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Mascot Distiller现在已支持多组份非标记定量分析。

本月的特色文章介绍了如何通过多肽生物标志物鉴别比目鱼、鲽鱼和鳎鱼。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。.

某些Linux系统对打开文件的最大数量设置了较低的限制，这可能会导致一些奇怪的问题出现。本月Mascot小贴士提供了解决办法。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

Mascot Distiller分析多组份非标记定量

今年早些时候发布的Mascot Distiller 2.8.2已经可以支持多组份的非标记定量数据分析。在对原始数据进行保留时间维度的整合时，它会先创建一个共识文件，并将每个原始数据与之对齐。对齐被用作多肽XIC提取的起始点，以检测在一个文件中存在而在另一个文件中不存在的肽段匹配。对多组份的数据，Distiller为每个组份创造一个共识文件。原始数据被对齐到与之匹配的共识，而不是试图将所有文件对齐到某个共识文件。这减少了噪音影响，同时使定量更快，因为系统不需要浪费时间在不相关的组份中查找肽段。

我们重新分析了来自Hela野生型和HeLa KO30细胞的GelC-MS数据集以验证软件的计算能力。从每个样本中提取的蛋白质先在一维凝胶上分离，将蛋白泳道切成碎片，经酶切后在LC-MS/MS上分析。分别使用将所有文件对齐到一个共识文件和只匹配相关组份的共识文件两种策略对质谱数据集进行定量分析。在这两种情况下，均定量到1417个肽段。然而，如果忽略了组份信息，其中只有569个肽段通过了质量阈值，而当组份信息明确时，1137个肽段可以通过打分被保留。此外，启用对应组份的时间对齐只需要11分钟，反之则需要26分钟。

您可以在我们的blog中了解更多关于多组份LFQ的内容。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Peptide mass fingerprinting of preserved collagen in archaeological fish bones for the identification of flatfish in European waters

Katrien Dierickx, Samantha Presslee, Richard Hagan, Tarek Oueslati, Jennifer Harland, Jessica Hendy, David Orton, Michelle Alexander and Virginia L. Harvey

R. Soc. Open Sci., 2022, 9, 220149

为了更好地了解历史上环境、经济、渔业、人类饮食和社会地位的变化，作者调查了北海附近3个考古遗址的比目鱼骨头样本。由于这些物种很难通过传统的形态学分析来鉴别，因此相关的开发以及它们如何随着时间的推移而变化的许多问题仍未得到解答。

他们使用了ZooMS （动物考古学质谱法），该方法利用肽质量指纹（PMF）来识别骨组织中保存的“I型”胶原蛋白，也使用了 LC-MS/MS来匹配生物标志物，用于分类鉴定。采集博物馆的现代比目鱼骨头、北海及周边地区捕获的新鲜标本，从中提取出胶原蛋白，用MALDI-TOF和LC-MS/MS分析，并与当地数据库进行搜索，数据库中有从NCBI Blast获得的151个已发表的鱼类胶原蛋白序列。

8个胶原蛋白肽标志物足以从3个地点采集的202个考古比目鱼骨头中识别出至少18个不同的物种。除了见证从7世纪到16世纪淡水和河口捕捞向海洋捕捞的转变，这种方法还可以用来解决野生鱼类食物链中的错误识别问题。

Linux系统限制

我们最近收到一些关于某些Linux发行版上的产生的奇怪的Mascot运行问题。主要表现是Mascot突然无法使新建的或更新的数据库Online，以及监视器日志、错误日志或搜索日志停止更新。增加Mascot的MaxDatabases限制也无法解决，文件所有权和权限也不能解释这一点。重新启动Mascot监视器服务(ms-monitor.exe)或电脑有时有用，有时没有。

该问题是由系统对打开文件数量的限制引起的。Mascot监视器服务为每个可用数据库打开6个文件，另外它会根据需要打开或关闭日志文件和某些控制文件。当数据库正在更新时，压缩新版本需要打开最多10个文件。一旦达到打开文件的限制，操作系统将阻止监视器服务打开任何新文件，包括日志文件。

通过查看/proc/[PID]/limits文件可以找到当前的限制数量，其中[PID]是ms-monitor.exe的进程号。如果“Max open files”是1024或更少，我们建议增加这个值。正确的方式取决于您如何启动ms-monitor.exe。如果您在命令行上启动ms-monitor.exe，则在启动ms-monitor.exe之前，通过运行ulimit，在当前用户的.bashrc或.profile中设置限制。如果您将ms-monitor.exe作为系统服务启动，那么nofile (文件数量)限制通常在/etc/security/limits.conf中设置。在某些系统上，可能在/etc/systemd/system.conf中使用DefaultLimitNOFILE=设置。修改完限制后，请重新启动ms-monitor.exe。

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Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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