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我们期待在佛罗里达举办的世界HUPO大会上能与你们见面，欢迎前来并驻足我们的307号展位。

特别是当您有了新的数据来源时，请检查您的参数是否经过了优化。

本月的特色文章讲述了如何从艺术作品中采用非侵入性的蛋白质提取和鉴定的方法。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

本月Mascot小贴士是关于如何处理不断扩容的NCBI nr数据库。如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

你是否需要优化你的搜库参数？

如果您的数据某些方面发生了变化，比如可能换了新的仪器，那么您的搜索结果可能会通过重新优化搜索参数而得到改进。

这里有一个简单的工作流程，来帮助确定您的特定数据类型的最适参数。

1. 回顾实验背景以确定基本参数，如样品处理、物种、仪器、碎裂方法、标记和富集方法。
2. 执行基本参数的搜索，即通过对数据中“平均”水平的子数据集的评估，设置比正常质量容差范围稍宽，以及最少可变修饰的参数进行搜索。
3. 确定质量容差，通过查看搜库结果中排序前几位的蛋白质，其检出多肽的质量偏差来确定。同时，可以查看打分较高，质量数较大的多肽质量误差图，评估合适的ms/ms子离子容差。
4. 查找共同的修饰，通过设置上一步确定的质量容差，并以error tolerant search的方法，重新搜索该数据集。目的是确定是否有任何特定修饰或非特异性酶解的异常数目。
5. 执行优化参数的搜索，并可以在搜库中包含decoy。一旦搜索完成，检查FDR并调整到1%。

点击这里了解更多关于优化参数步骤的详细信息。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们 一个PDF或URL。

Minimally Invasive and Portable Method for the Identification of Proteins in Ancient Paintings

Paola Cicatiello, Georgia Ntasi, Manuela Rossi, Gennaro Marino, Paola Giardina, and Leila Birolo

Anal. Chem., 2018, 90, 10128-10133

为了了解历史文物的老化和变质，作者开发了一种从艺术作品中捕获和鉴定蛋白的方法。在保护和恢复文化遗产中的核心问题是分析测定方法的侵入性，本文建立了一种显微水平下，表面没有显著变化的测定方法。

该方法使用涂有Vmh 2疏水蛋白的醋酸纤维素片，然后以非共价固定胰蛋白酶。将潮湿的薄片轻轻地与艺术品表面接触，去除表面的蛋白质并产生肽段。从该薄片上提取多肽，然后进行MALDI-TOF MS和MS/MS分析以鉴定这些蛋白质。

作者研究了八个不同的历史样本，其中一个来自比萨纪念墓地，由画家博纳米科·布法马可(十三世纪)创作的独立壁画，还有七幅十九世纪至二十世纪的无名氏作品。布法马可壁画作品的检测结果与先前发表的结果一致。

Mascot 小贴士

您是否在您本地的Mascot Server上配置了NCBI nr综合蛋白数据库（NCBIProt）? 如果有的话，请注意NCBI最近添加了几个条目，这些条目的长度超过了Mascot默认的50,000个残基。如果要在搜库中包括这些条目，请在下次更新nr Fasta之前，按下述方法提高这个限制数目：

• Configuration editor
• Configuration options
• 更改MaxSequenceLen 设置到 80000
• 点击Apply

不要将MaxSequenceLen设置过高，超过它的实际需要，因为这会浪费内存的使用。

你是否真的需要搜索这些条目也是值得你思考的。这几个条目是PWL93229和PWL95011，是来自于有关人类肠道元基因组的一篇未发表文章，注释是通过“使用基因预测方法：GeneMarkS+进行自动计算分析”。可能只是无用输入和无用输出的一个字面示例！所以，您可能会更倾向于将设置保留为50,000个残基，这样就可以跳过这两个条目。

NCBI nr现在的规模大得离谱。下载的文件大小38 GB，并且解压后达到了95 GB。把它上传在线要花费很长时间，同时也要占用很大的硬盘空间。在大多数情况下，从GenBank中选用你感兴趣物种的一个子数据集或用Uniprot完整蛋白质组是更合适的数据库选择。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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