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在LC-MS/MS分析中，质谱保留时间可以为我们提供很多有价值的信息，本章我们和您分享Mascot软件分析时是如果处理保留时间的。

本月的特色文章，构建了一个新的植物蛋白复合物数据库，展示了co-migration 技术如何帮助进行蛋白鉴定。 如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL.

本月Mascot小技巧：为什么在Mascot的结果报告中非显著性匹配的结果默认不显示；同时，如果您想要更改这个默认设置该如何操作。

如果您有任何意见或问题，请随时 联系我们.

Mascot中的质谱保留时间

虽然质谱保留时间在Mascot分析中不参与结果打分，但在后续结果筛选和定量分析中，根据保留时间对结果重新打分计算的应用越来越多。 Mascot server是通过谱峰列表进行鉴定图谱，而不是原始数据raw date。因此了解保留时间信息是如何传递到谱峰列表、搜库结果以及报告中非常重要。

为了保证保留时间可以准确真实地记录到MGF 格式的谱峰列表中，我们引入了RTINSECONDS. 参数。如果谱峰列表是通过mzML 格式储存的，Mascot server会寻找相关的 controlled vocabulary (CV)准确将保留时间信息传递到MGF格式谱峰列表中。

如果MGF或者mzML 格式的谱峰列表中包含了保留时间信息，那么保留时间信息也会输出到Mascot的搜库结果文件中。会显示在Peptide View报告中，可以通过Mascot Parser 提取相关的信息，同时可以导出保存成多种数据格式。如果您想通过多个碎片分析结果，distiller 会分配指数给各个raw文件中的MGF 头文件，并且会在计算过程引用这个指数。

获得保留时间的一个重要优点是，它可以被Percolator 利用提高分析灵敏度。想知道更多关于保留时间的信息，请点击查看详情。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐,请发给我们 一个PDF或URL.

PCoM-DB Update: A Protein Co-Migration Database for Photosynthetic Organisms

Atsushi Takabayashi, Saeka Takabayashi, Kaori Takahashi, Mai Watanabe, Hiroko Uchida, Akio Murakami, Tomomichi Fujita, Masahiko Ikeuchi and Ayumi Tanaka

Plant Cell Physiol. (2016) online: December 22, 2016

为了帮助了解蛋白复合物在细胞进程中的作用，作者开发了一个可搜索的关于光合生物体中蛋白共迁移(co-migration)信息的数据库。

他们使用blue-native PAGE富集分离蛋白，将胶条剪切成大约60小块并进行消化酶解，用LC-MS/MS进行质谱分析，最后使用Mascot进行蛋白鉴定。通过谱图计数计算蛋白丰度，即Mascot中使用的emPAI （exponentially modified protein abundance index）指数。

蛋白Co-Migration数据库 ( PCoM-DB) 提供蛋白复合物预测工具，PCoM-DB 会给出感兴趣蛋白的migration信息，允许用户将他们与其他蛋白进行比对，展示蛋白的低聚状态，识别潜在的复合物。

这篇文章收集了包括苔藓植物，绿藻类，蓝藻细菌，拟南芥的完整叶绿体、叶绿体被膜、线粒体信息，将其整合到了PCoM-DB 数据库中。

本月Mascot使用小技巧

在Mascot server 2.6新版本中有一些小的改进，您可能会发现搜库结果界面的内容与之前有一些不同。

以前，Mascot server默认在报告界面中展示所有匹配的肽段结果，不管他们的打分高低都会显示。您可以通过设置score打分或者p-value等参数对匹配度低的结果进行筛选。

这个操作对经验丰富的使用者来说是没有问题的，但对很多刚接触蛋白质组搜库鉴定的用户来说，他们经常会认为呈现出来的都是匹配度很高的结果。这样会产生误导，所以我们决定改进这个默认设置，只默认显示可信度高的结果。同时，新版本在报告界面中有一个新的选择框 Display non-significant matches. ，如果您希望Mascot和之前一样显示所有的结果，只要勾选这个选项即可。 如果您是资深的Mascot用户，并且希望保留以前的默认设置，您可以在Configuration Editor/ Configuration Options下进行操作更改。 具体操作步骤：找到 DisplayNonSignificantMatches. 参数，按下述设定:

• 0 = Display cleared check box in format controls (default)
• 1 = Display checked check box
• 2 = Display edit box for custom expect or score threshold

如果您显示了复选框，可以用 IgnoreIonsScoreBelow. 设置默认参数使用，否则这个设置就无效.原来的参数默认对应 DisplayNonSignificantMatches 2 （显示打分高于设定阈值的结果）和 IgnoreIonsScoreBelow 0.0 （打分低于阈值的结果默认显示为0)

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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