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我们提出了“暗物质的挑战”来确定一些常见的，但是在多肽搜索结果中仍然未被识别的质量差值。 点击这里 或者在后文中了解详情。

本月的特色文章说明了蛋白还原烷基化产生的一些副作用。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

本月的Mascot小贴士是关于杀毒软件的。

如果您有任何意见或问题，请随时 联系我们。

“暗物质”的挑战——赢取胜利

用‘质量容差’或者‘开放式’搜库的方式，报告了一些非常丰富的质量数与Unimod中的修饰不一致并且在常规搜库中未被发现的结果。这种现象既非常有趣，又令人无法满意。它们是真实存在的还是由人为引入的？如果是实际存在的，它们怎么会被忽略这么久？

为了解开这个谜题，我们从一个数据集中的质量差值中选择了20个，来邀请你接受鉴定这些质量差值的挑战。对于每一个质量差值，我们将会对首先提交可靠分配的个人奖励100美金。在这里可靠性的衡量包括：

• 可能的化学结构式或者反应途径，不仅仅是化学元素组成
• 化学物质必须是在提供的相关文件中所描述的样品制备以及分析过程中包含的
• 如果没有合理的解释，地外元素或者人工合成同位素不能包含在内
• 由于质量精度较高，所以匹配的质量数与实验测得的差值应该在0.005Da之内。

点击这里，阅读详情并且递交你的结果。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们 一个PDF或URL。

Systematic Evaluation of Protein Reduction and Alkylation Reveals Massive Unspecific Side Effects by Iodine-containing Reagents

Torsten Mueller and Dominic Winter

Molecular & Cellular Proteomics, 16 (2017) 1173-1187

尽管蛋白质组学的流程中，还原烷基化几乎是必须的一部分，但是从未系统的测试它是如何对蛋白鉴定产生影响的。这篇文章中，作者评估了使用三种不同的还原试剂（DTT，TCEP和BME）和4种烷基化试剂（IAA、IAC、AA和CAA）来进行蛋白的还原烷基化。他们使用了富集得到的Hela细胞胞浆蛋白进行溶液酶解的强阴离子交换柱分级产物，以及胶内酶解分级产物测试了这些条件。

在烷基化试剂的评估中，在所有反应条件中，IAA和IAC使得肽段鉴定的效率最低。这说明含碘试剂会导致非特异性修饰肽段的数量最多。

使用二甲基标记，质量容差搜索，和合成肽实验，他们确定了使用含碘烷基化试剂甲硫氨酸残基的烷基化是造成这种差异的主要因素之一。在使用含碘和非碘的烷基化试剂的胶内酶解样品，鉴定含有甲硫氨酸的肽谱匹配的数目上相差了9倍以上。

本月Mascot使用小贴士

大多数人会使用某种反病毒软件包来预防恶意软件，特别是在微软的Windows系统上。偶尔，这会对Mascot的正确运行产生影响。

最常见的问题是与实时文件扫描相关的。如果防毒软件锁定了一个结果文件或者正在写入的缓存文件，这可能导致超时或者错误。即使没有产生错误，大文件（例如序列数据库）的复制和处理可能会变慢。杀毒软件误报，也就是Mascot的程序文件被误删除或隔离，是非常罕见的，但不是没发生过的。

认识到一个专用的Mascot服务器与一个用于浏览网页和下载email附件的电脑分开，会大大降低风险是很重要的。一些文件由Mascot下载，但是这些都是已知的、可靠的文本文件。诚然，理论上，可能会有人能够以恶意可执行文件替代NCBI、EBI或者Matrix Science网站的FASTA或XML文件，但这只会在某人试图运行它时，这种不太可能发生的事件当中造成问题。

归责问题使我们很难确定地说从病毒查杀的扫描中将Mascot的文件目录排除是绝对安全的，所以，这是你可能需要认真考虑的。即使你的Mascot Server是在Linux系统运行的，不太容易被病毒攻击，反病毒软件也可能在客户端产生问题。不止一个客户反映了无法加载报告这种奇怪的问题，结果证明是过度活跃的反病毒软件“保护”Web浏览器造成的。Sophos软件常常被检测到像 恶意软件一样自动更新。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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