欢迎

欢迎加入 我们在圣安东尼奥ASMS大会期间举办的早餐会议，时间：6月6日至7日。

如果您需要研究含有硒代半胱氨酸（selenocysteine）的蛋白，我们可以给您提供一些建议。

这个月出版的特色文章中，作者利用核糖体分析以及蛋白组学技术鉴定了细菌中表达基因的翻译起始位点。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中， 请发给我们 相关的PDF 或者URL.

本月Mascot小技巧告诉您database *. stats file 的重要性。

如果你有任何建议和问题，请随时 联系我们。

加入我们——圣安东尼奥ASMS大会

在6月即将到来的圣安东尼奥ASMS大会上，我们诚挚邀请您参加我们的早餐会议 。我们将举办两场报告，您可以从中了解数据库搜索和定量的最新应用和进展。早餐会议免费，但是需要提前注册。

请点击此处进行注册并获取会议详情

6月6日（周一）： 7:00 am - 8:00 am

Ancient proteomes - proteomics in archaeology, palaeontology and forensics 报告人： Michael Buckley（曼彻斯特大学，Manchester University）

Mass tolerant and error tolerant searches: how do they compare? 报告人： Matrix Science

6月7日（周二）： 7:00 am - 8:00 am

From Samples to Biomarker Discovery: The keys for Large Scale Proteomics 报告人： John Corthesy（雀巢健康科学研究院 Nestlé Institute of Health Sciences)

New features in Mascot Distiller - MS^E, MS3 reporter ion quant, and more 报告人： Matrix Science

Selenocysteine（硒代半胱氨酸）和U

硒代半胱氨酸Selenocysteine (U)是一种罕见的残基，但是在人类蛋白组数据库中中，该残基出现了46次。如果您恰巧正在研究硒蛋白P(selenoprotein P)——该蛋白含有10个硒代半胱氨酸残基——你必须对该残基同时设定修饰和非修饰形式。因为该残基信息刚刚加入Unimod中，你可能无法在Mascot Server configuration editor中查询到。该 博文 告知您如何更新您本地的Unimod 文件。

Unimod更新后，你会发现搜索表格中列出了硒代半胱氨酸上的修饰形式，同时还包含了其他您已经在本地定义的修饰:

• Carbamidomethyl (U)
• Carboxymethyl (U)
• Dioxidation (U)
• MolybdopterinGD (U)
• Oxidation (U)

使用Mascot发表的优秀文章

这里我们列举了近期一篇很有意思的，也很重要的文章。该文章运用Mascot进行了蛋白鉴定，定量及特性分析。如果您也想让我们列举您的文章，请将文章的 PDF 或者URL 发送给我们。

Comprehensive identification of translation start sites by tetracycline-inhibited ribosome profiling

Kenji Nakahigashi, Yuki Takai, Michiko Kimura, Nozomi Abe, Toru Nakayashiki, Yuh Shiwa, Hirofumi Yoshikawa, Barry L. Wanner, Yasushi Ishihama and Hirotada Mori

DNA Res (2016) online: March 23, 2016

精确测定细菌中编码蛋白的基因非常困难，这篇文章提供了另一种方式，进一步阐明了细菌中表达基因的翻译起始位点。作者利用四环素抑制的核糖体分析技术，用于证明e.coli的翻译起始位点。四环素通过阻止tRNA与核糖体的稳定结合，从而抑制蛋白翻译。

结果显示，利用该方法鉴定的翻译起始位点与GenBank最新（2014）的注释报告符合度>70%，体现出该方法有较好的灵敏度。他们利用β-半乳糖苷酶的融合基因证实了新的翻译位点，同时他们应用蛋白组学技术，通过胰酶酶解和LC-MS肽段鉴定，选择性地富集了N端肽段，进一步证实上述结果。

另外，他们在基因组中非编码的基因间隔区内发现了超过300个翻译位点。这些基因间隔区相当于假基因，对应一些短肽或者具有一些未知的功能。

本月Mascot小技巧

在利用Mascot进行数据库搜索时，您可以在Database Status页面上的数据统计链接中查看到不少有用的信息。因为您下载数据库时可能出现意外中断，或者数据库本身有不符合预期的修改，在使用新数据库前或者更新了原有数据库后很有必要检查下这些统计数字是否合理。主要需要检查的部分是:

• 抬头，包含序列和残基数。如果“无效残基”数不是0,那么您需要检查一下。
• 物种分类数目。如果您已经定义了该数据库的物种，检查一下该数据库运行正常，每个物种都已经填入。
• 残基的数目。如果您已经指定该数据库的残基是AA，而结果中大部分的残基是A,C,G,T，那么该搜索结果可能会让您失望。
• 序列长度。
• 根据相关taxonomy ID计算序列数目。如果您的物种分类索引是最新的，那么Swiss-prot中每个单独的entry只能拥有一个taxonomy ID。对于像NCBInr这样的数据库，通常有些entry是没有taxonomy ID的；大部分entry只有一个taxonomy ID；而有些entry有很多taxonomy ID，这是因为不同物种中相同的序列都被计算为同一个entry。为了精确搜索，需确保没有taxonomy ID的entry比例要低于0.1%。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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