欢迎

我们可以提供一些建议帮助您选择合适的Mascot Server的license。

本月的特色文章描述了利用PMF和MS/MS技术联合使用来表征古时期的蛋白质。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月的Mascot小贴士重点介绍了搜索完整的NCBI nr数据库。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

选择多大的Mascot Server License 才合适？

常见问题：我需要选择几个CPU的License才能保证足够快的搜库速度？一般您都是希望搜索引擎分析数据的速度比质谱仪产生数据的速度更快。搜库速度取决于计算机硬件和搜库参数，而评估这一点的最佳方法是分析一些示例文件。

我们使用公开的搜索条件对一个CPTAC项目的公开数据集进行搜库。使用1个CPU的Mascot Server License（4核），每个fraction在2到3分钟内完成搜库。7天采集到的数据在8小时内就可以完成搜库。在其他情况下，可能需要更大的license。

• 如果样品来自未知的细菌种类，并且必须针对所有细菌序列进行搜索，每个fraction可能需要20到30分钟。选择2-3个CPU的license可能更合适一些。
• 如果您是核心实验室或仪器7×24h运行，那么选择2-4 CPU的license可能更合适。
• 如果你是一个大型核心实验室或拥有多台仪器的实验室，选择5个或以上数量的CPU license可能更合适一些。

点击这里以了解有关选择Mascot Server license的更多详细信息。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Proteome Variation with Collagen Yield in Ancient Bone

Noemi Procopio, Rachel J.A. Hopkins, Virginia L. Harvey, and Michael Buckley

J. Proteome Res. 2021 Publication: February 2, 2021

作者研究了保加利亚和匈牙利四个不同考古洞穴遗址的古代骨骼标本中残留的蛋白质。将29个骨骼标本钻孔制成骨粉，经溶剂洗涤后，依次洗涤和用HCl孵育。缓冲液交换后，用胰蛋白酶消化样品，用MALDI-TOF（PMF）和LC-MS/MS分析。使用未进行任何分类过滤的Swiss-Prot数据库对谱图进行搜库。

使用MALDI-TOF,作者能够对29个样本中的22个建立分类, 包括牛（牛或野牛）(n = 6),马(n = 9),人(n = 2),和鹿 (红鹿,麋鹿)(n = 5)。使用LC-MS/ MS数据用以进一步细化分类，对29个样本中的25个进行物种水平鉴定，剩下的疑似为牛科/鹿科。

样本的 "胶原蛋白提取率"（用于放射性碳年代测定）和蛋白质组复杂性之间没有观察到有相关趋势。因此，看起来胶原蛋白提取率较低的样品仍然可以提供有价值的蛋白质组信息。

Mascot 小贴士

我们收到了一些有关NCBI nr数据库支持的问题。这个数据库的庞大规模导致了许多问题。压缩文件超过90 GB，因此除非您的网速非常快，否则下载确实是一个挑战。解压后的Fasta几乎是此大小的两倍，因此，如果要保持数据库最新，您需要准备超过半TB的磁盘空间来存放两组文件。由于有大约3.5亿条蛋白质，因此通过Mascot建立所需的分类和accession字符串索引需要几个小时。当然，搜索会需要很长时间，使用大量RAM，并生成大量的结果文件和大量冗余的结果报告。

除非你有非常必要的理由建立完整的数据库，否则最好下载某个种或科的条目子集，在极端情况下，下载纲。转到帮助页面了解如何进行。

记住一点，搜库范围越大，获得具有统计学意义的匹配项就越困难。对于绝大多数搜库，感兴趣蛋白质组的数据库（例如Uniprot蛋白质组）越确定，越能获得更好的覆盖率。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

Matrix Science Ltd, 64 Baker Street, London W1U 7GB, UK
T +44 (0)20 7486 1050  F +44 (0)20 7224 1344  E info@matrixscience.com