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希望我们免费提供的公共Mascot server尽可能为现在疫情的紧急情况下必须远程工作的用户提供方便，因此我们增加了新的数据库，并提高了谱图数的搜库上限。点击这里阅读详情。

蛋白FDR质控可以通过调整多肽的FDR或者通过过滤掉one-hit wonder的这些蛋白结果来进行，大家可能会有到底哪种最好的疑问。

本月的特色文章阐述了一种在N端产生特定残基的肽段的新酶解方法。如果您在近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月Mascot小贴士给出了近期在公共Mascot Server上做出了哪些变更的详细信息。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

Mascot Server 2.7中的Protein FDR

Mascot Server 2.7的新功能之一，就是建立了蛋白质FDR的评估，目前已经加入在公共Mascot Server的网页端。其基础是target数据库中推断的蛋白质数量与decoy数据库中的蛋白质数量之比。 虽然这类似于肽段评估FDR，但还有几个其他因素必须考虑。

• 仅有那些有显著匹配打分的肽段序列匹配（PSMs）用于蛋白鉴定的证据，具有共享肽段匹配的蛋白归类到一个蛋白家族中。
   
• 蛋白家族中的某一个成员可能代表多个相同的蛋白质，其中一个作为锚蛋白。
   
• 用于评估FDR的蛋白计数是计算蛋白成员的数目。这样，如果报告中包含2个蛋白家族，一个有4个蛋白家族成员，而另一个protein family只有一个成员。那么总数计作5个蛋白。
   
• 如果含有一个真阳性的PSM那么这个蛋白的鉴定就被认为是真阳性。一个蛋白如果认为是假阳性，那么要所有的PSM都是假阳性的时候才成立。
   

控制蛋白FDR的一种方式就是调整多肽的FDR。还有第二种方法来调整蛋白的FDR：就是改变显著匹配的unique肽段的最少数目。默认情况这个值为1，我们会报告这些“one-hit wonder”蛋白。对于大规模数据的搜库而言，正如前面一篇文章所解释的那样，传统的观点是，排除这些蛋白的结果更为可信。然而，在许多情况下，在给定一个protein FDR值的时候，我们可以通过设置包含one-hit wonder的结果而报告更多的蛋白。 右边的表显示了一个典型的例子。

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使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们一个PDF或URL。

Tryp-N: A Thermostable Protease for the Production of N-terminal Argininyl and Lysinyl Peptides

John P. Wilson, Jonathan J. Ipsaro, Samantha N. Del Giudice, Nikita Saha Turna, Carla M. Gauss, Katharine H. Dusenbury, Krisann Marquart, Keith D. Rivera, and Darryl J. Pappin

J. Proteome Res. Publication Date: March 6, 2020

作者进行了一项研究，以确定酶解产生的肽段与基本中心主要在肽段N端，这种酶解方法主要产生b离子，并简化肽段碎裂和分配。 他们通过计算来筛选酶，以鉴定和推断可能具有N端切割特异性的蛋白酶。

表现出显著的具有质谱产生肽段特异性酶解特征的蛋白酶，其候选基因被合成，并在体外进行转录和表达。他们进一步表征了蛋白酶活性和特异性、pH敏感性、洗涤剂耐受性和MRM灵敏度。

在较宽的pH范围和缓冲条件下，Tryp-N均表现出较高的活性，对精氨酸和赖氨酸具有≥95%的特异性。 由于电荷主要由N端片段保留，与对应的胰蛋白酶酶解产物相比，Tryp-N生成的肽在MRM分析中往往能表现出更低的检测下限。

Mascot 小贴士

正如在本篇新闻资讯中的解释，NCBI 的非冗余蛋白质序列数据库——NCBIprot，现在仅仅在发送请求的条件下才能使用。原因是它太巨大了：2.27亿条序列和820亿个残基，它要比SwissProt大400倍。即使通过一个物种的筛选，仍然也会有巨大的条目数量，会严重得影响灵敏度。例如，真菌中有1200万个序列，变形菌门中有8500万个序列。

如果您正在研究一个在SwissProt中代表性较差的物种，并且没有良好覆盖范围的UniProt蛋白质组，您别无选择，我们很乐意提供一个登录账号来运行NCBIprot的搜索。 如果有必要，我们将在taxonomy filter中添加一个类别，以便可以选择合适的属或家族。

如果你正在研究一个物种，具有良好覆盖率的UniProt蛋白质组，那么这正是理想的搜索目标库。 这样的搜索能够快速完成，结果报告也能清楚地展示。 这些蛋白质组都被配置为包含突变体，如果结果很好，您甚至可以运行一个error tolerant search来获取额外的氨基酸点突变。 如果我们提供的蛋白质组数据库中没有您感兴趣的，而UniProt蛋白质组至少75%的覆盖率，请与我们联系，可以请求添加它。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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