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当你在Mascot Peptide View report中查看某个匹配肽段的注释图谱时，你可能会有如下疑问：为什么有的谱峰虽然可以匹配到序列离子，却没有被标注。这个问题在下文会得到阐述。

本月发布的特色文章展示了更严谨的蛋白相互作用解析如何描绘置信度更高的相互作用组图谱。 如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

本月Mascot小技巧告诉您为什么在Mascot search form中的电荷设置通常对搜索结果没有影响。

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为什么谱峰没有被标注

当你在Mascot Peptide View中查看某个匹配肽段的详细信息时，你可能会注意到，有些能够匹配到序列离子的谱峰在图谱中并没有被标记，也没有在碎片离子的表格中被高亮显示。

这不是一个漏洞。许多类型的仪器给出的图谱中，任一分子量处都有相应的谱峰，这些谱峰可能是化学噪音。如果一个搜索引擎仅仅简单地计算碎片匹配的数目，那么对大部分肽段序列而言，这些图谱都会给出非常高的打分。为了区分噪音和实际信号，Mascot按照每110Da的宽度，将图谱切割成多个区域，每个区域选取信号强度最强的谱峰，然后根据这些最强谱峰对图谱进行打分，之后每个区域中信号强度第二的谱峰被添加至该组谱峰中，重新计算打分。上述迭代过程不断进行，直到打分变糟时停止。最后报告最好的打分结果，该结果对应最理想的图谱，选取了对真实的谱峰，排除了尽可能多的噪音。

默认情况下，离子匹配标注和表格只显示打分最高的谱峰（被报告打分的谱峰）。在Mascot 2.3以及之后的版本中，图谱下面的radio 按钮可以用来在该默认模式和标注所有可能的匹配离子间切换。

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使用Mascot发表的优秀文章

这里我们列举了近期一篇很有意思的，也很重要的文章。该文章运用Mascot进行了蛋白鉴定，定量及特性分析。如果您也想让我们列举您的文章，请将文章的 PDF 或者URL 发送给我们。

Bacterial Interactomes: Interacting Protein Partners Share Similar Function and Are Validated in Independent Assays More Frequently Than Previously Reported

Maxim Shatsky, Simon Allen, Barbara L. Gold, Nancy L. Liu, Thomas R. Juba, Sonia A. Reveco, Dwayne A. Elias, Ramadevi Prathapam, Jennifer He, Wenhong Yang, Evelin D. Szakal, Haichuan Liu, Mary E. Singer, Jil T. Geller, Bonita R. Lam, Avneesh Saini, Valentine V. Trotter, Steven C. Hall, Susan J. Fisher, Steven E. Brenner, Swapnil R. Chhabra, Terry C. Hazen, Judy D. Wall, H. Ewa Witkowska, Mark D. Biggin, John-Marc Chandonia, and Gareth Butland

Molecular & Cellular Proteomics (2016)15:1539-1555

本文作者联用亲和素纯化-质谱分析，研究了硫酸盐还原性的bacterium D. vulgaris中的蛋白相互作用图谱。同时又重新分析了9种已发表的利用酵母双杂交以及亲和素纯化-质谱得到的细菌中蛋白相互作用的结果。通过更严苛的蛋白相互作用评估标准，他们得出结论，真实存在的蛋白相互作用只有几百个，而没有早期报道中的上千个那么多。

大部分亲和素纯化的样本同时利用gel-free或者gel-based的工作流程。在gel-free的工作流程中，亲和素纯化分离的蛋白基于96孔PVDF膜的方法，用胰酶进行消化， 然后用LC-MS/MS进行分析。结合上述数据分析策略，本文作者在D. vulgaris中一共鉴定到459个高度可信的蛋白相互作用，在现有的E.coli 亲和素纯化-质谱数据库中，鉴定到391个高度可信的蛋白相互作用，其中许多结果与以往采用低通量研究手段的文献结果一致。

本月Mascot小技巧

Mascot search 表格中，肽段的电荷数设置是默认参数，只有在价态没有定义时才会用上。在所有常见的MS/MS 谱峰列表格式中，数据文件为每个图谱都设定了一个价态，因此该默认参数几乎不会被用到。如果需要用到，对这个参数进行更改，对搜索结果也没有多大影响。

如果母离子的价态无法判断，谱峰检测软件通常会输出一系列默认的价态。因此，正确的默认价态需要在谱峰探测软件中定义，而不是在search form中定义。

一些老版本的谱峰挑选软件程序为每个默认的价态生成多个谱峰列表。这种做法不太受欢迎，因为报告中的每个谱峰列表都以单独的形式出现，而其中只有一个是正确的。 Mascot Distiller, 采用了更好的方式，该方式输出单一的谱峰列表，默认的价态用逗号进行分割，使得搜索引擎能够选择那些最佳匹配的价态。

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Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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