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通过交联分析，在SARS-CoV-2的刺突蛋白中发现了许多意想不到的二硫键。

本月的特色文章介绍了一种方法，使用N端肽段来阐明非编码区域的蛋白产物。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月的Mascot小贴士是关于灾难性恢复的问题，备份什么以及如何恢复Mascot Server、Distiller和Daemon。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

SARS-CoV-2的刺突蛋白中有28个二硫键?

有超过3000篇关于SARS-CoV-2病毒蛋白质组学的论文，很多蛋白都是已知的，特别是与免疫相关的十分重要的刺突蛋白，它参与了与靶标细胞的初始结合。最近的一项刺突蛋白研究调查了蛋白质序列、糖基化和二硫键，然后使用这些信息进行3D建模和相互作用的研究，最终目的是促进优化免疫原的设计。我们利用Mascot Server的交联功能重新分析了PRIDE上可用的数据集。

纯化的模拟蛋白不做还原处理，而是直接做烷基化，然后用胰蛋白酶、Lys-C和Glu-C，或α-溶菌酶进行多酶酶切。然后使用LC-MS/MS的ETD模式进行鉴定。由于交联肽段的母离子分子量和价态往往比常规肽更高，因此我们使用Mascot Distiller进行母离子的解卷积和decharge，产生单电荷MH+。

对这两种酶切方法所得肽段的检索发现了远多于文献中预期的二硫键数目。Mascot Server发现了28个二硫键，其中8个此已在UniProt中收录，而作者只报告了Cys15和Cys136之间的一个二硫键。由于这是一种模拟免疫原，而不是从SARS-CoV-2病毒中提取的，因此目前尚不清楚其他的20个二硫键是否可以自然产生。无论采用哪种方法，未来是否有更多的二硫键报道出来仍然十分有趣。

点击这里了解更多关于刺突蛋白二硫键的内容。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Limited evidence for protein products of non-coding transcripts in the HEK293T cellular cytosol

Annelies Bogaert, Daria Fijalkowska, An Staes, Tessa Van de Steene, Hans Demol, Kris Gevaert

Molecular & Cellular Proteomics, July 1, 2022, in press

作者研究了从RNA分析中预测的非编码区蛋白质产物数量与通常从基于质谱的蛋白质组学中报道的实际检测到的(非编码区)蛋白质的数量之间的差异。

他们检测了人胚胎肾细胞(HEK293T)的细胞质提取物，并富集了N端肽段。理论上，大多数蛋白质可以仅通过其N端被识别，N端是研究蛋白质突变的理想靶标。首先，胞浆蛋白中的伯胺被重乙酰基乙酰化，以区分体内N端乙酰化和体内游离N端乙酰化。三种蛋白酶（胰蛋白酶、糜蛋白酶和GluC）同时使用以增加覆盖率，N端多肽通过两次HPLC组份分馏进行富集，其间进行TNBS反应。

LC-MS/MS数据使用自定义数据库检索，该数据库包括UniProtKB-SwissProt条目和UniProt异构体，以及基于核糖序列的蛋白质数据库。综合不同蛋白酶产生的数据，鉴定出2,896个不同的N端和2,420个不同的蛋白质。然后，作者应用了一种基于规则的选择策略，首先去除内部和C端多肽，然后根据N端共翻译乙酰化规则、启动子蛋氨酸的呈现和核糖序列翻译的证据进行严格的选择。最终保留了19个潜在的新蛋白质。

灾害性恢复

有一些未知的潜在因素会导致您的Mascot Server或者其他计算机基础设施停止工作。磁盘或存储故障，都可以通过更换设备、重新安装Mascot Server来迅速备份和恢复运行。或者，如果是像主板这样的“简单”故障，可以将硬盘移动到另一台计算机上。在RAID控制器发生故障的计算机上，您将需要相同或至少兼容的硬件来再次访问数据。对于较老的系统，很难或要付出一些费用才能获得恢复。

在最糟糕的情况下，您可能需要从备份中执行完全恢复。这可能是一个复杂的过程，但是只要备份了关键配置和数据文件，就很简单。在我们网站上新增了一个灾难性恢复帮助页面，其中有详细描述。

简而言之，请备份您的原始数据，Distiller项目文件(rov文件)，Mascot Server的配置文件和数据库搜索结果，以及Daemon参数文件和任务数据库（task）。重新安装软件并将备份文件复制到正确的位置可以帮助您完成从备份中恢复。

About Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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