新发送给管理者的确认信息。当你下次登录时，你被强制要求更改为更安全的密码。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自AB Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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