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Mascot近期的功能更新可以帮助鉴定更多的内源性多肽。

本月的重点出版物介绍了如何利用固相萃取更好地回收多肽。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月的Mascot小贴士给出了一些Mascot Daemon任务数据库的管理建议。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

鉴定更多内源性多肽

鉴定内源性多肽一直都比较有挑战性，因为非特异酶切的检索方式产生的候选肽段非常多，因此打分阈值趋于保守，灵敏度也相应地降低了。通常，可以使用Percolator对搜库结果进行重打分以提高正确匹配和错误匹配的区分度。

使用最近发表的一个含2000条合成HLA肽段的数据，我们对Mascot 2.8新版本和以前的版本做了对比。2.8的一个主要更新就是Percolator功能的升级，新的Percolator包含46个特征参数的计算，以及保留时间的处理优化。

Mascot 2.7中的Percolator在1% PSM FDR条件下，可以提高2.5倍的PSM鉴定数，肽段鉴定数提高75%。而Mascot 2.8的Percolator可以提高3.6倍的PSM鉴定数，超过2倍的肽段鉴定数。

鉴定结果还可以通过Percolator的保留时间校正功能得到进一步优化。使用Mascot 2.7的保留时间校正只能得到很少的PSM数量的提升，而2.8则可以提高PSM数量的约14%，肽段数提高6%。

点击这里了解更多如何提高搜库质量。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

CoolTip: Low-Temperature Solid-Phase Extraction Microcolumn for Capturing Hydrophilic Peptides and Phosphopeptides

Kosuke Ogata and Yasushi Ishihama

Molecular & Cellular Proteomics, published online: November 02, 2021

固相萃取(SPE)一般使用各种反相树脂填充的小枪头（tip），由于其容量大、回收率高、洗脱体积小而广泛应用于多肽的富集。然而，像极短的小肽和磷酸化肽等亲水性多肽往往不能很好地吸附在固相中，在纯化过程中容易丢失，导致蛋白质组覆盖率不足。

利用HeLa细胞裂解液的胰酶酶切肽段，作者研究了各种溶剂和介质系统，得出结论，所有组合都能得到相似且良好的亲水肽回收率。然后，他们评估了不同温度(25°C、16°C、8°C和4°C)下的SPE tip，发现亲水性肽的回收率随着tip温度的降低而有所增加。

他们通过实验验证了这种CoolTip的方法，与室温处理下对比，能够多鉴定5%的肽段，然而磷酸化肽段的鉴定结果多于15%。他们进一步用非标记定量的方法评估了CoolTip法，发现普通肽段和磷酸化肽段在洗脱时间20分钟以内的鉴定数量几乎翻倍。

Mascot小贴士

如果您的Mascot Daemon使用量很大，那么Daemon的任务数据库对您管理和定位已完成的检索结果来说帮助甚大。尽管检索结果仍然保存在Mascot server上，但由于硬盘故障或损坏导致的任务数据库丢失会造成很大的不便。希望您可以像对待其他重要文档一样定期备份任务数据库。如果您使用的是默认的VistaDB数据库算法，这边有一个小技巧来帮助您把数据库损失的可能性最小化。

VistaDB是一个将任务信息记录在单个文档中的简单数据库。为了防止这个文件越来越庞大，可以定期将其归档，并生成一个新的文档：

• 打开Daemon的preferences设置，ODBC任务栏中，记录下任务数据库的存储路径，默认路径是C:\ProgramData\Matrix Science\Mascot Daemon\TaskDB.vdb5
• 关掉Daemon桌面应用并退出软件。可以通过系统程序托盘退出（右键右下角软件图标，选择退出），也可以通过Windows service退出（Windows control panel; Administrative tools; Services; Mascot Daemon Engine; Select; Stop）
• 在Windows任务管理器中，确保没有Mascot Daemon.exe或者MascotDaemonEngine.exe的程序运行
• 重命名任务数据库文件，如TaskDB_2021.vdb5
• 在VistaDB的子文件夹中复制一个空白的数据库文件以替换原来的文件
• 重启Mascot Daemon

如果您想查看已归档的任务数据库，只需要在ODBC任务栏内输入要查询的文件名然后点击保存即可。当查看结束之后，切记返回当前使用的文件。

以上步骤也适用于任务数据库丢失或损坏的情况。如果您需要辅助修复已损坏的文件，请将问题发送至support@matrixscience.com。如果损坏的文件在几个M大小，您可以附在邮件中。如果文件过大，可以通过Dropbox发送给我们。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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T +44 (0)20 7486 1050  F +44 (0)20 7224 1344  E info@matrixscience.com