欢迎

即将到来的美国质谱年会将在6月5日、6日于印第安纳波利斯举办，欢迎参加我们的 早餐会 。

蛋白FDR对于定量而言是个难以量化的指标，我们会对其相关因素进行讨论。

本月的特色文章展示了一种蛋白质氧化位点富集与鉴定的新方法。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

本月的Mascot小贴士是关于如何在您本地的Unimod数据库中添加新的元素。

如果您有任何意见或问题，请随时 联系我们。

Matrix Science的ASMS早餐会

我们将在印第安纳波利斯美国质谱年会上举办两天早餐会，诚挚邀请您参加，共同交流数据库搜索的最新应用程序和开发。

您可以免费参加会议，但是需要您提前注册登记。 请点击这里了解详情，并进行注册。

Monday 5 June, 7:00 am - 8:00 am

谱图库搜索鉴定多肽的未来 报告人： Stephen E. Stein, NIST

谱图库搜索与Mascot Server的整合 报告单位： Matrix Science

Tuesday 6 June, 7:00 am - 8:00 am

通过Top-down和Bottom-up技术得到蛋白制剂的表征 报告人： Paul W. Brown, Pfizer Worldwide Research and Development

Mascot server 2.6的新特征 报告单位： Matrix Science

蛋白质的FDR有什么意义？

通过搜索decoy数据库很容易得到肽段的错误发现率（FDR），而评估蛋白的FDR是与之不同的事情。什么是确定错误的蛋白？数据库条目中所有多肽匹配的证据是假的吗？大多数情况下，我们希望通过要求每个蛋白质有两个或两个以上不同的肽序列显著的匹配来滤除这些蛋白质。

在筛除只有一个多肽匹配的蛋白，由于一个集合（set）的蛋白之间存在共享肽段而产生的蛋白推断的模糊性问题，我们仍然可能存在 “过度报告”的情况。当存在有same-set或者类似于same-set 的蛋白时，若我们选择报告其中一个蛋白，就要接受我们可能挑选出的是错误蛋白的情况；或者我们报告所有这些蛋白，就应当知道，这些蛋白并不是全部都存在的。

换句话说，鸟枪法蛋白组学中的蛋白推断受到一些非常严重和根本的局限性：

• 没有蛋白层面的信息 在鸟枪法蛋白组学中，蛋白层面信息的丢弃取决于采集速度与数据规模的权衡，并且蛋白推断依赖于简约法。
• 较低或者未知的覆盖率 我们不能假定一个低鉴定覆盖率的蛋白是错误的蛋白。它有可能是一个真实存在的低丰度蛋白。
• 通用数据库 大部分的搜库是基于公共蛋白数据库，在样品中存在的许多蛋白的序列与数据库中的并不相同完全相同。由于没有正确的序列，则匹配到同一蛋白集合的同源性条目中。
• 人工修饰 包括在搜库中不必要的修饰和在样品中确实存在而在搜库中被省略的修饰，这些都会引起多肽的错配，进而导致推断出错误的蛋白。最常见的是脱酰胺。

点击此处，阅读关于蛋白推断相关问题的详情。

Featured publication using Mascot

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们 一个PDF或URL。

A biotin enrichment strategy identifies novel carbonylated amino acids in proteins from human plasma

Jesper F. Havelund, Katarzyna Wojdyla, Michael J. Davies, Ole N. Jensen, Ian Max Møller, Adelina Rogowska-Wrzesinska

Journal of Proteomics 156 (2017) 40-51

蛋白的羰基化作用是一种不可逆的蛋白氧化反应，并且是蛋白损伤的重要标志，与氧化应激、疾病与衰老相关。这篇文章阐述了一种新的鉴定14种不同类型的氨基酸羰基化的方法。

蛋白用生物素酰肼衍生后，胰酶酶解，然后用单一亲和素的树脂富集。热水是优于其他的方法，最有效的洗脱试剂。此外，作者开发了一个在谱图中特异性检测和去除生物素离子的脚本，以提高大部分肽段的打分。

使用这种方法，他们在氧化的牛血清白蛋白中鉴定了125种羰基化残基，并在正常人类血浆蛋白样品中的36个蛋白，标记了133个羰基化位点。他们同时检出了蛋白质中10个此前从未报道的羰基化氨基酸。

本月Mascot使用小贴士

Unimod包含了大多数你在蛋白工作中可能遇到的元素，但是你仍然可能需要添加新的。网页版的configuration editor不包括元素的模块，所以你需要编辑configuration 文件。这个工作比较简单，但是，如果你使用的是Mascot 2.5及早前版本，当你从 Unimod网站下载一个新的unimod.xml文件，任何对unimod.xml (或者 master.xml in version 2.5) 的修改都会丢失。最好是 要求Unimod 在公共数据库中添加缺失的元素。

在Mascot 2.6，本地下对元素和分子的修改会保存为一个单独的文件，这样当你下载或者升级时就不会有任何丢失。为了说明这个过程，我们假定我们需要加入一个Pt（铂）的元素。WebElements是一个能够方便获得质量数的网站。点击元素周期表中合适的位置，来登录Pt的总页面，平均质量数列在页面的顶部（相对原子质量为195.084）。对于查看单一同位素质量，你必须继续浏览到页面底部，位于同位素这部分后面。记住，单一同位素质量是最丰富的天然同位素的质量，而不是最轻的，所以对铂的正确值是194.964766。

在Mascot 2.6或者后面的版本中，在文本编辑器中打开mascot\config\unimod\usermod.xml。

直接在结束标签(</umod:elements>)前，将这一行加入元素部分

<umod:elem avge_mass="195.084" full_name="Platinum" mono_mass="194.964766" title="Pt"/>

直接在结束标签 (</umod:mod_bricks>)前，将这一行加入mod_bricks部分

<umod:brick avge_mass="195.084" full_name="Platinum" mono_mass="194.964766" title="Pt">
   <umod:element number="1" symbol="Pt"/>
</umod:brick>

在保存了这些更改后，你就会发现铂元素现在可以在configuration editor中被选择作为新的修饰。你可以访问WebElements商店买一件元素周期表印花的T恤来奖励自己。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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