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如果您在单次质谱检测中尝试使用混合碎裂模式,您需要注意在搜库时选择相应的仪器以便进行正确的打分。我们将向您解释如何选择以及可能有哪些改进。

本月特色文献研究的是季节性流感。作者研究如何提高疫苗的疗效。 如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL.

本月Mascot技巧讨论Mascot如何处理蛋白质序列中的不明确氨基酸的字符。

如果你有任何建议和问题，请随时 联系我们.

如何从混合CID+ETD碎裂数据得到最佳结果

如今的先进质谱仪可以采集混合型二级碎裂的数据。比如对同一个母离子既采集CID又采集ETD数据。由于不同碎裂模式产生的离子对不一样，传统的搜索策略是搜索所有可能的离子匹配。

其缺点就是搜索空间大于必要的范围。ETD数据去匹配b离子而CID数据去匹配c离子。这样不可避免的会降低灵敏度。

Mascot Distiller 2.6目前可以设置专门碎裂模式，它会读取raw文件中的扫描信息，自动根据碎裂模式进行最佳匹配。我们从PRIDE上下载了一个类似的数据后发现，由于缩小了不必要的搜索空间，整个谱图匹配数提高了13%同时搜索时间加快了20%。

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使用Mascot发表的优秀文章

这里我们列举了近期一篇很有意思的，也很重要的文章。该文章运用Mascot进行了蛋白鉴定，定量及特性分析。如果您也想让我们列举您的文章，请将文章的 PDF 或者URL 发送给我们。

Phosphoproteomics to Characterize Host Response During Influenza A Virus Infection of Human Macrophages

Sandra Soderholm, Denis E. Kainov, Tiina Ohman, Oxana V. Denisova, Bert Schepens, Evgeny Kulesskiy, Susumu Y. Imanishi, Garry Corthals, Petteri Hintsanen, Tero Aittokallio, Xavier Saelens, Sampsa Matikainen and Tuula A. Nyman

Molecular & Cellular Proteomics (2016), 15, 3203-3219

季节性传播的流感A病毒正在开始感染越来越多的人。为了深入了解这种突变非常快的病毒及其躲避我们抗病毒治疗手段的方式，作者研究了所有暴露在病毒下宿主细胞因子。

作者用流感病毒感染了原代人巨噬细胞后研究了其信号通路和主要的细胞因子变化。采用了LC/MS/MS技术和生物信息学分析，他们发现了1113个人类磷酸化蛋白在感染IAV后发生变化，表明流感病毒会显著影响宿主细胞的磷酸化水平。其中有222个差异蛋白的285个磷酸化位点从未被报道过。

差异表达蛋白中有很大一部分细胞周期以来的激酶底物。作者检测了一系列的CDK激酶抑制剂，并发现了一种潜在的IAV相关细胞毒性抑制剂。该化合物进一步在小鼠感染病毒的实验中被发现能够使其10天致死率从83%降到0.

本月Mascot小技巧

当Mascot识别到数据库中包含歧义的残基符号时，它会在搜库时尝试搜索所有组合可能性。比如当肽段包含一个B时，会进行两次搜库，一次采用N一次采用D。符号Z会用E和Q分别搜库，而X则会将20种氨基酸都去搜一遍。为了避免额外的搜库时间，Mascot只会最多搜索每个肽段3个B或Z符号，以及1个X符号。除此限制外，在该肽段没有得到匹配时，Mascot在展示整个蛋白结果时就只能使用加权平均分子量了。

歧义符号的数量主要取决于数据库质量。比如NCBI nr来说，X符号的比例大约在1/4000.当然 X表明完全不知道应该是哪种氨基酸，通常出现于开放读码框间出现一串N符号，一般是在组装contig的时候插入的。单个X的比例大约是1/20000.

在翻译核酸序列成为氨基酸序列的时候，一些数据库会在认为是停止子的地方加一个*。这个符号并不是一种正确的单字符。Mascot在压缩此类数据库的时候会记录一个错误。当然使用这类数据库的时候，可能直接采用核酸序列搜库会更合理些，这样至少在停止子的位置会对序列进行分离。另一个直接用核酸序列搜库的好处是当出现读码框位移的时候，肽段在不同的读码框的匹配最终会组装到一起。从而使得我们在进行 error tolerant搜索时会利用这些信息来识别单碱基插入和缺失。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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