欢迎

人类蛋白质组计划更新了质谱数据说明指导原则。

本月的特色文章展示了一种多肽和蛋白质的化学标记和半胱氨酸定量新方法。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月的Mascot小贴士将协助您创建新的交联方法。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

HPP数据说明指导原则更新

HUPO人类蛋白质组计划最近更新了他们的质谱数据说明指导原则。虽然HUPO的关注点是人类，但许多指导原则在蛋白质组学研究中都是很好的实践和常识。以下是一些关键的更新信息。

• 将所有的蛋白质组学质谱数据完整地提交存放到ProteomeXchange资源库中。
   
• 在提交的文件中包括分析参考文件（检索的数据库、谱图库、转换列表等）。
   
• 使用最新的neXtProt的参考蛋白质组数据。
   
• 详细描述PSM、肽段和蛋白质水平的FDRs的计算方法。
   
• 报告PSM、肽段和蛋白质水平的FDR值，以及每个水平的预期假阳性总数。
   
• 在具有高置信度定性的DDA分析中，考虑肽段映射到蛋白质可能存在可替代的映射，而不仅是报告出来的肽段映射信息。
   

点击这里，阅读更多详情。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们一个PDF或URL。

Maleimide-Based Chemical Proteomics for Quantitative Analysis of Cysteine Reactivity

Evan W. McConnell, Amanda L. Smythers, and Leslie M. Hicks

J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2020, published online: June 23, 2020

作者开发了一种使用马来酰亚胺硫醇反应探针(N- propargylmaleimide, NPM.)定量特定位点半胱氨酸反应性的方法，称为QTRP(定量硫醇反应性分析)，该方法涉及用NPM标记半胱氨酸，然后通过炔烃基团连接荧光探针(用于凝胶分析)或生物素(用于亲和纯化和LC/MS/MS)。

这种LC-MS/MS方法采用链霉菌素-生物素富集的蛋白进行在结合树脂上的酶解。再用甲酸将结合的肽从树脂中洗脱下来，在有标记的半胱氨酸残基上留下独特的NPM-DADPS修饰(+278 Da)，可以通过数据库检索鉴定。将此方法应用于单细胞绿藻Chlamydomonas reinhardtii的蛋白质组学研究，他们在870种蛋白质中定量到了1585个半胱氨酸位点。

Mascot小贴士

您是否尝试过在Mascot Server 2.7中匹配交联肽段？我们已经看到它给出了一些非常有趣的结果，尤其是对于自然交联，例如二硫键和异肽键。

对于软件来讲，提供处理实际数据的灵活性会导致一些不可避免的复杂性。例如，赖氨酸可以与谷氨酰胺形成异肽键，但是您不希望两个赖氨酸或两个谷氨酰胺之间存在键。弄清楚这一点是设置交联方法的工作。我们将尽力用实际示例为配置新方法提供清晰的文档，但可能会是一个艰难的过程。

如果您手头有一个很好的模型，并且已经为设置进行了合理的选择，那么入门对于您的挑战就不那么多了。您可以立即看到数据分析应该如何进行并专注于优化。

我们很乐意为此提供协助。联系技术支持以获取有关实验的一些基本信息。我们会将上传链接发送到我们的云端。给我们发送一个原始文件（不需要太多-我们不需要庞大的数据集来说明合适的设置）。我们将反馈给您自定义的交联方法以及有关搜索参数和谱峰选择的建议。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

Matrix Science Ltd, 64 Baker Street, London W1U 7GB, UK
T +44 (0)20 7486 1050  F +44 (0)20 7224 1344  E info@matrixscience.com