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在容错搜索方面的优化通过强健的统计方法提供了更好的结果置信度。

本月的重点出版物展示了一种在辣椒中发现抗菌肽的工作流。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月Mascot 小贴士是如何使用Mascot Daemon导出谱峰列表时包含离子淌度值。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

容错搜索的置信度强化

容错搜索是发现预期外的翻译后修饰、非特异性酶切产物和SNPs最有效的方法。在Mascot Server 2.8，我们已经实现了对容错搜索的改进，在二轮搜索匹配中现在附加了期望值，用于表示置信水平。

当指定一个decoy 搜索时，具体流程如下：

1. 一个标准的、首轮搜索，采用正-反库搜索的方法。
2. 正库和反库的蛋白成对地处理，在第一次搜索后，每个显著匹配，无论是来自正库还是反库，使相关的目标和反库蛋白质对被选择到第二次搜索。
3. 新的正库和反库用于放宽了酶切特异性，并迭代地对PTM和氨基酸残基替换的列表搜索。
4. 在第二轮搜索后，整合通过两轮搜索的结果并将产生报告。

所需的错误发现率(FDR)是预先指定的，因为这决定了为第二次搜索选择的蛋白列表集合。

如果一张谱在首轮搜索就得到了显著匹配，那么我们就直接报告这个结果，并且在二轮搜索的中忽略在第二轮匹配的结果。

点击这里习更多关于这些功能以及各种参数如何影响搜索结果的信息。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Too Hot to Handle: Antibacterial Peptides Identified in Ghost Pepper

Kevin D. Culver, Jessie L. Allen, Lindsey N. Shaw, and Leslie M. Hicks

J. Nat. Prod. 2021, 84, 2200-2208

虽然辣椒主要因其辣椒素和由此产生的辣味而闻名，但它们确实含有作者研究过的其他一些生物活性化合物。本文作者开始挖掘抗菌肽(AMPs)的基因组数据。

他们使用SignalP来预测和切割从转录组翻译得到蛋白质组中的信号肽，然后用Cysmotif Searcher对剩余的多肽进行半胱氨酸基序分析。该分析得到的115个序列可能有潜在的抗菌肽活性。 通过LC-MS/MS对魔鬼椒提取物进行分离和分析，鉴定出15个之前未发现的抗菌肽。

用这些馏分对多种病原体进行了测定，并鉴定出了高反应馏分。然后，作者应用他们的PepSAVI-MS统计分析包过滤化合物，过滤出只包括那些可能对观察到的生物活性有贡献的化合物。

这些信号通过从头测序进一步研究，以阐明两种新型AMPs的结构，它们对几种革兰氏阴性菌表现出低微摩尔IC₅₀的抗菌活性。

Mascot 小贴士

Mascot Distiller的2.8版本支持Bruker的timsTOF 数据。如果你使用Mascot Daemon来做原始数据的批处理，并希望在谱峰列表中的母离子信息包含离子淌度值，你需要按照如下步骤操作：

• 以管理员用户账户登录Windows系统。
• 在Windows任务栏的搜索框输入cmd。
• 右键点击Command Prompt或者cmd.exe以管理员模式运行。
• 导航到包含MascotDistiller.exe的目录(默认为C:\Program Files\Matrix Science\Mascot Distiller)
• 运行下面的命令行（在一行输入）：
  MascotDistiller.exe -batch -daemonMGFIonMobilityParam 1

在定量分析中，离子淌度过滤自动对谱峰列表中包含母离子淌度值的任何搜索结果启用。更多信息可以在Mascot Distiller的帮助文档中查找，或者阅读这篇博客文章。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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