欢迎

如果您要参加下个月在圣地亚哥举办的ASMS年会，请到522号展位访问我们。我们还邀请您参加6月4日和5日在会议中心举行的ASMS早餐研讨会。

为了庆祝Matrix Science成立二十周年，我们决定推出一个特别优惠的活动：所有Mascot Server的升级，都给予8折的优惠。

我们评估了关键的序列数据库资源变为仅支持HTTPS的含义。与此相关，发布了一个新的Mascot Server补丁包。

本月的特色文章中详细介绍了一种深度蛋白质组分析方法，阐明了人类组织中瓜氨酸化的位点信息。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

如果您有任何意见或问题，请随时 联系我们。

Matrix Science在ASMS的早餐研讨会

在加州圣地亚哥举办的即将到来的ASMS会议上，请您前来参加我们每年举办的用户会。这些早餐会将于6月4日和5日在圣地亚哥会议中心举行，我们将在那里介绍数据库搜索的最新工具和技术。我们还有两位专题演讲人将介绍他们振奋人心的应用。

6月4 日，星期一，7:00 am - 8:00 am

开拓人类磷酸化的前景
报告人：Claire Eyers 利物浦大学蛋白质组研究中心

Mascot Distiller全面提速
报告人：Matrix Science

6月5日，星期二，7:00 am - 8:00 am

含碘烷基化试剂对鉴定的人为影响，以及在蛋白质组样品中多聚物污染
报告人：Dominic Winter 波恩大学生物化学和分子生物学研究所

利用谱图库提取一组多肽
报告人：Matrix Science

点击此处报名注册，请预定座位，名额有限，提供早餐。

加强安全性

越来越多的网站放弃了对HTTP的支持，转而专门使用HTTPS，因为HTTPS提供了更安全的通信模式。这里面包括为蛋白质组学研究提供资源和数据库的一些组织机构的网站。

2016年末，NCBI放弃了对HTTP请求的支持，将web资源限制为HTTPS。EBI在2017年10月默认采用HTTPS，UniProt宣布将在2018年6月采用HTTPS。

网页中的HTTP链接会继续工作，因为所有主流的web浏览器都会自动切换到HTTPS。另一方面，嵌入在Mascot Protein View报告中的完整注释文本由脚本从外部URL获取。在Mascot Server 2.6之前版本的服务器假定这些外部调用始终使用80端口。如果注释文本仅通过HTTPS调用是可用的，则该文本会从报告中丢失。目前，仅影响到了NCBI数据库，但如果EBI和UniProt也关闭HTTP，同样情况也会发生在EBI和Uniprot。

如果序列数据库文件仅通过HTTPS可用，那么Database manager的当前版本将无法下载该文件。由于NCBI、NIST和EBI文件存储库使用了FTP协议，所以目前不受影响。但是对于使用查询创建的Fasta文件(如UniProt proteomes)，当HTTP不可用时这就是个问题。为了解决这个问题，我们发布了Mascot Server的补丁程序，阅读下文了解详情。

点击这里阅读问题及建议的解决方案。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们个PDF或URL。

Mining the human tissue proteome for protein citrullination

Chien-Yun Lee, Dongxue Wang, Mathias Wilhelm, Daniel Paul Zolg, Tobias Schmidt, Karsten Schnatbaum, Ulf Reimer, Fredrik Ponten, Mathias Uhlen, Hannes Hahne and Bernhard Kuster

Molecular & Cellular Proteomics, Published online April 2, 2018

瓜氨酸化是通过肽酰基精氨酸脱亚氨酶将精氨酸转化为瓜氨酸的过程，产生0.9840 Da的质量增差。这个质量数与Asn / Gln残基的常见脱酰胺作用的质量变化相同，会导致复杂酶切数据进行数据库检索时的模糊性。

瓜氨酸化与许多细胞进程相关，如表皮终末分化、细胞凋亡、中枢神经系统( CNS )稳定性、免疫应答、基因调控和胚胎发育等。

为了解决特异瓜氨酸位点信息贫乏这一问题，作者深度挖掘了30个人类组织的蛋白质组，对内源性瓜氨酸蛋白进行分析。分析了1116个 LC - MS / MS run产生的约7000万张MS / MS谱图提取信息，他们使用了异氰酸的中性丢失、瓜氨酸亚胺离子、人工解谱，以及合成肽段作为参考谱图等方法，最终在26个人体组织的209个蛋白质中鉴定到了375个瓜氨酸化位点。

Mascot Server 2.6.2

我们很高兴宣布Mascot Server 2.6.2补丁版本的发布。该版本将向Database manager添加对于HTTPS的支持，从而使得只能通过HTTPS下载的文件可用。其他漏洞修复包括对于含有64个以上逻辑处理器硬件的支持，以及修复Protein View中偶尔出现的缓存文件错误。

你可以从技术支持页面下载Mascot 2.6免费更新版本。如果你正在使用早期的Mascot版本，现在正是购买更新的好时机。为了庆祝Matrix Science公司成立20周年，我们对所有Mascot Server的升级费用提供8折的优惠。这个优惠活动的报价适用于2018年7月31日之前提交的升级订单。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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