欢迎

我们为各位简要说明如何为大规模数据集创建Quantitation Summaries的步骤。

本月的重点文章介绍了一种使用天然酶解、Protein A和FAIMS的新方法来鉴定生物药品中更多的宿主细胞蛋白。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的 PDF文档或URL链接发给我们。

本月的Mascot小贴士是说明在Database Manager中如何清除奇怪的报错信息。

关于Mascot新功能的信息，我们在ASMS 2020大会的介绍中已经分享，并已将视频和PDF版本的文档分享给大家。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

汇总多个分析中的定量数据

定量研究通常包括来自不同时间点，多个处理，多个分级和多个重复的样品，这使得将结果合并为一个有意义的总结报告是非常耗时、枯燥的。

为了便于得到全面的总结报告，最新版本的Mascot Daemon允许我们选择单个分析的结果并用表达信息进行注释。然后对结果进行处理，以创建一个Quantitation Summary电子表格，其中的行对应于蛋白质，而列则包含丰度或丰度比值形式的表达数据。支持非标记定量和包括报告离子定量方法在内的同位素标记定量方法。

最近的一篇官方技术博客使用了来自以四种不同浓度大肠杆菌酶解产物掺入到Hela细胞消化产物的非标记定量实验，用一组共12个raw文件的分析说明了这个过程。根据各个重复之间是否需要进行差异统计，各个重复可以合并，或者单独保留。Quantitation Summary的优点之一是，它使用与Mascot Protein Family Summary报告相同的严格蛋白质推断。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们一个PDF或URL。

Combination of FAIMS, Protein A Depletion, and Native Digest Conditions Enables Deep Proteomic Profiling of Host Cell Proteins in Monoclonal Antibodies

Reid O'Brien Johnson, Tyler Greer, Milos Cejkov, Xiaojing Zheng, and Ning Li

Anal. Chem. 92, 10478-10484 (2020)

作者开发了一种鉴定生物制药中常见杂质——宿主蛋白（HCPs）的方法。该方法需要先消耗Protein A柱上的抗体样本，然后特异性消化HCPs，同时在自然条件下沉淀剩余的抗体。通过有选择性地消化低丰度的HCPs，并完整的保留相对较大和稳定的抗体，他们显著地减少了来自抗体肽段的干扰，并检测到比常规消化多得多的HCPs。他们然后利用FAIMS来减少LC MS/MS的谱图占用。

他们将优化后的方法应用于NIST单克隆抗体 (mAb) 标准品的的测试。通过Protein A消耗和天然酶解结合，他们在NIST单克隆抗体中检测到511个HCPs，而FAIMS的添加扩大了敏感性，导致检测到的HCPs增加了20%。这比之前的研究结果多了好几倍。

Mascot 小贴士

有些客户跟我们报告说，在更新到Mascot Server 2.7后第一次使用Database Manager时，收到了一个错误消息:“一些预定义的定义文件在/Mascot/config/db_manager/public有相同的最新修改的时间”。

这个是我们的问题。更新时会安装一个基本定义文件(databases_1.xml)，该文件与Database Manager已经下载的一个更新文件具有相同的时间标记，因此不清楚哪个是最新的。

查文件后，确认了这个问题以及databases_1.xml文件的日期是2018年3月8日。如果是这样，解决方法就是简单的稍微更改一下databases_1.xml文件的最新修改时间。对于Linux系统，在shell提示符下，更改到错误消息中指定的目录，并输入:

touch -t 201803081128 databases_1.xml

对于Windows，打开一个PowerShell窗口，更改到错误消息中指定的目录，并输入以下文本（全部在一行上）:

$(Get-Item "databases_1.xml").lastwritetime=(Get-Item "databases_1.xml").LastWriteTime.AddMinutes(1)

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

Matrix Science Ltd, 64 Baker Street, London W1U 7GB, UK
T +44 (0)20 7486 1050  F +44 (0)20 7224 1344  E info@matrixscience.com