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一种新的鉴定假羊绒的标准方法。

本月的特色文章展示了蛋白质载体的一些好处和风险。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

我们很高兴在这里发布Mascot Server 2.8新版本的测试版，并且已经在我们的公共服务器上为大家提供。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

山羊绒鉴伪

山羊绒制品的掺假已成为一个全球性的问题，不良商家可能采用一些便宜的替代品来掺入，例如绵羊毛、牦牛甚至老鼠来制作假冒毛衣和围巾。目前已批准的方法有局限性，如难以检测化学处理(如显微镜查看)或有重复性问题(LC/MS中的还原烷基化)。

作为一种有效的替代方法，日本国立技术与评价研究所生物资源中心在之前研究的基础上开发了一种新的ISO国际标准方法。将纤维样品磨成粉末，用胰蛋白酶直接消化，不作还原性烷基化反应。基于可重复性和清晰的LC分离，每个物种选择一个标记肽。新的样品制备产生一致和可重复的肽强度，不受染料或物理的复杂性。

Unipept搜索显示了山羊绒和绵羊毛的肽是这些物种所独有的，而牦牛的肽是与奶牛共享的。该方法除可鉴别山羊绒、绵羊毛、牦牛毛、骆驼毛、羊驼毛、安哥拉兔毛外，还可用于混合搭配比例的测定。

点击这里了解如何鉴定你的毛衣。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Quantitative consequences of protein carriers in immunopeptidomics and tyrosine phosphorylation MS² analyses

Lauren E. Stopfer, Jason E. Conage-Pough, Forest M. White

Molecular & Cellular Proteomics Published online May 27, 2021

作者通过细致的实验对采用蛋白载体方法来增强低水平肽段信号的利弊进行了评估，观察了MHC肽段的鉴定和量化以及酪氨酸磷酸化。使用6-plex和10-plex TMT标记，并采取MS²定量，他们评估了unique肽段定性的数量，以及分别比较了有或者没有蛋白载体的样本，其信号强度和调变倍数。

加入蛋白载体("boost")增加了pMHC 鉴定的数量:从单针质谱数据中，在boost样本中鉴定出了3176条独特的pMHC，而在no-boost样本中鉴定到了1619条。然而，在研究已知被CDK4/6抑制剂干扰的通路中的蛋白质时，他们发现蛋白质载体的使用改变了其他蛋白的定量结果。包括三个强化的no-boost分析在内，使用pMHC-boost数据没有任何通路显示出显著的富集。

类似地，研究pTyr时使用过钒酸盐来停止酪氨酸磷酸酶活性并增加酪氨酸磷酸化，他们发现与no-boost分析相比，boost分析鉴定出更多unique的pTyr肽(3971对556)。然而，boost分析在所有样本中只包含163个pTyr可定量的肽，而非boost分析中包含327个pTyr可定量的肽，减少了总体数据量。作者敦促在使用蛋白质载体进行定量之前要仔细评估。

Mascot Server 2.8

Mascot Server 2.8的候选版本现已在我们的公共网站上运行。请点击这里试用。改进包括：

• 对于Error tolerance search采用了新的统计模型。Mascot 对error tolerance的匹配结果赋予期望值（expect value），并（如果搜索勾选了auto-decoy）评估FDR。
• 提高了Percolator的灵敏度。Mascot和Percolator的新版本同步在这个版本中更新。
• MS/MS搜索方法速度提高。单线程文件处理步骤已经变成了多线程，速度提高了20-35%。

一旦测试完成，在保修或支持合同期内的客户将免费获得新版本。如果你有一个较早的版本，升级到2.7版本会附带一年的高级支持，一旦2.8版本发布，你就可以免费升级到2.8。通过电子邮件sales@cloudscientific.com获取报价。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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