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你的搜库引擎可信吗？这要从查看搜库结果开始。

本月的特色文章介绍了感染正链RNA病毒后宿主细胞磷酸化蛋白组的变化。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月的Mascot小贴士讨论了虚拟化。

我们将参加下个月在墨西哥坎昆举办的2022年人类蛋白质组大会（HUPO）。请在411展位驻足与我们交流，了解Mascot产品的最新信息。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

如何相信你的搜库引擎

当查看搜库结果时，你可能会有许多问题：为什么搜库引擎识别出这个蛋白？肽段的证据是什么？软件考虑了哪些替代方案？算法到底在做什么？在软件驱动的数据分析中，用户对结果的可信度通常归结为信任，而这种信任是软件需要从用户那里赢得的。

做抽查以及自下而上地查看肽段的证据是很重要的，而不是假设计算机总是正确的，这里有一些评估结果的建议。

你可以在Peptide View视图中检查每个肽段的峰匹配结果。Mascot记录了每张谱图的前10个最佳匹配。碎片离子证据可能指向系统错误识别或提取不太好的峰，这可能导致较低的鉴定率。

统计模型所依赖的假设可能是错误的。我们建议运行一个target-decoy搜索来校准错误发现率，它会根据不正确的假设进行调整。比较目标匹配和诱饵匹配之间的碎片质量证据，检验FDR估计是否将评分阈值设置为合理的值。

在Protein Family Summary报告中，所有top protein都至少包含一个显著的、唯一的肽段。默认情况下，Mascot显示至少从一条肽段匹配鉴定出来的蛋白。您可以随时更改参数然后点击Format，以要求每个蛋白质有两个、三个或更多的肽段匹配。

您可以在我们的blog中查看更多的建议。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Temporal Proteomic and Phosphoproteomic Analysis of EV-A71-Infected Human Cells

Yue Zhao, Lin Li, Xinhui Wang, Sudan He, Weifeng Shi, and She Chen

J. Proteome Res., 2022, 21, 2367–2384

作者研究了人横纹肌肉瘤(RD)细胞被感染肠道病毒A71 (EV-A71)后全蛋白质组和磷酸化蛋白质组的变化。EV-A71感染婴儿和儿童，会引起手足口病。

RD细胞分别在感染后0、1、2、4、8和12h采集，然后被裂解，对提取的蛋白进行酶切，肽段产物使用TMT 6-plex标记。用强阳离子交换(SCX)法、高pH反相法和常规反相柱法对标记的肽混合物进行分离，分别得到10个、8个和13个组份。对磷酸化蛋白质组学的研究，肽段用常规反相柱分离，然后使用Ti珠进行富集。

使用LC-MS³方法对多肽进行了分析，该方法定量到7,821个蛋白质，其中75%的蛋白质至少含有2条可被定量的肽段。作者还定量了超过17000个磷酸化位点，其中10121个为高置信度I类磷酸化位点，可以匹配到3433个蛋白质上。他们还发现，在感染过程中，宿主细胞磷酸化蛋白质组的变化要比整个细胞蛋白质组的变化大得多。

作者发现了几个涉及激酶的关键磷酸化信号级联，其导致了宿主细胞功能的改变，如蛋白质翻译、细胞周期控制和细胞存活，这提示了抗病毒药物开发的潜在靶点。

虚拟化

我们经常被问到Mascot Server是否支持虚拟化，如果支持，应该如何配置虚拟机(VM)以获得最佳性能。一般来说，在虚拟化环境中运行Mascot Server或Mascot Distiller是没有问题的，但要获得良好的性能需要谨慎的资源分配。

第一个也是最重要的因素是处理器虚拟化。显然，硬件至少应该具有与Mascot Server许可证相同多的内核数。如果主机上运行了多台虚拟机，需要为Mascot虚拟机分配合适的vCPU数量。任何其他使用与Mascot相同底层内核(vCPU)的VM无疑会降低运算速度。如果主机处理器支持超线程，则超线程通常以“独立的”vCPU的形式出现，尽管它们并不等同于物理核心。为了获得最佳性能，请尝试只向Mascot VM分配物理内核。

对于随机存取内存(random access memory, RAM)，分配一个固定的数量，不与任何其他虚拟机共享，至少16GB，最好64GB。对于磁盘空间，通常越多越好。当主机上有多台虚拟机时，使用RAID组可以让多个虚拟机同时对磁盘进行读写，有利于磁盘访问。

您可以在Hardware virtualisation页面了解更多信息。

About Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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