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在Mascot Server 2.8中，优化了硬盘数据读取方式，因此检索速度得到大幅提升。

本月的重点出版物介绍了一组用于检测N端泛素化的新抗体。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月Mascot 小贴士是关于何时在本地新增修饰，以及何时将其添加到公共的Unimod数据库中。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

减少硬盘限制，助力更快检索

Mascot 2.8在减少硬盘读取限制之后，总体的检索时间相比较于Mascot 2.7减少了20-35%。同样使用装载普通硬盘的4核Intel Core i7处理器对683,905张二级谱图进行人的蛋白组序列检索，Mascot 2.7需要24分钟，而Mascot 2.8只需要17.5分钟。中型固态驱动器的速度会再快20%。

由于原始数据越来越大，硬盘的数据读取也愈加困难。单线程数据传输是否成为瓶颈取决于多方面因素，比如单线程与多线程之间的相对时间、硬盘与CPU的相对速度。以上问题的解决方案之一就是将计算分配到多个线程中，确保CPU得到最大程度的利用。

我们在Mascot 2.8中的设计使用最优的线程数，能够保证在硬盘的最高通量下，对数据有序地进行读写。Mascot 2.8使用一个专用的线程进行硬盘数据的读取，4个线程进行数据格式化，另外1个线程进行硬盘数据写入。

点击这里学习更多关于这些功能以及各种参数如何影响搜索结果的信息。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Antibody toolkit reveals N-terminally ubiquitinated substrates of UBE2W

Christopher W. Davies, Simon E. Vidal, Lilian Phu, Jawahar Sudhamsu, Trent B. Hinkle, Scott Chan Rosenberg, Frances-Rose Schumacher, Yi Jimmy Zeng, Carsten Schwerdtfeger, Andrew S. Peterson, Jennie R. Lill, Christopher M. Rose, Andrey S. Shaw, Ingrid E. Wertz, Donald S. Kirkpatrick & James T. Koerber

Nat. Commun. 2021, 12, 4608

本文作者介绍了蛋白质N端泛素化的方法检测方法，目的是更好地阐述泛素化的生理作用。他们发明了一种能够特异性富集和检测N-泛素化肽段的抗体试剂盒。

利用兔免疫噬菌体方法，他们发现了4个单克隆抗体，这些抗体可以选择性地识别N端有二甘氨酸motif（GGX）的肽段，而不识别trypsin 酶解泛素化结合赖氨酸产生的侧链K-ε-GG。该研究使用HEK293细胞裂解蛋白液进行胰酶酶切，然后分别使用4种anti-GGX单抗对GGX肽段进行富集，并使用anti-K-ε-GG富集进行对照。LC/MS结果证明anti-GGX抗体确实选择性地富集了GGX肽段，并未检测到K-ε-GG肽段。

通过非标记和同位素标记定量方法，他们检测了过表达细胞和对照组细胞，最终鉴定到与UBE2W酶相结合的72种底物。

Mascot 小贴士

Unimod数据库包含非常全面的修饰信息，但是难免也会遇到实际研究中有一些信息不在其中，或者是已有修饰的其他特异性，或者是全新的修饰信息。在早期阶段，并不建议直接在公共库中添加全新的修饰。一方面是因为从添加位点到能够在下载列表中看到位点是有时间延迟的，新的修饰列表只有累积到一定数量的新增后才会更新。另一方面是因为公共数据库中的新建条目是需要有文献参考或者数据集的链接的。

反之，您可以使用本地的Mascot Server中的configuration editor工具新增条目或者对本地的Unimod副本进行已有修饰的编辑。通常对于想生物素标签这样的较大分子的修饰很容易对分子量计算产生错误，部分修改会更加容易。

如果您正在使用Mascot 2.5或者以上版本，更新Unimod之后，本地的修改和编辑仍然会保留。之后一旦您有实验证据证实了那些新的修饰信息并且已经发表了，那么您就可以将它新增到公共数据库中，让更多的研究者使用了。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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