新年快乐！

Mascot新版本马上就要发布了，我们在本期内容中为大家做了预告。

本月的特色文章中研究碎裂与碰撞能量的相关性，如何选择最佳策略，尽可能地提高单克隆抗体序列覆盖度。如果您在近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月Mascot小贴士是关于最近特定Uniprot 蛋白组数据库下载方式的变化。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

精彩预告:
Mascot Server 2.7

Mascot Server 2.7版本现在在官网已经运行，我们准备在本月底左右正式发布。在这个版本中，我们加入了一些用户建议的新功能并做了一些优化工作。下面列出其中一些主要的工作。

• Crosslinked peptides通过完整的交联试剂连接的成对肽段现在可以通过在搜库界面中选择crosslinking method 在Mascot中得到匹配。
• Protein FDR 在搜索中如果自动进行decoy搜索，我们现在可以在结果中为大家报告蛋白水平的假发现率（FDR），在这里采用的是MAYU评估方法。
• Non-standard modification names 一个新的配置文件能将谱图库中使用的修饰名称映射到它们的Unimod数据库中对应的同义词。
• Quantitation Summary Mascot Daemon 可以产生csv格式的定量总结报告，其中行对应于蛋白质信息，列包含多个样本的表达数据。
• Improved limits on variable modifications 通过对一个PSM中不同修饰的数量，修饰位点数目和排列组合的总数分别引入单独的上限进行测试，进而更准确地确定修饰位点。

点击这里，具体了解即将发布的2.7版本的详细信息，或者联系我们来获取升级的报价。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们一个PDF或URL。

Optimal Collision Energies and Bioinformatics Tools for Efficient Bottom-up Sequence Validation of Monoclonal Antibodies

Agnes Revesz, Tibor Andras Rokob, Dany Jeanne Dit Fouque, Daniel Huse, Viktor Hada, Lilla Turiak, Antony Memboeuf, Karoly Vekey and Laszlo Drahos

Analytical Chemistry 91 13128-35 (2019)

本文作者开发了一个名为Serac的软件，能够自动计算和报告来自Mascot对LC-MS/MS数据处理得到的蛋白质“可靠的序列覆盖率”（Confirmed sequence coverage, CSC）。

他们分析了两种用于治疗的单抗酶解产物（利妥昔单抗和曲妥珠单抗），并且绘制了肽段和蛋白CSC之间的碎裂能量曲线，以便发现最优的设置。他们还研究了通过结合来自多个来源的信息（例如，不同价态的多个谱图，在不同设置下采集的多个质谱数据）和多个水平（肽、氨基酸、片段离子）来增加CSC。

他们建议，一个最佳的工作流应该包括2-3个LC-MS/MS（碰撞能量在6-10ev之间），这样可以在碎片离子水平上进行组合。相比只有一个MS run并且也没有专门的数据处理流程相比，这个研究可以提高可靠的序列覆盖率约25%-30%以上。

Mascot 小贴士

Uniprot已经放弃了完整蛋白组已经放弃了完整蛋白组分类。如果您在Database Manager旧的下载url中有此关键字，则需要在尝试更新文件之前修复它。在Uniprot Proteomes site中通过关键词或者物种分类ID号码搜索。蛋白质组ID是在Fasta下载url中使用的正确标识符。

研究地比较多的生物物种的关键字可能会返回许多潜在的匹配，所以请小心地为您的样本选择准确匹配的那个。例如，输入"mouse"则会返回13个参考蛋白质组，但其中大多数指向的是不相关的生物物种，这些物种只是恰好在描述中包含了这个词。Uniprot增加了两列信息来帮助判断蛋白质组的完整性，蛋白质总数是另一个很好的指标。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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