欢迎

我们本期聚焦如何验证完整交联肽段的匹配结果。

这个月的特色文章介绍了一种分离和鉴定蛋白N端肽段的新方法。如果您在近期有发表的文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月的Mascot小贴士解释了为什么客户端有时以一种奇怪方式显示错误信息。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

你的交联肽段鉴定结果是正确的吗？

化学交联是阐明结构的一种强有力的技术，但是匹配的可能性呈几何级数增加，使得解释结果非常具有挑战性。无论是环状交联（looplink）的序列还是交联剂游离（monolink）的线性交联的序列或者是不同肽段线性交联的序列（可能同样也存在被修饰的情况），Mascot 2.7使用相同的打分系统，所以对一个query所有匹配的分数是直接可比的。这使得对候选匹配进行比较和排名变得非常简单。

使用从已知合成DSS-交联的多肽数据库中获得的最近发表的数据，我们评估了交联肽段的显著匹配结果的正确匹配的FDR。搜索结果显示了Cas9中大量的monolink交联和完整的交联，包含了许多显著匹配结果。我们还详细分析了各种假阳性，并鉴定了一些monolink的线性多肽，以及一些难以置信的alpha-beta多肽组合。

使得灵敏度达到最大化且控制假阳性的一个有效策略是：

• 确保search space被覆盖
• 同时只包括必要的蛋白质序列在搜索，不要超过这个范围
• 查看碎裂和排名1匹配及其备选选项

点击这里查看详细介绍。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们一个PDF或URL。

Isolation of acetylated and unmodified protein N-terminal peptides by strong cation exchange chromatographic separation of TrypN-digested peptides

Chih-Hsiang Chang, Hsin-Yi Chang, Juri Rappsilber and Yasushi Ishihama

Molecular & Cellular Proteomics November 2, 2020

作者开发了一种新的方法，通过富集N-末端肽而不需要衍生化或复杂的加工来表征蛋白质的N-末端。该方法使用蛋白酶TyrpN，然后利用强阳离子交换(SCX)色谱基于正电荷的数量和分布来分离肽段。

他们通过比较大约4000个仅在末端位置是Lys/Arg的相对应的肽段在SCX中的保留时间来评估这种分离。TrypN酶解的肽段比胰酶酶解产生的类似多肽明显显示出更强的SCX保留。这是因为TrypN酶解肽段在N端携带两个带正电荷的基团，而Lys/Arg的C端正电荷被α-羧基基团部分中和。

将这种方法应用于一个人胚胎肾细胞裂解产物，单次LC/MS/MS run中，他们鉴定出1550个乙酰化的和200个未修饰的蛋白N端肽，同时只有不到3%的内源性多肽污染物。

Mascot 小贴士

如果你是使用Mascot Daemon或者Proteome Discoverer之类的客户端来提交搜索任务，您可能会注意到来自Mascot server警告或错误消息有时是不完整的。例如，Daemon的status界面可能会报告如下内容:

嗯这看起来是有点奇怪，'%s'表示的是字符串的占位符，该消息应该已读取，但是你其实什么都不知道啊。

如果您曾经在自己的系统上看到这个消息，完整的报错信息将使您更容易找出问题的原因，这事请通过查看Mascot Server来获得全部内容。通过网页浏览器，访问你本地的Mascot Server主页通过点击Database Status，进入该页面后点击error log。通过将日期和时间与客户端的事件日期和时间匹配，应该不难找到完整的消息。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

Matrix Science Ltd, 64 Baker Street, London W1U 7GB, UK
T +44 (0)20 7486 1050  F +44 (0)20 7224 1344  E info@matrixscience.com